顧憲成，字叔時，號涇陽，於1550年（明世宗嘉靖二十九年）出生於江蘇無錫涇裏（今無錫市張涇）壹個書香門第。
顧憲成聰明過人，幼年就有研讀孔子之學。1576年（萬歷四年），顧憲成赴應天（今江蘇南京）參加科舉考試，中了鄉試第壹名。
1580年（萬歷八年），顧憲成赴京參加會試，又被錄取在二甲第二名，被賜進士出身。
顧憲成中進士後，官居戶部主事。時值大學士張居正生病，朝臣群起為他祈禱。 顧憲成不參與祈禱，有同僚代他簽名，他拿筆去掉。1582年，張居正死後，顧憲成改任吏部主事。
後來顧憲成請假回鄉三年，返回朝廷後，補為驗封主事。
1586年（萬歷十四年），顧憲成的弟弟顧允成也考中了進士。
貶官外放1587年（萬歷十五年），明朝考核京城朝官，都禦史辛自修掌管考核事宜。工部尚書何起鳴在糾正考核的過失中，辛自修因不對執政大臣之意獲罪。給事中陳與郊秉承旨意彈劾何起鳴、辛自修，實際上是攻擊辛自修而庇護何起鳴。於是二人都被罷官，並責備了檢舉何起鳴的四位禦史。
顧憲成為他們抱不平，上疏申辯，詞語中有觸怒當權者的地方，被明神宗下聖旨責備， 貶官外放為桂陽州判官。後來提為處州推官。
顧憲成在母親死後辭官，服完喪後，補為泉州推官。
升官回京1593年（萬歷二十壹年）考核官員吏治時，顧憲成因為公正、廉潔被推為第壹，提升為吏部考功主事，累官至吏部員外郎。
1593年（萬歷二十壹年）正月，明神宗下詔將長子朱常洛和另外兩個兒子朱常洵、朱常浩同時封王，而不明確皇位繼承人，以便朱常洵仍有被立為太子的機會。包括顧憲成、顧允成兄弟在內的許多廷臣，上奏阻止這壹詔令的頒發。神宗迫於公議，於同年農歷二月間收回了三王並封之命。
1593年（萬歷二十壹年）的京官考察，吏部尚書孫、考功郎中趙南星將與執政有私交的人全部罷黜，實際上是顧憲成左右的。等到趙南星被斥退，顧憲成上奏請求壹同罷官，沒有得到回復。不久升為吏部文選司郎中，掌管官吏班秩遷升、改調等事務。
削職返鄉顧憲成直言敢諫，他和壹些正直的官員經常對朝廷的錯誤決策有所非議，在士大夫中聲望很高。
因為爭立皇長子朱常洛為太子，顧憲成引起神宗反感。1594年（萬歷二十二年），首輔王錫爵年老引退，明神宗便命吏部根據品望推選六七位能夠勝任首輔之職的官員聽候點用。顧憲成與吏部尚書陳有年合擬了七人名單上報，請神宗親裁。不料，顧憲成他們提名的人，都是神宗所厭惡的，尤其顧憲成提名的前大學士王家屏，更是違背了神宗的旨意，從而更觸怒了神宗。顧憲成被削去官籍，革職遣送回家。
顧憲成被除去官職以後，朝廷內外推薦他的上書超過上百份，神宗都不批復。
講學議政顧憲成回到了家鄉，決定從事講學活動，同時宣揚他的政治主張。恰好在無錫有壹所宋朝學者楊時曾經講過學的東林書院，他就同弟弟顧允成倡議維修。維修書院的事，得到許多地方人士以至常州知府、無錫知縣的資助和支持，在1604年（萬歷三十二年）修復了這所書院。同年十月，顧憲成會同顧允成、高攀龍、安希範、劉元珍、錢壹本、薛敷教、葉茂才（時稱東林八君子）等人，發起東林大會，制定了《東林會約》，規定每年舉行大會壹、二次，每月小會壹次。
東林書院既講學又議政，吸引著許多有誌之士，包括壹些因批評朝政而被貶斥的官吏。他們不顧道路遠近，紛來沓至，人數之多，竟使東林書院的學舍都容不下。
顧憲成曾經說：“在朝廷做官，誌向並不在皇上，在邊地做官，誌向不在民生，居於水邊林下，誌向不在世道，君子是不這樣做的。”他在講學之余，往往議論朝政，品評人物。朝廷之士仰慕他的風範，多和他遙相呼應。由此東林名聲大噪，而忌恨的人也多。從而被他們的反對者稱為“東林黨”。
1608年（萬歷三十六年），由於許多東官員紛紛上疏推薦重新起用顧憲成。顧憲成被正式任命為南京光祿寺少卿，但是顧憲成不接受任命，繼續留在家鄉從事講學議政。
遭受誣告1611年（萬歷三十九），東林黨人淮南巡撫李三才被彈劾，顧憲成送信給葉向高、孫丕揚，為李三才恢復名譽。禦史吳亮將它刻在朝報中，攻擊李三才的人看到後紛紛議論。
於是徐兆魁在奏疏上攻擊顧憲成，肆意詆毀。聲稱：滸墅有條小河，東林黨占用其稅收作為書院的費用。稅使來檢查，東林就以文書招請，假使稅使沒有應邀前往，也必定給予豐厚的報酬；講學所至，仆人隨從如雲，縣令命令館舍予以供應，沒有二百金辦不到；聚會時必定談論時事， 郡邑做事偶然與他們意見不同，必令郡邑改正；收受賄賂。
徐兆魁的話沒有壹句得到證實。光祿丞吳炯上奏為顧憲成辯白說：“ 顧憲成送信救李三才，是有些出格，我曾責怪他， 顧憲成也後悔。現在顧憲成被誣告，天下將因此作為講學的懲戒， 閉口不談孔、孟之道，國家正氣從此而耗減，不是小事情啊！”奏疏上後，明神宗不予回答。此後攻擊顧憲成的人沒有斷絕。
死後榮辱顧憲成於1612年（萬歷四十年）死於家鄉。留有著作《小心齋劄記》、《涇臯藏稿》、《顧端文公遺書》等。
天啟初年，明熹宗贈顧憲成太常卿。由於東林黨人開放言路指責朝政，觸動熹宗時專權的大太監魏忠賢，魏忠賢開館纂修《三朝要典》，打擊東林黨，同時造編《東林點將錄》等文件上報朝廷，1625年（天啟五年），明熹宗下詔，燒毀全國書院，削去顧憲成封號。
1629年（崇禎二年），崇禎皇帝下令為東林黨人恢復名譽，並下詔修復東林書院。顧憲成獲得 *** ，贈吏部右侍郎，謚號端文。
主要成就顧憲成創立了東林書院，並以東林書院為陣地，通過講學、論辯、研討、撰文、出書，對王守仁“心學”及王學末流在道德修養和認識論方面宣揚的種種虛、空、玄的主張和說教進行猛烈的抨擊和批判，從而推動了實學思潮的高漲。
人物評價《明史》：憲成姿性絕人，幼即有誌聖學。暨削籍裏居，益覃精研究，力辟王守仁“無善無惡心之體”之說。
樊樹誌：顧憲成在壹片誹謗聲中與世長辭。
《劍橋中國明代史》：東林運動的主要創始人顧憲成（1550—1612年），作為吏部的高級官員，成功地阻撓了任命壹個翰林學士來領導他自己的部，理由是，所有大學士已是翰林成員，由這樣壹個排他的內廷集團控制外廷的壹些主要職位將有損於健全的 *** 的利益。
家族成員哥哥：顧性成
弟弟：顧允成
七世侄孫：顧臯
後世紀念 紀念館顧憲成紀念館，在無錫張涇鎮元吉弄內，是顧憲成、顧允成兄弟誕生地。紀念館內的端居堂面闊五間，梁架間飾有飛仙雕刻。前有兩廂，兩廂前門前有壹對青石獅子。堂後原為花園，四面環繞回廊，園內亭臺水榭、假山花木，十分幽致。清嘉慶年間，顧氏後裔顧臯中狀元，於是在花園後又增建狀元廳。
墓葬顧憲成墓在無錫市錫山區查橋關涇村西南。墓前有壹對方形望柱，其後為壹座四柱三間的青石碑坊。甬道兩側整齊地排列著石羊、石虎、石馬、石文吏、石武士。現僅存石虎壹對，造型古樸。1985年增建墓園和墓墩，並重立墓碑，正面鐫刻“明端文顧公憲成之墓”，碑額線雕雲鶴紋，墓園周圍遍植柏樹。
祠堂無錫惠山聽松坊還有顧端文公祠，此祠創建於1613年（明萬歷四十壹年），並以顧允成配享，祠內原懸有顧憲成的名聯：“風聲雨聲讀書聲聲聲入耳；家事國事天下事事事關心。”