顧憲成很聰明，從小就學習孔子。1576年(萬歷四年)，顧憲成到應天(今江蘇南京)參加科舉考試，取得鄉試第壹名。
1580年(萬歷八年)，顧憲成進京參加考試，考上二甲第二名，中了進士出身。
顧憲成考中進士後，當上了官邸主任。當張生病時，朝臣們聚集在壹起為他祈禱。顧憲成不參加祈禱，同事幫他簽名，他就拿了支筆，去掉了。1582年，張死後，顧憲成被任命為吏部尚書。
後來顧憲成請假回老家三年。回到朝廷後，被任命為驗印主事。
1586年(萬歷十四年)，顧憲成的弟弟顧允成也考中進士。
貶謫官員於1587年(萬歷十五年)對外釋放。明朝對京城的官員進行考核，由余士信負責考核。當工部尚書何糾正這壹錯誤時，辛子修因不同意執政大臣的意見而被判有罪。在事件中堅持陳、焦的意誌彈劾何和辛自強，實際上是對辛自強的打擊和對何的庇護。於是兩人都被罷官，歸罪於舉報何的四位禦史。
顧憲成為他們抱不平。有些話冒犯了當權者，所以他被明神宗的聖旨訓斥，並被降級為桂陽郡法官。後來，他被提升為該州的官員。
顧憲成在母親去世後辭職，喪事過後升任泉州。
1593年(萬歷二十壹年)被提拔回京時，顧憲成因公正廉潔被提拔為第壹，被提拔為掌管吏部考試的官員。
1593年(萬歷二十壹年)正月，下詔長子和另外兩個兒子朱、朱昌浩同時封王，沒有指定皇位繼承人，讓朱還有機會被立為太子。包括顧憲成、顧允成兄弟在內的眾多朝臣上奏奏章，阻止這壹聖旨的頒布。迫於公眾的討論，宗申撤回了三個國王，並在同年2月封他們。
1593年(萬歷二十壹年)官檢期間，孫尚書和吏部尚書趙南星罷黜了所有與朝野有私交的人，實際上就是關於顧憲成的。趙南星被免職時，顧憲成上奏請求壹並免職，但沒有得到答復。不久被提升為吏部文選部郎中，主管官班的升調。
削職回國的顧憲成敢於發聲。他和壹些清官經常批評朝廷的錯誤決策，在士大夫中享有很高的聲譽。
由於極力想讓皇帝的長子朱常洛成為太子，顧憲成引起了宗申的反感。1594年(萬歷二十二年)，會稽王希爵晚年退休，明神宗命吏部根據其期望，選拔六七名勝任會稽的官員。顧憲成和吏部尚書陳友年擬了壹份七人名單上報，請神裁。出乎意料的是，顧憲成等人提名的所有人都遭到了教派的憎惡，尤其是顧憲成提名的前大學生王家屏，他甚至違背了教派的意誌，從而更加激怒了教派。顧憲成被剝奪官職，免職，遣送回國。
顧憲成被革職後，朝廷內外向他推薦了壹百多封書信，但沒有壹封得到宗申的批準。
顧憲成回到家鄉講學議政，決定搞講學，宣傳自己的政治主張。就在無錫，有壹座東林書院，宋代學者師洋曾談到過，他和他的弟弟顧允成發起了維修。書院的維護得到了常州知府、無錫知府等多位地方人士的資助和支持，於1604(萬歷三十二年)恢復書院。同年10月，顧憲成與顧允成、、安希範、劉、錢壹本、薛福蛟、葉懋才(被稱為八君子)壹起，倡議召開林東會議，並制定了《林東公約》，規定會議每年召開壹至兩次，每月召開壹次。
東林書院不僅講學論政，還吸引了很多有誌之士，包括壹些因批評國家大事而被斥責的官員。不管路途遠近，他們壹個接壹個來，人數之多，林東學院的學習用房都容納不下。
顧憲成曾說:“為官於朝廷，誌不在帝，為官於邊疆，為官於民生，居林於水邊，為官於天下。君子不做此事。”除了講學，他還經常談論國家大事，評論人物。朝廷的人都佩服他的風度，遠遠的附和他。結果，林東出名了，很多人都嫉妒他。所以他們被對手稱為“林東黨”。
1608年(萬歷三十六年)，很多東晉官員推薦重用顧憲成。顧憲成被正式任命為南京光祿寺邵青，但顧憲成拒絕接受任命，繼續留在家鄉講學議政。
被誣告1611年(萬歷39年)後，黨人淮南巡撫李三才被彈劾，顧憲成致函葉、孫丕揚，為李三才恢復名譽。吳良刻在報紙上，攻擊李三才的人看到後議論紛紛。
於是徐兆奎對顧憲成進行攻擊，大肆誹謗。據說湖熟有壹條小河，林東黨占用它的稅收作為書院的開支。稅使來查，林東用紙請，稅使不請，當然給他豐厚的賞賜；講學所到之處，仆從如雲，縣令令圖書館供應，沒有二百金是不行的；聚會的時候，壹定要聊時事。如果縣裏偶爾不同意他們，我們必須讓縣裏糾正。收受賄賂。
徐兆奎的話沒有壹句得到證實。光祿成上周為顧憲成辯護說:“顧憲成發函救李三才，有點出格。我曾經責怪過他，顧憲成後悔了。現在顧憲成被誣告，天下講學必遭懲罰，對孔孟保持沈默不是小事，國家大義從此枯竭！”奏疏後，明神宗沒有回答。此後，攻擊顧憲成的人就沒有停止過。
顧憲成於1612年(萬歷四十年)在家鄉去世。他留下了《小心齋筆記》、《高靜藏稿》、《顧端文公遺書》等書籍。
天啟初期，明熙宗獻顧憲成太常慶。因為林東黨公開批判國家大事，觸動了熙宗專制宦官魏忠賢，魏忠賢開館編撰三朝經典，打擊了林東黨。同時，他整理了《林東點將錄》等文獻，上報朝廷。1625年(天啟五年)，明太祖熙宗下詔，燒毀國子監院，削去顧憲成的爵位。
1629年(崇禎二年)，崇禎皇帝下令恢復林東黨員名譽，下令恢復東林書院。顧憲成獲得* * *，並贈送右吏部侍郎，謚號段文。
主要成就是顧憲成創辦東林書院，通過講學、論道、討論、著書、出書，在道德修養、認識論等方面猛烈抨擊和批判王守仁“心學”和王雪末流所倡導的各種虛、空、玄學的思想和說教，從而推動了實學的熱潮。
人物評價《明史》:體質獨特，年輕時有誌於聖學。本文還著重研究了居者有其屋，益於秦之精氣，力求發展的“無體善而厭”的學說。
樊樹之:顧憲成死於讒言之中。
《中國明史》，劍橋:東林運動的主要創始人顧憲成(1550-1612)作為吏部高官，成功地阻止了任命壹位翰林領導自己的部門，理由是大學士都已經是翰林成員，這樣壹個排外的內院集團控制外院的壹些主要職位是有害的。
家庭成員兄弟:顧興成
哥哥:顧允成。
第七代侄孫:高古
顧憲成紀念館位於無錫張靜鎮元吉巷，是顧憲成和顧允成的出生地。紀念館內的端堂寬五間，梁上飾有飛仙雕刻。前面是兩廂，兩廂前面是壹對青石獅子。大殿後面曾是花園，四周回廊、亭臺、水閣、假山，十分幽靜。清朝嘉慶年間，顧家後裔奪得狀元，於是在園後建了狀元堂。
顧憲成墓位於無錫市錫山區查橋關靜村西南。墓前有壹對方形的觀察柱，後面是四柱三室的青石碑廣場。甬道兩旁，石羊、石虎、石馬、文人、武士整齊排列。現在只有壹對石虎，造型簡單。1985修建陵園、陵墓，重修墓碑，正面鐫刻“明代顧公賢墓”，碑上線條雕雲鶴，陵園四周遍植柏樹。
祠堂無錫惠山聽松坊還有顧端文公祠，始建於1613年(明萬歷四十壹年)，由顧允成共有。顧憲成的著名對聯原來就掛在廟裏:“風雨聲聽得見；家事，國事，天下萬物，都關心。”