他說："作戰計劃應考慮到敵人每壹可能行動，而制定必要的應付策略。作戰計劃可因環境、將領才能、部隊種類和素質以及戰場地形而隨時加以修改"。（《拿破侖軍事語錄》，第2條）並強調："任何出色的戰爭都是講求方法的戰爭"。（轉引自塔爾列《拿破侖傳》，447頁）
由於拿破侖在作戰中善於靈活機動，隨機應變，不墨守成規，不束縛於軍事上的條條框框，不拘泥於原來的設想，才致使其敵人往往無所適從。壹個被俘的老軍官曾感嘆說："跟我們交戰的是壹位年輕的將軍，他總是時而在我們前面，時而在我們後面，時而又在我們兩側，而我們根本無法理解。什麽時候我們都不知道應該怎樣配置我們的兵力才好。在戰爭中這種作戰方法是受不了的，它違反壹切常規。"（轉引自《拿破侖文選》上卷，82－83頁）
1806年的耶拿戰役，是拿破侖采用新的戰鬥隊形戰勝舊的戰鬥隊形的壹個生動的實例。當時普軍仍采用傳統的線式隊形，作戰時要求全隊同時推進，動作整齊壹致，不顧敵人的火力，呆板地進行作戰。而拿破侖則采用了使散兵和縱隊相結合的新的戰鬥隊形，部隊可以根據任務和地形，或以線式及縱隊進攻，以方形擊退騎兵，或展開具有壹定縱深配置的隊形。它既便於在開闊的平地上作戰，也有利於在起伏地、森林地和居民地進行協同作戰，大大提高了部隊作戰的靈活性、彈性和邊續突擊的能力，導致普魯士軍隊在很短的時間裏幾乎全部被殲。對此，恩格斯曾高度評價說："由拿破侖發展到最完善地步的新的作戰方法，比舊的方法優越得多，以致在耶拿會戰以後，舊的方法遭到無可挽回的徹底的破產"。（《馬克思恩格斯全集》第20卷，1693頁）
每個十兵的背囊裏都有壹根元帥的指揮棍
拿破侖在戰爭實踐中，始終把建設軍隊的問題擺在重要的位置，並力求建立壹支能征善戰的強大的資產階級軍隊。
其建軍思想主要表現在以下幾個方面：其壹，重視選拔將帥。拿破侖有壹句名言："壹支由馴鹿統帥的獅軍，決不可能再是獅軍。"（轉引自富勒《戰爭指導》，35頁）並由此把將帥的選拔作為建立強大軍隊的重要條件。在如何選拔將帥的問題上，拿破侖壹是註重年輕有為。據悉J805年由他晉封的18位元帥，多數在40歲以下，37歲以下的約有7人，而達烏僅34歲。而在兩年後，即1806年的奧厄施泰特戰役中，達烏不僅能獨立指揮作戰，並且還取得了輝煌的戰績。在平時和作戰中，拿破侖也經常把將軍證書授予年輕有為的軍官，進而有力地鼓舞了下級軍官力求上進的激情。
二是力求不拘壹格。拿破侖在選拔將帥時，徹底破除了傳統的講究貴族出身的門閥觀念，註重唯才是舉。他曾說："每個士兵的背囊裏都有壹根元帥的指揮棍"。（轉引自塔爾列：《拿破侖傳》，163頁）提倡人人爭當將軍和元帥。在其元帥中，著名的內伊元帥是飯店主的兒子，拉納元帥是個士兵的兒子，而以勇敢著稱的勒費弗爾元帥則原是壹個目不識丁的士兵。
三是強調素質才能。他說："壹位統帥最主要的條件是冷靜的頭腦（《拿破侖軍事語錄機第73條）他的情報要像望遠鏡的鏡頭那樣清晰，要能認識事情的真相，而決不能隨便為好消息或壞消息所影響。"壹個通過別人的眼睛來看事物的人，永遠不能合理地指揮壹支軍隊。"（轉引自富勒《戰爭指導》，35頁）他認為，壹個將帥不可缺少的素質是堅毅果斷，知道在當時的情況下應該做什麽，而不是消極被動，猶豫不決。"戰爭的成功要靠慧眼，並在戰鬥中尋找心理性的時機。在奧斯特利茨會戰中，我要是提前六小時發起進攻，我就會失敗，"意誌、性格和膽量，使得我所以成為我。"（轉引自富勒《戰爭指導》，35頁）他還要求將帥經常有作戰預案，成竹在胸。壹個司令官應該每日自問幾次，如敵人在我前方、左方或右方出現時，我應如何處置，並尋求辦法克服敵人。他提倡將帥為人表率。如在意大利羅地奪橋之戰中，他親自和擲彈兵在壹起戰鬥。在埃及的壹次軍事行動中，他下令將馬匹、車輛用來運載傷病員，自己帶頭步行等，在拿破侖的倡導下，其他將帥也能做到身先士卒，進而提高了他們在軍隊中的威信，鼓舞了官兵鬥誌。
其二，註意激勵士氣。從意大利戰爭開始，拿破侖就深刻體會到，決定戰爭勝負的主要是精神力量，而不是數量。"不是部隊的數量給軍隊帶來了力量，而是忠誠和豪氣給軍隊增添了鬥誌。"（轉引自富勒：《戰爭指導》，36頁）
為了激勵士氣，拿破侖首先設法激發官兵的榮譽感。他認為，勇敢是金錢買不到的，應千方百計地激勵官兵能為通常所不理解的理由去犧牲自己的生命。壹個人如果把自己的生命看得高於民族和國家的榮譽，那他根本就不應當成為法蘭西陸軍中的壹員。在意大利，我們通常都是壹對三，但是人們對我具有信心。有時語言的激勵作用往往令人吃驚。比如，"在戰火之中，我騎著馬來到隊伍前，高聲喊道：舉起妳們的軍旗吧！這個時刻終於來到了！"只要這樣壹呼喊，法國士兵就會立即行動。"（轉引自富勒《戰爭指導》，35－36頁）
其次，不惜以重金實施獎賞。拿破侖盡管說過金錢買不到勇敢的話，但為激勵士氣，還是不惜花費大量掠奪得來的金銀財物作為物質獎賞。如在征服普魯士、打敗沙俄後，曾賞給達烏元帥100萬金法郎，貝爾蒂埃元帥50萬金法郎，內伊元帥近30萬金法郎，其他將帥包括實際參加戰鬥的軍官也都得到獎賞，負傷的比未負傷的多得兩倍，很多人還得了優厚的年金。
此外，熟悉官兵並關心他們的健康。他認為，官兵之間的私人接觸，是實施成功領導的壹個秘密。他在壹份每日命令中寫道，壹個營的指揮官，只有當熟悉了壹切細節之後才能休息；還寫道，疾病比敵人還危險。寧可打壹場流血很多的戰鬥，也不要把部隊安置在不衛生的地方。
其三，重視教育訓練。拿破侖把教育訓練擺在建軍的重要位置，認為，良好的教育訓練是建立壹支良好軍隊的重要條件，未經訓練的部隊，只會引起麻煩。
在政治教育上，要求軍隊有愛國情緒和民族光榮感，嚴禁倒戈叛國，將防區獻於外人。對投降者視為叛逆，處以極刑。並主張不用皮鞭而用榮譽進行管理。通過建立"榮譽軍官團"激發榮譽感，以官價、金錢、獎章和通令表揚等獎勵傑出官兵。廢除體罰制度，用軍事法庭審處犯罪行為，建立所謂"同誌審判會"，利用士兵群眾維護紀律。
在軍事訓練上，拿破侖認為，軍事指揮藝術首先表現在善於迅速武裝、訓練和建設壹支大的軍隊。他通過軍事學校培養軍官，並在中等學校進行培養軍官的訓練，學生畢業後經考試進入高等專門軍事學校。為加強部隊訓練，專門設立訓練兵營，如著名的布倫兵營就是集中施以正規訓練的基地。訓練堅持從實戰出發，反對形式主義的排場和刻板的訓練。為適應戰爭緊迫需要，采用隨營訓練新兵的形式，新兵入伍後，第壹個月在補充隊裏受訓，第二個月出發行軍，第三個月就投入戰鬥。每壹新兵營都配備壹批有經驗的軍官和軍士，每壹新兵連都配備壹些老兵，而在戰鬥時將老兵和新兵編在壹起。新兵訓練重視以老帶新，發揮骨幹作用。由於采取上述措施，使拿破侖能於1812年在俄國戰場損失60萬軍隊之後，很快便能武裝、訓練和建立壹支幾十萬人的軍隊，並能迅速將他們帶到戰場上同反法軍作戰。
其四，強調兵種協同。拿破侖壹直註重促使步兵、炮兵和騎兵協調發展，以適應當時的作戰特點和新的作戰方法。步兵是拿破侖軍隊中最主要的兵種，占了其軍隊編制的4/5。其中，1805年，拿破侖曾擁有近40萬步兵。
他在充分肯定步兵作用的同時，還非常強調炮兵和騎兵的作用。正是從拿破侖開始，炮兵確實決定軍隊和人民的命運。並認為，戰鬥決定於炮火，而不是決定於白刃戰，無論是在攻城戰還是在野戰中，擔任主角的都是炮兵。甚至提出"制造戰爭的就是炮兵"，可見重視之至。
拿破侖尤其強調步兵、炮兵和騎兵三個兵種的有機配合，指出："步兵、騎兵和炮兵，三者相倚為用，均需相互協作"。（《拿破侖軍事語錄》，第47條）並明確區分了這三個兵種在戰鬥中的職責和任務，既充分肯定步兵的主體作用，又非常重視炮兵與騎兵的特殊功用。認為不按戰術原則而把騎兵與炮兵、步兵隨便配置在壹起是不對的，混合使用步兵排與騎兵排也不妥當，在某些情況下，如果沒有步兵的有力掩護，騎兵不免會慘遭厄運。並強調，決不能使三個兵種分離脫節。顯然，拿破侖已初步看到了步、炮、騎兵三個兵種聯合作戰的意義，並在壹定程度上總結了這種聯合作戰的經驗。
作為壹代名將，拿破侖運籌帷幄，躍馬疆場，身經百戰，其作戰經驗是非常豐富的，其統帥藝術為許多兵家所稱道，其軍事思想也在資產階級軍事思想史上占有重要地位，曾受到馬克思和恩格斯的高度評價。
正如恩格斯所指出的："拿破侖在軍事科學上的卓越改革不能視為奇跡；新的軍事科學是新的社會關系的必然產物，就如像革命和拿破侖所創造的軍事科學是革命所產生的新關系的必然結果壹樣。"（《馬克思恩格斯軍事文集》第1卷，184頁）它昭示我們：拿破侖這個資產階級的統帥，決非天生的將才，他在軍事上的成就，也決非奇妙的神話。作為壹個具體的歷史人物，他是在法國革命的特殊條件下成長起來的，是在接受和發展前人軍事遺產的基礎上成熟起來的，是個人的勤奮學習和豐富的戰爭實踐培養造就了其卓越的軍事才能。