1.內河通航水域安全作業的申請人通常是建設單位、組織者或施工單位，施工單位是實施安全作業的主要責任方。港口水域船舶安全運行的申請人通常是船舶(船舶所有人、經營人、管理人和船長)。
2.驗收條件不壹樣。
3.網上辦理路徑不同，內河通航水域安全運行備案:海事、網通平臺、執法監管、通航業務，港口水域船舶安全運行備案:海事、網通平臺、執法監管、航運業務。