日心說與地心說之爭
伽利略 vs 天主教會
時間：十七世紀
正方：伽利略 近代科學之父
反方：烏爾班八世 天主教教皇
過程：
1632年，哥白尼學說正式被禁十六年後。伽利略時年六十八歲，這壹年，他在佛羅倫薩寫出了壹生中最重要的壹部著作《對話》。《對話》全稱為《關於托勒密和哥白尼兩大世界體系的對話》，以三個人的對話形式討論了地心說和日心說。書中對話的三人分別代表日心說信奉者、地心說信奉者及中立者，在書中四天的討論中，用最全面的邏輯完整地支撐了日心說體系。
彼時“異端之錘”羅貝托·貝拉名與當年的保羅五世均已經在十壹年前去世，當年曾經賦詩贊頌伽利略的巴貝裏尼紅衣主教如今高踞教皇的禦座，稱烏爾班八世，壹改此前的友善態度。教皇閱後震怒，宗教裁判所當即成立特別委員會三人小組對《對話》壹書進行調查。當年九月，委員會兩周內連續舉辦五次會議並提交報告。教皇旋即要求伽利略立即趕來羅馬，接受裁判所審判，不得有任何延誤。如同當年對布魯諾的審判，他的審判由十名主教聯手執行。伽利略起初還想辯解自己只是把日心說作為壹種科學假設進行探討，《對話》中對於兩大體系均有涉及且不偏不倚。然而這樣的辯解實在蒼白，事實上，全書明白無誤地表達了對日心說的傾向性，所有對地心說的維護都顯得淺薄可笑。僅舉壹例，在書中為地心說辯解的人物名為辛普利奇奧（Simplicio），即使是不懂意大利語的我們都能發現辛普利齊奧的“辛普”明顯與“圖樣，圖森破”中“森破（simple）”諧音，這樣明白無誤的諷刺當然也難逃宗教法庭之眼，事實上，意大利語中的該詞源自詞根semplice，也正是“頭腦簡單”之意。
兩個月後伽利略穿著懺悔者的白布長袍，匍匐在裁判所冰冷的地面。宣判書冗長而洋洋灑灑，長達十數頁，十位紅衣主教中有七位簽署了自己的名字。宗教裁判所將其判定終身監禁，按他們的設想，伽利略應當在地牢裏度過自己的余生，並每周背誦《聖經·詩篇》中的悔罪詩。
伽利略逐字開始誦讀裁判所為他擬好的棄絕宣言，發誓永遠擁護地心思想。相傳當他讀完宣言，垂頭看著膝下沈默的大地，喃喃低語：“可它仍在運動。”
影響：
意大利最後宗師的囚禁，伽利略至此在軟禁之中度過余生。伽利略各項作品均遭封禁，1982年教皇約翰·保羅二世啟動小組，通過十年對伽利略事件的重新調查，伽利略在逝世三個半世紀後終得平反。
這是日心說與地心說首次重要沖突。日心說經此壹役，後經開普勒、牛頓完善，成為科學界主流學說。
2.“如果說我看的更遠，那是因為我站在巨人的肩上。”
光學波動說與粒子說之爭
牛頓vs胡克&惠更斯
時間：十七世紀下半葉至十八世紀初
正方：牛頓 英國皇家科學院院長 英國皇家造幣局局長 劍橋大學盧卡斯教授 近代物理學之父
反方：惠更斯 法國皇家科學院奠基人
胡克 英國皇家科學院奠基人、實驗主任
過程：
牛頓、惠更斯、胡克同為十七世紀頂級光學大師，三人學術領域交叉之處，起於望遠鏡設計制作。
伽利略當年轟動壹時的透鏡望遠鏡采取透鏡折射原理，當光線穿過高倍透鏡之時，由於不同顏色光線折射角不同，通過鏡筒的白光會在成像邊緣形成彩色的光圈，成像質量也非常堪憂。
要克服這壹困難，只能采取長焦距曲率小壹點的透鏡來減輕圖像扭曲，由此帶來的副作用是鏡筒被大大加長。光學大師惠更斯創造性地拋棄了鏡筒，設計“天空望遠鏡”，他直接把巨大的物鏡安在高塔之上，然後觀測者站在幾個街區外，手持目鏡對著物鏡進行觀測。
牛頓早就通過三棱鏡分光實驗對折射現象了如指掌，他直接設計出反射望遠鏡，放棄透鏡的設計，而是使用凹面反光鏡來聚攏光線，由於任何顏色的光線入射角與反射角都精確相等，壹舉除了折射望遠鏡的成像光圈。在牛頓、惠更斯等光學專家放眼天空之時，胡克在光學領域則鉆研毫末，在伽利略此前粗糙的顯微鏡基礎上進行修改，制出第壹批實用的顯微鏡。胡克曾指責牛頓剽竊了自己的反射式望遠鏡設計，稱自己早就做出過壹版更好的。後來在牛頓與胡克的致函中，牛頓寫下“如果說我看的更遠，那是因為我站在巨人的肩上。”由於胡克身材矮小，學界普遍認為此為對胡克的諷刺。
惠更斯剛剛了解到牛頓的反射望遠鏡及光學論文。他表面加以贊譽，稱牛頓的論文“極具獨創性”，心裏卻對牛頓的光學成果不夠滿意，他大力完善自己的光學構架。開始貫穿了整個光學發展史的，牛頓的“微粒說”與惠更斯和胡克的“波動說”爭論。牛頓從光的反射現象入手，認為光是由微小的粒子組成。惠更斯則認為光是壹種波動，用以解釋光的折射現象。此後惠更斯出版《論光》，以波動理論推導出光的折射和反射定律，令波動說在這場爭論中搶占先機。
惠更斯1678年出版《論光》，牛頓此刻無心參與爭論，壹時選擇隱忍。期間出版《原理》壹書，提出萬有引力。
1703年，牛頓的夙敵胡克在落寞中走完了自己68年的人生旅途。牛頓更進壹步，當選為新任英國皇家學會主席。此時的牛頓，靠著《原理》壹書，奠定了科學界第壹人的地位；皇家學會主席壹職讓自己在科學界也舉足輕重，他迅速而高效地，開始了對昔日老對手的清算。
首當其沖的是已經逝世的胡克，英國皇家學會中的胡克實驗室和圖書館被就地解散，胡克留下的實驗器材或被分散或遭銷毀。甚至，在1710年皇家學會會址搬遷時，唯壹的壹副畫像在搬遷中遺失，至今無人知曉胡克的真實面貌。
胡克逝世的第二年，牛頓重啟光學的波動說與微粒說之爭，於當年出版巨著《光學》，這本著作匯聚了牛頓在劍橋三十年研究的心力，從粒子的角度，闡明了反射、折射、透鏡成像、眼睛作用模式、光譜等方方面面的內容，他更從波動說中汲取養分，將波動說中的震動、周期等理論引入粒子論，全面完善補足了粒子學說。緊接著他將波動說無法解釋的問題壹壹提出，並對惠更斯當年的《光論》加以駁斥。當時惠更斯已在九年前病逝於荷蘭海牙。波動說連失胡克與惠更斯兩大支柱，牛頓以壹己之力，扭轉了光學兩大理論交鋒局勢，此後的壹個世紀，微粒說壹直牢牢占據著光學研究的主流。
影響：
牛頓以壹人之力扭轉微粒說劣勢，壓制波動說長達百年，至於波動說的反撲，則要等到英國物理學家托馬斯·楊的帶領方才卷土重來。這場爭論後來持續了數個世紀，直到1905年，愛因斯坦以光電效應的光量子現象為基礎，提出光的波粒二象性，才算為這場馬拉松式的辯論畫上終止符。