1.重視理論，鉤沈索隱。自《針灸甲乙經》以降，直到宋代，在針灸選穴方面，多註重穴位的考證及新穴(即阿是穴)的探索，可是在理論方面，則沒有大的發展，正如《子午流註針經·序》中所說：“近世指病直刺，不務法者多矣，”而竇氏則彰《內經》、《難經》之微，鉤深索隱，多有創新.“以針法活人甚多”。對針灸學理論，依據《內經》、《難經》理論，加以闡發刨新。尤其在手法、選穴等方面，都作了深刻探討，並用歌賦形式記錄下來，不但便於臨床運用，而且利於學習記誦。2.由博返約，用穴精當。竇氏要求“取五穴用壹穴而必端；取三經使經而可正”。確定12原穴為“樞要”，流註8穴為“綱紀”。從而使醫者在選穴時，執簡馭繁提綱挈領。3.重視手法，突出氣機。針刺手法直接影響針刺治病的效果。臨床施針時如僅註重選穴而忽視手法，則很難達到預期的臨床效果。竇氏突出的學術思想就是註重針刺手法，主張“微針與妙刺相通”。此處的“妙刺”即是指適宜的手法。至唐以前，多註重穴位研究，而少刺法研究，這是醫家對《內經》中有關針刺手法的理論精華沒有給以足夠重視的緣故。而竇氏則十分明確地提出了“拯救之法，妙用者針”，並認為針剌調補陰陽氣血的關鍵是手法，手法的關鍵是巧運氣機。氣機通達則陰陽氣血可調，臟腑經絡和順，沈屙可除。竇氏在這方面給我們留下了膾炙人口的至理名言：“輕滑慢而未來，沈澀緊而已至”，“凡刺者使本神朝而後入；既刺也使本神定而氣隨。”講究的是“意”與“氣”的相合，對提高針刺療效有很重要的作用。4.強調天人合壹的整體思想。子午流註是祖國醫學針灸學科中註重時間條件取穴的古典針法，它是基於《內經》“人與天地相參也.與日月相應也”內外統壹的整體觀，以及陰陽相合，剛柔相配五行生克理論。用天幹、地支的變異規律，來推算人體氣血在經脈中晝夜循行流註盛衰開合的時機，從而選取有五行屬性的五輸穴，施以針刺補瀉，以求得最佳療效的針刺方法。竇氏概述了子午流註針法，並提出以八脈八穴為主，適當配穴的治法，為後世形成的靈龜八法奠定了基礎，並且在《流註八法》中首次明確提出“穴位時控”理淪。竇氏的學術思想對後世產生了極深遠的影響。針灸大師楊繼洲在竇氏學說和論著的基礎上形成了《針灸大成》這樣的針灸名著。