正氣和邪氣是矛盾的兩個方面。正氣功能是人體器官氣血功能正常的綜合體現。正氣充足，抗病能力強，即使有外邪入侵也不會致病。正氣不足導致抗病能力弱，外邪易侵致病。因此，正氣不足在疾病產生過程中處於主導地位，外感邪氣的猖狂必須以正氣不足為基礎。這是“正氣存內，邪不可為”的第壹層含義。壹旦發病，疾病的發展趨勢是由正氣和邪氣的強弱對比決定的。正氣強，邪氣弱。邪靈不能深入；相反，惡勢力步步緊逼，由淺入深。這是它的第二層意思。
中醫病機在重視正氣的同時，也不排除邪氣在疾病發生中的重要作用，甚至在壹定條件下，如蛇咬傷，蛇毒作為壹種強大的外邪，與人體正氣的強弱相比，具有明顯的優勢。平時再正氣，我也擺脫不了。其他嚴重傳染病如霍亂、肝炎、高溫、高壓電流、化學藥劑等也是如此。因此，蘇文的遺著和針灸理論在提出“正氣存內，邪不可為”的同時，強調“避其毒氣”。可見，“正氣存內，邪氣不作”更重要的意義是要求人們保護正氣，避免邪氣的侵襲。古代有許多“正氣藏於內”的方法，有調取之氣，如“淡泊，順真氣，藏神於內，永不病”(《蘇文·尚紀天真論》)；陰陽有四季，如“春夏養陽，秋冬養陰”；(《蘇文四漆雕申大論》)；還有飲食調整，比如“和五淫，健筋骨，行氣……”(《蘇文通奇天論》)等。，以及氣功指導、針灸等各種方法。其目的是保持正氣，預防疾病，延年益壽。
“正氣存內，邪不可為”的觀點對疾病的治療也有指導意義。治療疾病需要權衡正氣與邪氣的強弱對比，采取相應的治療方法。但都側重於保護人體的正氣。比如邪勝正衰，或者著急，可以治療，祛邪保正，或者扶正去邪，或者扶正去邪。用於感冒，發燒，惡寒，疲勞，自汗，脈細等。發汗解表往往無效，但用參蘇飲扶正解表，效果較好。
綜上所述，正確理解“正氣存內，邪不可為”的內涵，應該包括:第壹，說明疾病的發生是善惡鬥爭的結果，正氣起主導作用，起主要作用。其次，指出在疾病發展過程中，正氣決定了疾病的發展趨勢。第三，揭示了保護正氣，避免其有毒氣體是養生長壽的基本原則。它體現了預防為主的思想。第四，指導人們在臨床中時刻註意保護正氣。