壹部《史記》傾註了司馬遷多少的心酸淚，為了完成父輩的囑托，他奮筆疾書，記錄歷史，為了能使這部鴻篇巨著順利完稿，他不惜忍受被宮刑（腐刑）的屈辱，可以說司馬遷在史學上的成就和造詣足以讓他成為西漢乃至中國歷史上最偉大的史學家之壹，然而自從他寫完《史記》後就此銷聲匿跡，再無壹點信息，至此人們對於他的死因就產生了種種的推測。
從司馬遷有限的記錄中可以看出，他所經歷的重大事件中的幾個關鍵人物有漢武帝、李陵、任丘等，他所遭受的宮刑也與李陵事件有關。
公元前99年，李廣利率領三萬騎兵大舉出擊匈奴，飛將軍李廣之孫李陵主動請纓參戰，漢武帝以以騎兵不足予以拒絕，李陵卻毫不介意，主動請5000步兵隨同出征，這讓漢武帝看到了當年李廣的風範，認為他年輕有為，有霸氣，自然就對李陵產生了極大的欣賞和期望。
李陵所率領的5000步卒幾乎把匈奴掀翻了天，打得匈奴人東躲西藏，後來碰到了匈奴的八萬騎兵，李陵毫不畏懼，奮勇作戰給予了匈奴沈重的打擊，但是最終寡不敵眾，在彈盡糧絕的情況下投降了匈奴。
漢武帝本來對李陵抱有極大的期望值，寄予厚望，現在他居然投降了，這讓漢武帝產生了巨大的心裏落差，如此器重的人竟然就投降了，他實在是難以接受，這簡直是在打聽到臉。
滿朝大臣都認為李陵應該戰死沙場，而不是變節投降，他們紛紛譴責、汙蔑李陵，對他落井下石，還提議將他的家人全部殺掉。
漢武帝又問司馬遷對此事有什麽看法，司馬遷只是壹個太史令，這個職務在當時是負責?掌天時星歷?的官，而政治、軍事、外交這類國家大事跟司馬遷的職責沒有什麽關系，面對漢武帝的詢問，司馬遷最合適的做法就是隨聲附和，人雲亦雲，明哲保身。
然而在這種情況下，司馬遷居然公開和漢武帝唱起了反調，他認為李陵投降事出有因，迫不得已，應該等他回來繼續服務朝廷，司馬遷僅僅是為李陵辯解了幾句就激怒了正在氣頭上的漢武帝，這無異於火上澆油，可以說是撞在槍口上，漢武帝不容他多辯解就直接將他投進了大牢。
後來漢武帝又得知李陵在匈奴幫助訓練匈奴士兵來對付漢朝，壹怒之下，草率地滅了李陵的三族，其實這都是公孫敖鬧的個大烏龍，漢朝投降匈奴的另壹個降將李緒，是他在訓練匈奴士兵，而公孫敖陰錯陽差認為是李陵，誤導了漢武帝，李陵後來設計殺死了李緒，漢武帝殺了李陵的全家，使得李陵萬分的心寒，自此打消了回來的念頭。
司馬遷因李陵之禍被判處的是死刑，而非宮刑，因為在漢文帝的時候就已經逐漸的廢除了肉刑，在漢武帝時期被判處死刑後，有兩種方法可以減刑，第壹是拿50萬錢出來就可以免死；其二如果不想死可以用腐刑（即宮刑）來替代。
司馬遷壹個小小的太史令，怎麽拿得出來50萬錢贖命，如果伏法受誅則不能完成歷代先人交代的史記，往來的朋友在這個敏感的時期個個都明哲保身，躲得遠遠的，司馬遷無奈只有自己申請腐刑，才能夠茍延殘喘完成父輩的囑托。
被判處宮刑後，司馬遷繼續編纂史記，為了完成使命自己忍受世人的鄙夷，所需要的不是壹般人的勇氣，他也確實夠冤的冤到了極點。
司馬遷人生中的另壹個人物是任丘，他們是好朋友，這個任丘受?巫蠱之禍?的牽連，將要被處斬，求生的欲望使得他向司馬遷寫信求助，希望他能夠在漢武帝面前求個情。
司馬遷也是有心無力啊，上次李陵事件還沒怎麽說話就被閹了，現在有......？司馬遷並不是怕死，關鍵是他幫不上忙，何況?巫蠱之禍?連太子、皇後都死了，妳壹個任丘活得了嗎？
無奈司馬遷只得給任丘回信，教室那封有名的《報任丘書》，他說明自己幫不上忙，他的這封信寫得很長，說自己受到腐刑所遭受的屈辱，滿篇都是抱怨漢武帝，直言貶損，表達了他的憤懣之情。這篇《報任丘書》對於我們來說其他的都不重要，其中的壹句至理名言對我們受益頗多，那就是?人固有壹死，或重於泰山，或輕於鴻毛?，這也是司馬遷對於人生的經典評價。
至於司馬遷的死因，歷史上有多種猜測，其壹是自殺，，司馬遷因受宮刑，以堅強的毅力於公元前91年完成了《史記》的全部編纂工作，完成了使命，他覺得再活著也沒有什麽意思了，就自殺而亡了。
其二是受《報任丘書》的牽連再度入獄，被漢武帝處死。
第三種說法是壽終正寢。
本人比較相信司馬遷是壽終正寢自然死亡的，司馬遷在編纂完《史記》後，因為身體的缺陷而遭到了別人異樣的眼光，他難以承受，於是選擇幽靜的地方隱居起來，從此與外界斷絕往來，直至老死。
其實司馬遷的死因不是太大的問題，古人記載歷史的時候，除非是被殺，自然死亡壹般是不怎麽寫死因的，從司馬遷的著錄來看，他至少活了48歲，這個年紀在漢代已經夠長壽的了，而且他還受過宮刑，所以他應該是自然死亡的。
如果司馬遷是被漢武帝處死的，作為另外壹個偉大的歷史學家班固在《漢書.司馬遷傳》中是不會不記載的，至於死於?巫蠱之禍?或者?下獄死?等等說法都是猜測，不足為信。
司馬遷在監獄被閹後，本來身體就不好，最後又嘔心瀝血寫完史記，病逝於隱居的地方，這些在壹些歷史軼事上可以查到，其實不管是怎樣死的，都不重要，對於歷史長河來說，司馬遷也只是壹朵浪花而已，只是比千年後的我們也許大那麽壹點而已，歷史上受極刑而死的有許多，但是歷史也不壹定是真實的，因為有許多真相都被湮沒了，別說什麽歷史學家，那些也只是他們的猜測而已。