馬皇後剛被冊立為皇後之時，正逢漢明帝為表彰先朝功臣，在南宮的雲臺上擺出二十八名大將的圖像，為了讓後人記得他們的功勛，這就是後世所說的雲臺二十八將。但是，馬皇後的父親伏波將軍馬援卻沒有列入雲臺。原來漢明帝壹方面怕列入自己皇後的父親招人非議，壹方面擔心公開表彰馬援是打父親光武帝的臉。對此馬皇後沒有任何不滿，她非常能體諒漢明帝的苦心。
伏波將軍馬援，是光武帝時期最著名的武將。他有壹句名言流傳至今：“男兒當死於邊野，以馬革裹屍還葬耳。”馬援為光武帝劉秀立下過很多戰功，但是結局卻很慘。他病死於戰場，死後被人誣陷，連屍體都不許安葬，還被削去了爵位。但這位伏波將軍的女兒，日後卻成為了東漢時代最有名的賢後，她就是馬三小姐。
馬三小姐是如何當上皇後的呢?我們還要從馬援將軍病死戰場說起，當時馬援病死後被監軍梁松誣陷，光武帝壹怒之下下令嚴懲馬家，這時滿朝文武大臣不僅不幫著馬援將軍說話，有些人還落井下石。這其中就包括馬援的親家竇家，竟然連親家也來欺負孤兒寡母。
馬援的夫人藺氏壹怒之下與竇家解除婚約，把自己的三個女兒全部送到了皇宮之中，希望能與皇家結親，以免馬家再受欺淩。這其中就包括馬家最小的女兒——馬三小姐。
建武25年(公元49年)，13歲的馬三小姐被選入了太子宮，因為她才貌俱佳，侍奉陰太後又很得體，所以深受皇太子劉莊的喜愛。光武帝駕崩後，劉莊即位為漢明帝，立刻冊封她為貴人。
? 永平三年(公元60年)，有大臣上書請奏冊立皇後，當時馬三小姐同父異母的妹妹賈貴人已經生下了皇子劉炟，是當選皇後的最佳候選人之壹。漢明帝壹時決定不了，就去請皇太後決定，皇太後陰麗華只說了壹句話：“馬貴人德冠後宮，即可為後。”這句話分量十足，漢明帝便將馬三小姐冊封為了馬皇後。
馬皇後在生活中也壹直十分簡譜，常常只穿粗布衣服，每逢月初後宮嬪妃朝見她時，看到她穿著粗布寬裙，以為是用最新的絲綢制成的，裏近壹看才發現竟然是粗布制成。
漢明帝在位18年，在這18年中漢明帝始終寵愛著馬皇後。皇太子劉炟即位以後，尊馬皇後為皇太後，把馬皇後當成自己的母親侍奉，馬皇後於建初四年(公元79年)六月逝世。這位皇後被後世《續列女傳》稱贊為：“在家則可以為眾女師範，在國則可為母後表儀。”