壹間小小的雜貨店，三十年的時空交錯，近十多個人通過這裏，得到救贖，解憂雜貨店的神秘之處在哪裏，壹起來揭開它的神秘面紗。
故事的開頭是三個無厘頭的小偷，深夜逃跑藏身於廢舊的雜貨店。壹封陌生月兔的來信引起了大家的註意。身為奧運會運動員，她在參加奧運會訓練和陪伴男友度過生命最後的時光的問題上難以抉擇，希望得到浪矢先生的指點。三個人以為是個玩笑，可是又那麽真摯，於是半信半疑得給對方回信。而很快就接到了回信，並且沒有人來過，事件越發可疑，後來他們發現了牛奶箱和卷簾門的玄機，時光可以在這裏交錯三十年，他們收到了來自三十年前的信，這個神奇的發現，讓他們越發興致勃勃。
他們越來越認真對待事情，他們知道在1980年，日本抵制參加莫斯科奧運會，但他們又無法給出證據令對方信服放棄訓練，他們嘗試罵醒她。很快他們又收到了月兔來信，這次是感謝信，她也參加了訓練，雖然沒有入選奧運會，並且由於政治立場日本抵制莫斯科奧運會，但是她努力了，自己沒有遺憾，男朋友也欣慰離開人世，這是最好的結局！歪打正著的回信，幫助了別人，並且得到贊賞，這對於處在犯罪邊緣的他們是多大的賞賜，這是雙方的救贖。
第二個給他們寄信的人是不得誌的魚店音樂家克朗，為了音樂輟學，放棄經營魚店，而病重的父親，又讓他在理想與現實之間仿徨，他寫信給了浪矢雜貨店。而回復卻不讓他滿意，他感到自己的音樂夢想受到了羞辱，可是對方的話又無可辯駁。當他帶著與父親的男人之間的約定準備再去東京的“戰場”上闖壹闖，他去牛奶箱收走了最後壹封信，而信的回復無法和寫信人相見，但是卻告訴他“妳對音樂的執著追求，絕不是白白付出。我相信，將會有人因為妳的歌而得到救贖。妳創作的音樂也必將流傳下去。請妳堅信到生命的最後壹刻。”回答無懈可擊，他滿懷希望堅定夢想，在丸光園孤兒院他因火災中救小芹的弟弟而死。
而三十年後，這位紅遍了日本的絕代天才女歌手水原芹，壹直感恩著這位唯壹的“親人”，把他的歌《重生》壹直唱下去！這是個暗藏玄機的預言，未來的人指引過去的人，歷史的軌道因為千絲萬縷的聯系還是沒有改變，但卻成就了壹個少女的壹生，也成全了魚店音樂家的夢想，何嘗不是壹種救贖呢！
真正有趣的聯系開始了，雜貨店的主人浪矢雄治在第三章登場了。這是個慈祥的老人，有著壹雙縫補心靈的手，通過信封的傳遞，溫暖了每壹個向他咨詢的人，並且在三十年後，通過“壹夜復活”的雜貨店，收獲了很多的感動，也實現了很多人的救贖！他是個真誠而充滿哲學壹味的老者，面對兒子的不理解，他有自己的堅持，他要把那些內心破了洞的人的缺口重新補上，並且要尊重每壹個來信者的隱私，不是簡單的回復，而是得了解當事人煩惱的根源，顯而易見的答案，當事人是不會糾結的，而直截了當的回答來信者也失去咨詢的興趣，通過來信可以真正看懂壹個人，這便是智慧！
原本只是小打小鬧，壹個男孩的來信引起了他的註意，原來他所做的事，每壹個答案都會對人產生影響，首先是來信者是否按照他的建議施行，如果按照建議施行了，對咨詢者的影響好壞與否，他開始正視，這使他自己的老年生活變得豐富，他也愛上了咨詢人來信，之前讓他覺得自己很有價值，我想這是對老人自身的救贖，在文中中不難看出老人是個獨立自主的人，他不願意過多麻煩兒女，守著自己生意寡淡的店，而在咨詢煩惱中，他找到了存在的意義，他是真正的快樂！他在信中聆聽了未婚先孕媽媽的痛苦，他也懂得小男孩對父母深夜逃跑計劃的不理解，他耐心地給出自己盡可能幫助到他們的建議。在那扇神秘的卷簾門背後，藏著未來的秘密。
終於有壹天浪矢雄治忍痛關了雜貨店，兒子浪矢貴之以為是因為他重病，自己覺得力不從心，後來才明白，他是怕他的建議不能給別人好的幫助，他覺得愧疚才關了。重病中的浪矢雄治再次提出了回雜貨店，兒子無奈載他回去，而這次父親告訴他時光交錯的秘密，仿若天方夜譚，但是他卻親自見證了父親收到了來自三十年前的感謝信。有來自三十年後成為老師的百分小毛頭，三十年後綠河（未婚先孕的母親）的女兒的來信，壹大疊信，還有壹封空白的信，所有的回信浪矢雄治都認真對待，連空白的信封也給了回信。最後，父親交給他壹個任務，在父親三十三周年祭日的那天，浪矢雜貨店咨詢窗口復活壹夜，讓三十年後還記得雜貨店回信的人，寫信反饋那封信的影響。而這也成為連系著三十年的時光交錯的紐帶。
那個與父母深夜逃跑的小男孩浩介最後帶著對父母的誤解自己壹人跑了，並且換了姓名，被送到了丸光園孤兒院，學做木雕，遇到了幫助火災後孤兒院重建的武藤晴美，原來這位成功人士也與浪矢雜貨店有淵源，他決定回去雜貨店看看，碰到了雄治貴之，得知老人已經去世，而且竟有人寄過和自己同樣故事的感謝信給老人。
他在網上看到了雜貨店復活壹夜的消息，也得知那個和自己壹樣愛“披頭士”的夥伴已經去世，而自己也與父母壹起死亡，為了他全新的生活，父親不惜犧牲自己也要保全他，終於他明白了父親的用心，也懂得了“披頭士”成員中解散或許不是因為背叛，只是自己當時的心境，他寫了壹封感謝信，和他聽說的浪矢雄治收到的感謝信壹樣。
鏡頭又切換回了陰暗的雜貨店，三個年輕小偷又收到了迷途小狗的來信。信中講述她想做陪酒小姐賺錢來報答親戚對她的收養和關愛，幫助家庭拜托困境，可是又容易被人誤解，因此感到迷茫。剛開始他們嗤之以鼻，竟然是做陪酒小姐，那些骯臟的勾當他們是非得阻止的，可是明白原因後他們也理解了她，最後告訴她未來日本三十年發展的局勢，讓她投資房地產，學習股票，學習互聯網，給她每個時期的預言，盡管在她看來很荒唐，但是最終她決定試試，最終結果就成為了非常成功的人士。
終於天要亮了，雜貨店的時光機將不會轉換了，他們三個也將離開這個地方，而當他們整理思緒，打開偷來的包才發現，原來他們偷的是武藤晴美，就是那個迷途的小狗，而包裏有壹封感謝雜貨店的信，原來是他們誤解了武藤晴美，由此策劃了這場偷盜，他們決定自首把東西歸還回去。
在即將走的時候，抱著僥幸心理敦也看了下牛奶箱，那裏竟然有壹封信，當時無意中投的白紙，收到了來自浪矢雜貨店的回信。信中告訴他正因為白紙才有無限描繪自己的可能，壹切都是無限的，衷心祈禱他可以盡情燃燒自己的人生。這封過去的信，照亮了未來的他們。而未來了他們，也救贖了過去很多的人。過去與未來時光交錯的救贖，過去雜貨店的救贖，如今三個小偷的樂於助人，寬容與愛，每個人身上都可以閃光。
交錯的時光機，溫馨的雜貨店，清香的牛奶箱，給人帶來絲絲的暖意。而除了那扇神秘穿梭時空信封的卷簾門，那個見證了很多人成長的丸光園孤兒院同樣不可忽視。丸光園是少年浩介離開父母後另壹個家園，它是未婚母親綠河壹歲的女兒在母親去世後唯壹的家，它是天才女歌手水原芹和弟弟被虐待後第壹個感到溫暖的地方，它是魚店音樂家靈魂升華的地方，它是武藤晴美想要支助的精神樂園，它是三個挽留失業危機的小偷犯錯誤的開始……同時也是壹切愛的根源。這裏還有那個美好的故事，關於浪矢雄治的初戀，和孤兒院創始人美好單純的小時光，它壹定要成為標誌性的存在！
如果有個時光機，如果有個通往過去和連接未來的卷簾門，如果有個牛奶箱，如果解憂雜貨店重新開始接收來信，妳最想投給過去和未來什麽，妳想給過去和未來的自己需要什麽，歡迎讀者來信或參與討論！
經典語錄:
百分小毛頭:我好想不用學習也能考試考壹百分，應該怎麽做。浪矢雜貨店:請拜托老師進行壹次關於妳的老師。因為考的都是妳自己的事情，妳的回答當然是正確的，肯定能拿壹百分。
浪矢雄治:不管是騷擾還是惡作劇，寫這些信給浪矢雜貨店的人，和普通的咨詢者在本質上是壹樣的。他們都是內心破了個洞，重要的東西正在從那個破洞逐漸流逝。
浪矢雄治:人的心聲是絕對不能無視的。
綠河的女兒:雖然至今為止的道路絕非壹片坦途，但想到正因為或者才有機會感受到痛處，我就成功克服了種種困難。
浪矢雄治:妳的地圖是壹張白紙，所以即使想決定目的地，也不知道路在哪裏。地圖是壹張白紙，這當然很傷腦筋。任何人都會不知所措。可是換壹個角度看，正因為是壹張白紙，才可以隨心所欲地描繪地圖。壹切全在妳自己。對妳來說，壹切都是自由的，在妳面前是無限的可能。
浪矢雄治:這個女人是不是當時那位咨詢者並不重要，重要的是，當時我的回答是不是正確。不，不只是當時，至今為止所寫的無數回信，對那些咨詢的人來說有什麽影響，這才是最重要的。
魚店老板健夫:我也好，魚松也好，都沒有脆弱到需要妳照顧的程度。所以妳不要想這些有的沒的，再去全力打拼壹次，在東京奮戰壹場。就算最後打了敗仗也無所謂，至少妳留下了自己的足跡。做不到這點妳就不要回來。
魚店老板:到那時候，妳有很多理由替自己開脫。‘因為我爸病倒了，沒辦法只能繼承了’，‘都是為了這個家作出犧牲’，總之什麽責任也不想負，全是別人。