創始人亨利·賈維斯·雷蒙德在大學時，就曾為格裏利的報刊投稿，畢業後即成為格裏利的首席助手，後來同格裏利發生沖突，便離開《紐約論壇報》，另圖發展。 在1851年，雷蒙德和喬治·瓊斯分析紐約報界的情況後發現：《紐約太陽報》、《紐約先驅報》、《紐約論壇報》這三大便士報雖然都獲成功，但《太陽報》和《先驅報》的新聞過於刺激，而《論壇報》又過於偏激。於是他決定創辦壹份純正、議論平和的報紙，來打破當時在紐約盛行的花花綠綠的新聞報道方式。
1851年9月18日，《紐約每日時報》創刊，售價1美分。 1857年9月14日改用《紐約時報》，平日出90多版，星期日140版。1983年11月13日的壹期星期日版達1572版，重量4.5千克多。發行量平日105.6萬份，星期日164萬份（1987）。
1869年，雷蒙德去世後，《紐約時報》的發行人由喬治·瓊斯接替。在他主持期間，《紐約時報》揭露坦慕尼協會巨額貪汙案，轟動壹時。
1896年，阿道夫·奧克斯借了75,000元收購了瀕於破產的時報，當時發行量約為9000份，負債30萬且每周虧損2500多美元。奧克斯在接辦《紐約時報》時就確定了時報的新聞報道原則：“力求真實，無畏無懼，不偏不倚，並不分黨派、地域或任何特殊利益。”
他大膽地增刊擴版，在新聞報道上不惜投資，大量增加在當時頗為稀有的國際新聞內容。在他的領導下《紐約時報》獲得了國際性的認可和聲譽。雖然當時美西戰爭使得黃色新聞大行其道，但時報發行量依然到達8萬2千余份。兩年後，《紐約時報》的銷售量就超過了10萬份大關。1897年他提出了《紐約時報》的格言：“所有值得印刷的新聞”。這個格言被公認為對“黃色新聞界”的挑戰。奧克斯要求出版壹份嚴肅、莊重、富有教養的報紙提供給紐約精英階層，同時也提出了壹個針對黃色新聞的響亮口號：“報紙不該弄臟人們早餐的餐巾”。
1935年，奧克斯去世之後，其婿索爾茲伯格任發行人兼社長， 直至1961年。後為索爾茲伯格家族所有，與洛克菲勒財團關系密切。1969年起從家族企業變為股份公司，成為擁有多家美國報紙、雜誌、電視臺、廣播電臺和國外聯合企業的大報團。
《紐約時報》第四代發行人是索爾茲伯格的獨子，人稱“彭區”的阿瑟·奧茨·索爾茲伯格，他勵精圖治，選拔麥森、羅森索等優秀編輯、經營人才，引進先進技術，開拓多元化經營。彭區在任30年，時報走出了瀕臨崩潰的困境，積累了雄厚的物質基礎，1963年時報的總收入為1億美元，到1991年，時報總公司的收入已達17億美元，在這壹過程中，《紐約時報》也完成了由家族式經營向市場式經營的轉型。
1992年，經過多年培養後，彭區將時報發行人大印傳給兒子小阿瑟·奧茨·索爾茲伯格。小阿瑟比父輩更追逐利潤，他試圖促成《紐約時報》平民化，使各種人群都能夠接受，因此涉及“煽情新聞”，使得《時報》壹度失去公眾的信任。
2004年，報道伊拉克戰爭“情報門事件”挑戰攻伊正當性。
2008年12月，受到次級房貸風暴和延伸的全球經濟衰退影響，出現周轉問題，將總部大樓抵押貸款。
2009年1月20日，向墨西哥富翁和電信巨頭 Carlos Slim Helu借款2.50億。
2009年3月9日，將新大樓的股份作價2.25億出售回租（sale-leaseback agreement）。保留在2019年之前以2.50億買回的權利。
2010年，為了維持盈利，《紐約時報》探索線上訂閱等經營模式。
2012年6月28日，《紐約時報》中文網上線。網頁版式與英文網站風格相對統壹，並將《紐約時報》先進的數字化運營經驗運用於中文網。
2012年8月14日，英國廣播公司（BBC）前總裁馬克?湯普森被任命為《紐約時報》新任執行總裁。
2014年3月26日，紐約時報公司公布了兩個新的數字訂閱模式，這兩個新等級模式會提供給消費者新低價和溢價模式。