設計規劃獎，五次中國人居環境範例獎，兩次世界最佳景觀獎，兩次國際青年建築師優秀獎，三次世界傑出濱水設計獎，以及其他國內外重要獎項，如2008年世界建築獎，2009年ULI全球傑出獎，第十屆中國美展金獎。這些作品以其現代性和鮮明的中國特色及其生態和人文精神贏得了國際聲譽。他把城市和景觀設計視為“生存的藝術”，倡導白話景觀、“反規劃”論、大腳革命和大腳美學、“天地-人-神”和諧的設計理念；於曾七次被國際風景園林師聯盟和美國風景園林師協會邀請為年會主題演講人。被中央組織部、中央宣傳部、中央統戰部聯合授予“留學回國人員成就獎”，被國務院僑辦授予“首屆海外華人專業人才傑出創業獎”。
余是建設部、國土資源部、青海省國家文物局、北京市和蘇州市的專家顧問。《景觀設計》主編，《風景園林雜誌》、《城市規劃》、《規劃師》、《自然資源雜誌》等國際期刊編委。