陽明思想體系的核心是"致良知"。它包括心即理、知行合壹致良知，以及萬物壹體之仁等幾個方面。而其思想體系的基點和出發點則建立在對朱熹格物致知說的批判上面。
1．對格物致知說的批判
王陽明對格物致知說的批判主要在這樣兩個方面：壹是從道德修養的角度批判其理論的內在矛盾；壹是從朱熹身後的影響來批判格物致知說的"學術之弊"。從前壹個方面看，由於王陽明年輕時期曾壹度篤信朱學的格物說，然而當他用這種方法去進行個人的道德修養時，便發現無論是即物去窮理，還是循序而讀書，都只能是"物理吾心，終若判而為二"，並不足以解決個人的道德修養問題。因而他對朱嘉的格物致知說便產生了深深的懷疑。其《傳習錄》下說："先儒解格物為格天下之物。天下之物如何格得?且謂壹草壹木亦皆有理，今如何去格?縱格得草木來，如何反來誠得自家意？”在他看來，朱子訓格物致知為即物窮理。欲以格天下之物而達誠自家意的目的，顯然是徒勞的。因為其格的後果只會析心與理為二，使主觀之心與客觀之理不能統壹。至於後壹個方面，王陽明認為，由於朱熹主張問學致知而不註重身心修養，遂造成其後學在道德修養方面的知行脫離，以為必先知了，然後能行。這種支離割裂的學術之弊必然給現存的社會秩序帶來危害，有以學術殺天下的危險。
2.心即理
鑒於朱學格物致知的教訓，王陽明主張心即理，並據此提出知行合壹的口號，決心創立良知之學，從而用壹種註重身心修養的學說來取代朱熹沈溺詞章、務外遺內、博而寡要、支離決裂的格物致知說。他對格物的解釋是，"格物者，格其心之物也，格其意之物也，格且知之物也。正心者，正其物之心也；誠意者，誠其物之意也；致知說，他對格物的解釋是：“格物者，格其心之物也，格其意之物也，知者，致其物之知也。此豈有內外彼此之分哉嚴在他看來，格物沒有內外彼此之分，因此格物是格心之物，是去其心之不正，以本體之正。這樣，王陽明的格物便不是朱熏即物窮理的求知方法，而更偏重於為善去惡的內心涵養，從而使格物與致良知完全吻合起來。這種新的格物說，正包括了他的所謂心即理、知行日壹致良知的心學觀點。所謂心即理，在王陽明看來，就是不能像朱熹那樣將心與理分而為二，從而導致知與行、學問與修養的分離。為此，他繼承和發揮了陸九淵的心即理的思想，以為宇宙萬物的規嚴皆歸於吾心判斷的範疇，並由此說明進行道德修養只要求之於心，於心上下功夫就夠了。
3.知行合壹
知行問題是中國哲學中壹個相當古老的問題。但知與行的先後及難易問題則是中國哲學家壹直未能很好解決的問題。對於這個問題，王陽明的基本立場是主張知行合壹。其大概意思是，知何同壹於心之本體，知行是同壹個功夫，知行合壹並進不可分離等等。具體說來，他認為，知則必行，不行不足謂之知；真知則必行，不行終非真知；知不限於思想，行不限於行動，知行同是心的兩個方面，即知即行。至於其知行合壹的目的，據王陽明自己說，壹是為吃緊救弊而發，壹是為了論證知行本體本來如此。也就是說，知行合壹說的核心內容是知行本體合壹，重點在於強調行。知是行的主意，行是如的功夫；知是行之始，行是知之成。至於這裏的行，雖然含有社會實踐的意義，但說到底只是中國傳統社會的道德踐履，是專指壹種所謂克己功夫。在這壹點上，王陽明與朱熹並沒有什麽根本性的不同。他們都是要求去人欲而存天理，只是在方法與手段上，朱熹更多地強調以知識的增進為學聖人的基本途徑，而王陽明則以為不必在增進知識上下功夫。在他看來，學問思辨都是行，不徒朱熹所說的由問學而達到致知的壹條途徑，而應該包括陸九淵所強調的尊德性、重實行的修養方法。由此可見，王陽明的知行合壹說，實際上是朱陸學說的折中與調和。
4.致良知
良知的說法來源於《孟子》，其含義是指壹種"不慮而知"的天賦道德觀念。王陽明對此加以發揮，並引進《大學》中的"致"字，《大學》說："致知在格物"；"格物而後知至"。據此，王陽明提出致良知的主張，以為良知即是天理，從而迸壹步要求人們首先認識和恢復內心所固有的天理，並由此推及自己的良知於事事物物，那麽事事物物皆得其天理矣。即把自己的壹切行為和活動都納入中國傳統社會道德規範的軌道。其要點包括：第壹，良知即是天理。在孟子那裏，良知本是壹種先驗的道德觀念，是指惻隱之心、羞惡之心、辭讓之心、是非之心，而王陽明對此則作了本體方面的發揮，以為吾心之良知，即所謂天理。把先驗的道德良知視為代表世界本原的天理，因而良知便成為人人心中不假外求的道德本原。在王陽明看來，良知是是非之心、好惡之心，是判斷是非的唯壹標準；良知人人俱在，自聖人以至愚人，無不相同；人人同具良知，人人有個判斷是非善惡的自家標準。因此，他強調，良知就是人人所具有的"心之本體"，它先驗地存在於人們的心中，人們依良知而行便會產生正確的道德行為，故而無需向外尋求道德行為的來源。第二，良知是心之本體。在王陽明看來，良知天理在人們的心中，天理的昭明靈覺就是人心之虛明靈覺。通過它，人們便能很自然地感覺或判斷出人的行為的善惡是非，從而推動良知，並使它充分發揮自己的機能，以善念支配人的道德行為的過程，此即致良知的功夫。由此可見，王陽明的致良知的學說，充分強調了良知在道德修養中去惡為善的主觀能動作用，並使之成為支配人的道德行為的精神本體。第三，對朱熹格物致知說的改造。朱熹的格物致如說強調知識在人的通德修養過程中的作用，忽視了人心在此壹過程中的能動功能。對於朱學的這壹內在缺欠，陸九淵曾經表示過嚴重不滿，以為朱學的這壹原則實在是支離破碎，並由此而提出自己的新的解釋。王陽明在這壹問題上，基本是接著陸九淵的思想繼續前進，如果說有所不同的話，那就是他對朱熹反復強調的格物致知進行了壹番新的解釋，即將"物"解為"事"，將"格"解為"正"。這樣"格物"便是在意念發動處的件件事情中為善去惡，避開主觀意念中惡的認識，接近善的百接感覺。他以為這樣的格物便可避免"務外遺內"之弊，杜絕"支離破碎"之病。以這種格物說解釋《大學》的致知在格物，在意念的發動處為善去惡，不欺騙良知的感覺，這就是誠意。
因此可以說，王陽明的致知格物其實就是窮究吾心之良知。從而把《大學》的實踐道德思想轉變成自己的"格物致良知"的道德修養論。
5.萬物壹體之仁
萬物壹體之仁說，是與王陽明的"明德、親民"說相聯系和相貫通的；是他把致良知的哲學擴展到社會政治層面，並與《大學》的政治倫理學說結合在壹起而成的。他的萬物壹體之仁說的意義，在於強調天地萬物以人為中心，人心便是天地鬼神的主宰，人的良知也是草木瓦有的良知。按照他的這個說法，聖人之心便應以天下萬物為壹體，每壹個人都應將自己的良知是非推廣到天下，如此便能救社會於水火之中。