主角工藤新壹因為看到了組織與他人的非法交易而遭下毒，身體縮小成為壹個七歲男孩。他更名為江戶川柯南，調查黑衣組織。這個組織的真實名稱壹直是壹個謎，在片中往往以“黑衣（黑暗）組織”、“組織”代稱。組織的組成結構和目的也不明顯。但可以肯定的是組織的勢力遍布日本和西方國家，並且有雄厚的產業。組織的成立時間不少於半個世紀（單行本19卷 FILe9 被狙擊的球 TV130 競技場無差別脅迫事件 前篇），灰原對柯南講：“早在半個世紀前，妳就跟組織有很大關系了。”組織的顏色是黑色，所有的人都穿這個顏色的衣服。組織裏的人員的代號全部是酒名。 目前出現的比較重要的組織成員包括：Gin、Sherry（宮野誌保（灰原哀）（已背叛組織）、Vermouth（貝爾摩德，莎朗·溫亞德，克莉絲·溫亞德）、Vodka(伏特加)、Kir（基爾）（CIA在組織中的臥底，水無憐奈被FBI送入醫院後昏迷不醒，醒來後重新回到組織裏為柯南、FBI刺探情報）、Chianti（基安蒂）、Korn(科恩)、Calvados（卡爾瓦多斯）、Bourbon（波本）、IRISH（愛爾蘭）（M13“漆黑的追跡者”裏的組織新成員）、Pisco（匹斯可）
科恩（Korn）※ 琴酒（GIN）※ 基爾（Kir）※卡爾瓦多斯（Calvados） 伏特加（Vodka）※貝爾摩德（Vermouth） ※ 基安蒂（Chianti）※宮野厚司（宮野誌保的父親） 匹斯克（Pisco）※龍舌蘭（Tequila）※雪莉（Sherry）※宮野明美 邵淵己壹郎※原佳明※宮野艾蓮娜（宮野誌保的母親）※吞口重彥。
那位先生
那位先生（あの方） 姓名: 不詳 性別：男 年齡：不詳 愛人：Vermouth（貝爾摩德、苦艾酒）詳見345（A）第14分鐘 簡述：那位先生即組織內成員對黑衣組織首領的稱呼。但他的身份壹直是壹個謎，即使在漫畫中也從未以組織首領的身份露面或者有過壹個剪影。現在已知他所“寵愛的女人”是Vermouth。此外，在425 被組織的魔掌觸碰的瞬間中曾提到，他下令Vermouth協助暗殺任務。而且，組織的首領手機號碼在鳥取縣（TV387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音尾奏曲 ）中由於Vermouth的電話被竊聽，從而得知，但因其危險性，被哀勸阻，所以柯南並沒有撥打此號碼。 初登場：未知，已登場。
GIN
代號：琴酒 （GINジン 也譯阿進） 姓名: 不詳 性別：男 年齡：不詳
簡述：琴酒是組織中最早出現的人物，Vodka的大哥，新壹就是被他從背後打倒，再灌下了毒藥APTX4869。他的年齡、國籍和真名都是壹個謎。永遠都是壹身黑色長風衣，黑色的帽沿下披散的金色長發（後來版本中多是銀色長發），和壹張總是那樣邪惡的臉。殘酷無情，極度冷靜，有著冷酷的眼神，眼睛閃著寒光，殺過許多人也不在乎的樣子，在組織裏似乎有極高的地位，只要達到他的地位就可以見到“那位先生”，主要負責很危險的暗殺和重要交易。和雪莉似乎有很深的關系，是個智能型的罪犯，和柯南多次交手都只吃過壹次虧（M13 柯南用燈罩而這個燈罩是被直升機掃射時擊中，掉在柯南身邊的把他乘坐的直升飛機打了下來）。有壹輛從德國買來的黑色保時捷，型號是356A，左撇子。 勁敵: 赤井秀壹、工藤新壹(江戶川柯南)，波本 聲優：堀之紀 初登場：漫畫：Vol.1 File.1 《平成的福爾摩斯》TV：001 雲霄飛車殺人事件。
Vermouth
代號：苦艾酒（Vermouthベルモット 也譯貝爾摩德，貝爾茉） 姓名：莎朗·溫亞德（Sharon Vineyard）、克莉絲·溫亞德（Chris Vineyard， 是通過易容分別演出，與莎朗是母女） 年齡：不明 從前的職業：演員 擅長：易容、射擊、變聲 名言：A secret makes a woman woman。(秘密使女人更有女人味) 簡述：組織重要人物之壹，長得相當漂亮，頭腦冷靜，判斷力強，是組織中相當有實力的人，地位僅次於那位先生。公開身份是美國著名女演員，是工藤有希子的好友。習慣於單獨行動。深受組織“那位先生”的寵愛。曾化裝成莎朗·.溫亞德的女兒克莉絲·溫亞德以及小蘭學校的新出醫生，時而復出，時而隱退，行跡與想法都無法掌握猜度，精通易容術，真實身份應該是莎隆·.溫亞德，紐約事件中變裝成銀發殺人犯。把赤井秀壹的存在視為銀色子彈的危險。頭腦好、槍法高明。在組織中負責收集重要的情報。她還是組織BOSS所中意的人。變裝成新出老師、刺探出宮野誌保（灰原哀），然後除之。好像非常痛恨宮野誌保的雙親所研究的東西。可能也吃過APTX4869。二十年前殺死FBI探員朱蒂的父母，留下了壹個帶有指紋的眼鏡，並因此而暴露身份。曾經幫過黑暗組織的壹名成員皮斯克壹回，壹直在追查組織的叛徒雪莉，身手、智慧都堪與和琴酒媲美，大概還在其上。種種詭異的舉動總是能讓人感到不寒而栗，但是對柯南和小蘭又極力的保護（原因是出於在先前的事件中被小蘭和新壹救過壹次，出自於TV版 第345話 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重迷案中對於過去的回憶，並且發現柯南就是新壹，灰原哀就是宮野誌保，但未告知琴酒等人），似乎有叛變組織的傾向。很欣賞新壹的能力。 她的摩托車的型號是V-Rod。此外，貝爾摩德（苦艾酒）可能是第壹個服用組織要開發的神秘藥物的人 聲優：小山茉美 初登場：漫畫：Vol.24 File.8 《漆黑的葬喪行列》TV：176—178與黑暗組織的再會。
Vodka
代號：伏特加（Vodka ウォッカ） 姓名：不詳 性別：男 年齡：不詳 簡述：琴酒的助手，也是早期登場的人物，GIN的貼身助手兼司機。新壹當時便是目睹了他和不明男子的交易。Vodka長的非常壯，頭腦簡單，遇事沒有主見，做事稍嫌不細密，全聽琴酒的，尊稱琴酒為「大哥」。有幾次險些中了柯南的計而暴露組織的情況，幸由琴酒發現而得以彌補. 聲優：立木文彥 初登場：漫畫：Vol.1 File.1 《平成的福爾摩斯》TV：001雲霄飛車殺人事件。
Sherry
代號：雪莉（Sherry シェリー） 姓名：宮野誌保 化名：灰原哀 年齡：18歲（Sherry） 簡述：組織科學家宮野厚司的次女。美國留學後在組織裏負責開發APTX4869，是組織裏的“紅人” Sherry(宮野誌保)
（琴酒語）。但在組織殺害她的姐姐宮野明美後放棄研制作為抗議。在被組織處決前服下APTX4869自殺，卻變回小孩並逃出組織。現在化名灰原哀住在阿笠博士家中，和柯南壹起生活並躲避組織的追殺。曾經在壹次哀悼會中被皮斯克認出，並在短暫變回宮野誌保後被琴酒槍擊。多虧得到柯南的幫助才得以逃出。 後來在動畫345中身份暴露，被Vermouth發現。但是至今為止不為Gin等其他成員所知。 初登場：漫畫：18卷之FILE.6 《轉學生》 TV ：129 來自黑暗組織的女子 聲優：林原惠美。
其他成員
代號：龍舌蘭（Tequila テキーラ，死亡） 姓名：不詳 簡述：組織人物之壹，關西口音的大漢，在壹次在和滿天堂公司職員交易的時候因拿錯箱子在與GIN通話時被誤炸而死。曾與電腦工程師板倉卓接觸過。 初登場：漫畫：Vol.12 File.4 《突如其來的遭遇》TV：054 電玩公司殺人事件 聲優：廣田行生 皮斯克
代號：皮斯克（Pisco ピスコ，死亡） 姓名：枡山憲三 年齡：71歲 職業：汽車公司董事長 簡述：組織人物之壹，原名枡山憲三，身為汽車公司老板的他是經濟界的巨子，同時也是為組織長年工作的老成員。他是宮野誌保的父親宮野厚司的好友，所以經常能聽到壹些開發中的藥物的事情。與組織老大關系密切，封住有受賄嫌疑問題的政治家吞口重彥口的人。暗殺宮野誌保失敗。之後在哀悼會上舉槍射殺另壹組織成員吞口重彥時被在場記者拍到重要證據。因過多的失敗，被琴酒所殺。 初登場：漫畫：Vol.24 File.8 《漆黑的葬喪行列》TV：176—178與黑暗組織的再會 聲優：村松康雄 。
代號：卡爾瓦多斯（Calvados カルバドス，死亡） 姓名：不詳 卡爾瓦多斯
簡述：組織人物之壹，似乎是Vermouth的助手，喜歡Vermouth(425集中Korn的話）是個槍法很準的狙擊手。所持來福槍、手槍、獵槍等各種武器。最喜歡用的是霰彈槍。頭次出場帶著6把槍，之後就被赤井秀壹奪走了他身上的數把槍，並被打斷的雙腿。可是他身上仍剩余壹把手槍，在赤井秀壹想把他帶回去作線索時自殺。在2006年的TV425 黑色沖擊！組織魔爪伸來的瞬間 中，在組織成員chianti和korn的回憶中出現過壹個剪影，他大約是壹個戴眼鏡的瘦高個子。 初登場：漫畫：File.433 《面具下的真相》TV：345 直面黑色組織的對決！滿月之夜的二元神事件 。
代號：基安蒂（Chianti キャンティ） 姓名：不詳 簡述：組織的優秀狙擊手，狙擊上限為600yd。因為Vermouth的行動害死了卡爾瓦多斯，所以對Vermouth非常反感。 初登場：TV： 425 黑色的沖擊！組織魔爪伸來的瞬間 座駕：道奇蝰蛇跑車 武器：PSG 聲優：井上喜久子 代號：科恩（Korn コルン） 姓名：不詳簡述：組織的優秀狙擊手，和基安蒂是搭檔，射擊能力也與她不相上下。似乎和之前死去的卡爾瓦多斯關系很好。同樣反感Vermouth。 初登場：TV：425 黑色的沖擊！組織魔爪伸來的瞬間 武器：PSG（與基安蒂壹樣） 科恩（Korn）
聲優：木下浩之 。
代號：波本(Bourbon) 姓名：是沖矢昴 初登場：580集 簡述：謎壹樣的組織成員，對他的認識之少可以說僅次於那位先生。最早的“登場”來自於水無憐奈在返回組織後給FBI的壹通電話中。水無憐奈提到組織為尋找雪莉而派出了強大的偵探。這名偵探很可能是組織高層人物，但是連水無憐奈也沒有聽說過，而他的代號就是波本（Bourbon ，壹種烈性美國威士忌）。在隨後的漫畫中，可以感受到波本已經出現在柯南的周圍。但並沒有被明確地指出。他比琴酒還討厭赤井秀壹，壹直不相信赤井秀壹已死，曾揚言只有他能殺死赤井秀壹。琴酒稱之為“與貝爾摩得壹樣的神秘主義者”。 代號：未知 姓名：宮野厚司（死亡） 簡述：宮野明美與宮野誌保的父親，科學家。在科學界以“被業界驅逐的瘋狂科學家”而知名。在發表會類的活動中遇到過阿笠博士，並表示過對阿笠博士的發明的興趣，是個相當直爽的人。在組織中與妻子壹起進行“使死者復活的秘密藥物”（APTX-4689)的研究，在實驗中因事故死亡（根據組織的報告）。在《夕陽染 宮野艾蓮娜
的女兒節人偶》中被小哀提到。
代號：未知 姓名：艾蓮娜宮野（エレーナ宮野 死亡） 簡述：宮野誌保的母親，可能是英國人。從英國到日本留學時遇到厚司，此後結婚。雖然跟阿笠博士見過面，但因為其寡言少語，所以留下了不知道在想些什麽的印象。雖然在組織中被稱為地獄的墜落天使（HELL ANGEL），但把錄有自己聲音的錄音帶委托給宮野明美交給女兒誌保。錄音帶裏反映出其對女兒誌保的事情非常重視的想法。性格憂郁陰沈，小哀的陰沈是她的遺傳？與丈夫壹同死亡。還有很多未可知之處，其真實身份也是個謎，但是從留給女兒的錄音帶中可以了解到她其實很關心小哀。在《金錢買不到的友情》中被阿笠博士提到。 聲優：鈴木弘子 代號：愛爾蘭（Irish，死亡） 姓名：不詳 愛爾蘭
簡述：M13黑衣組織派去警視廳的內奸，Vermouth幫其易容成松本警視。因GIN殺害尊敬如父的匹斯可，在通過指紋對比得知柯南真實身份後並未告訴GIN,想抓住柯南去見那位先生，來扳倒GIN……最後為了救柯南死於基安蒂的狙擊之下。 初登場：劇場版M13 漆黑的追蹤者（1次） 聲優：幹本雄之。（後面資料）