進入社會發展新階段，學校積極探索德育新思路，堅持德育先行、五育並舉的道路，以“依法治校、以德治校”的工作思路，加強管理、深化改革，形成了“科學育人、全面育人、全程育人”的新格局。
學校建立了完整的德育工作隊伍，成立了以校長為組長，以副校長、法制名譽副校長、德育主任、團委書記、德育部教師學生會主席為成員的德育工作領導小組；建立了學校、家庭、社會三級工作網絡和校領導—德育處教師—班主任三級管理網絡；每年暑假舉辦班主任培訓班，學習班主任的基本素質要求和班級管理技能；鼓勵班主任努力工作，總結經驗，寫論文，印成書；學校出臺匯文二中優秀班主任考核方案。2005年，10名班主任被評選為示範班主任，極大地調動了班主任的工作積極性，全面提高了德育隊伍的工作水平。
從1998開始，學校在全校範圍內試行班級量化管理、封閉管理，建立了嚴格的日常行為規範監督體系，使管理更加量化、規範化、程序化、制度化，做到事事有標準、處處有規矩，初步實現了空白管理，形成了自己的德育特色。以五峰山、烈士陵園等德育基地為依托，開展養成教育、法制教育、團隊精神教育、傳統教育等系列活動，充分發揮共青團、學生會的先鋒作用，開展壹系列長期的“做文明學者”思想教育活動，營造積極向上的良好校風、學風、教風；“業余黨校”培養了大批優秀青年人才；壹年壹度的軍訓，培養了學生堅強的意誌和優良的作風；啟動“貧困學生”基金，防止任何學生因貧困而輟學。兩年來共發放18110元，受益學生79人；學校已將心理健康教育納入學校工作計劃，設立了專職心理教師和心理咨詢室，建立了心理咨詢制度。通過個別輔導、心理行為訓練、書信咨詢、網絡咨詢等形式，為學生提供定期、及時、有效的心理健康指導和服務，培養學生健康積極的心態。實現了違法違紀案件零、治安事故零、安全責任事故零的突破！