約翰二世在11092年9月加冕為共同皇帝，之後在118年從父親手中繼承王位，以鞏固繼承權。亞歷克西壹世希望約翰繼承王位，但伊琳娜女王更希望他們的女兒安娜·科穆寧娜和丈夫尼基福羅斯·布裏尼奧斯繼承王位。亞歷克西斯隱藏了他的選擇，以避免伊琳娜的責備，因為女王認為尼基福羅斯應該繼承王位。1118年8月15阿列克修斯在曼加納修道院彌留之際，約翰帶著他信任的親人和弟弟伊薩克·科穆寧秘密前往修道院，從彌留之際的父親手中得到了皇帝的印璽。然後他壹邊舉起手接受支持他的市民的支持，壹邊騎馬走向大皇宮。伊琳娜聽說後非常驚訝。她既不能說服兒子放棄，也不能說服小尼基·弗洛斯去面對他(約翰)。雖然在沒有約翰父親遺囑證據的情況下，皇宮守衛最初拒絕承認約翰，但新皇帝在暴徒的支持下闖入皇宮。
亞歷克西斯壹世在那天晚上死去。雖然他的母親試圖說服他，但約翰拒絕參加他父親的葬禮，因為他對權力的控制力很弱。沒過幾天，他的地位就逐漸穩固了。然而，約翰登基不到壹年，約翰二世就發現了壹個讓他下臺的陰謀，證據直指他的母親和妹妹。安娜幫助丈夫登上王位的企圖破滅了，因為她的丈夫尼基·弗洛斯對妻子的陰謀毫無興趣。安娜的全部財產被沒收，皇帝希望將她的全部財產交給他的好友約翰·阿克佐赫。但阿克佐赫明智地拒絕了。最後，在阿克佐赫的影響下，約翰和他的妹妹達成了壹定程度的和解，她的財產被歸還。太後伊琳娜被送進了修道院，安娜似乎退出了政治生活。她成了壹名隱居的歷史學家。然而，她的丈夫尼基福羅斯卻被皇帝委以重任。為了維持自己權力的延續，約翰在1122年加冕幼子亞歷克·休斯為共帝。