入藏後，孔繁森被安排擔任日喀則地委宣傳部副部長。考慮到他年輕有能力，當地黨委征求我的意見後，把他派到海拔較高的崗巴縣擔任縣委副書記。在崗巴工作的三年間，他走遍了全縣的鄉村和牧區，訪貧問苦，和當地群眾壹起收割、打谷、幹農活、修水利。1981年，孔繁森調回山東，先後任莘縣縣委副書記、行署副主任、地區林業局長、聊城地區行署副專員。
1988年，盡管母親年邁，三個未成年子女，妻子體弱多病，孔繁森仍克服重重困難，再次帶隊進藏，擔任拉薩市副市長，分管文教衛生和民政工作。為了發展當地教育，他走訪了全市八個區縣的所有公辦學校和壹半以上的鄉鎮小學，拉薩市適齡兒童入學率從45%提高到80%。他走訪了全市56家敬老院、養老院中的48家，為孤寡老人送去了黨和政府的溫暖。由於西藏偏遠地區醫療衛生條件差，他每次下鄉都特意帶個醫藥箱，買幾百元的常用藥給急需的農牧民。雖然壹個藥箱不能解決所有問題，但對於接受治療的患者來說，往往是關乎生命的問題。