李贄承認個人私欲，“私者，人之心也，人必有私而後其心乃見”。“天盡世道以交”，認為人與人之間的交換關系、商業交易合乎天理。
反傳統儒學
李贄以孔孟傳統儒學的“異端”而自居，對封建的男尊女卑、假道學、社會腐敗、貪官汙吏，大加痛斥批判，主張“革故鼎新”，反對思想禁錮。
在文學方面，李贄提出“童心說”，主張創作要“絕假還真”，抒發己見。，頭可斷面身不可辱”，毫不畏縮。李贄在詩文寫作風格方面，也主張“真心”，反對當時風行的“摹古”文風，他的這壹傾向，對晚明文學產生了重要影響。
進步的歷史觀
1．不以孔子是非為是非。李贄對《六經》、《論語》、《孟子》表示了極大的輕蔑，認為這些著作是當時懵懂弟子，迂闊門徒隨筆記錄，大半非聖人之言，即使是聖人之言，也只是壹時所發之藥石，不能成為“萬事之言論”。
2．反對歷史保守主義主張“與世推移”的歷史發展觀。“夫是非之爭也，如歲時行，晝夜更叠，不相壹也。昨日是而今日非也，而可遽以定本行商法哉?”提出“於世推移，其道必爾”的主張。認為春秋替三代，戰國代春秋都是壹種正常的歷史發展現象。
3．民本思想。雖然孟子早就提出“民為貴，君為輕，社稷次之”的主張，當在歷代統治者中，實際均未成為壹種政治實踐。而李贄大膽提出“天之立君，本以為民”的主張，表現出對專制皇權的不滿，成為明末清初啟蒙思想家民本思想的先導。
政治思想
李贄在反對政治腐敗和宋明理學的過程中，形成了他的政治思想，主要有：
① 主張個性解放，思想自由。李贄終生為爭取個性解放和思想自由而鬥爭。他蔑視傳統權威，敢於批判權威。他自幼“便倔強難化，不信學，不信道，不信仙釋”。他認為壹個人應該有自己的政治見解和思想，不應盲目地隨人俯仰。“士貴為己，務自適。如不自適而適人之道，雖伯夷叔齊同為淫僻。不知為己，惟務為人，雖堯舜同為塵垢豼糠”（《焚書·續焚書·答周二魯》）。他認為要獲得個性解放和思想自由，就必須打破孔孟之道及其變種宋明理學的壟斷地位，沖破封建經典所設置的各種思想禁區。李贄把鬥爭的矛頭首先指向孔丘，認為孔丘只是壹個普通人，他的話並不都是千古不易之理，不能以他的是非為是非，每壹個人都應該自為是非。為了打破孔丘提出的是非標準，李贄編寫了《藏書》和《續藏書》，用自己的是非標準，重新評價了歷史人物。
② 提倡人類平等。李贄認為，按照萬物壹體的原理，社會上根本不存在高下貴賤的區別。老百姓並不卑下，自有其值得尊貴的地方；侯王貴族並不高貴，也有其卑賤的地方。他說：“致壹之理，庶人非下侯王非高，在庶人可言貴，在侯王可言賤”（《李氏叢書·老子解下篇》）。
③ 反對封建禮教。李贄還對被封建統治者奉為金科玉律的儒家經典進行抨擊，認為儒家經典的六經，如《論語》、《孟子》並不都是聖人之言，是經過後人吹捧拔高形成的，不能當做萬年不變的真理。他反對歧視婦女，當有人說：“婦女見短，不堪學道”的時候，他駁斥說，人們的見識是由人們所處的環境決定的，並不是先天帶來的。他指出：“夫婦人不出閫域，而男子則桑弧蓬矢以射四方，見有長短，不待言也。……故謂人有男女則可，謂見有男女豈可乎？謂見有長短則可，謂男子之見盡長，女人之見盡短，又豈可乎？”（《焚書· 答以女人學道為見短書》）他主張婚姻自由，熱情歌頌卓文君和司馬相如戀愛的故事。
④ 反對理學空談，提倡功利主義。李贄揭露道學家的醜惡面目，指出他們都是偽君子，“名為山人，而心同商賈，口談道德，而誌在穿窬” （《焚書·續焚書· 夏焦弱侯》），仁義道德不過是掩蓋他們卑鄙齷齪的假面具，“本為富貴，而外矯詞以為不願，實欲托此以為榮身之梯，又兼采道德仁義之事以自蓋”（同前）。他不同意道學家宣傳的“正其義不謀其利，明其道不計其功”的說法，認為人類的任何舉動都有其謀利和計功的目的。董仲舒“正其義”、“明其道”的宣傳，也是以功利為目的的。從功利的觀點出發，李贄主張富國強兵。他批評理學家“高談性命，清論玄微，把天下百姓痛癢置之不聞，反以說及理財為濁”的行為。他指出：“不言理財者，決不能平治天下”（《四書評·大學》）。針對儒家把文武分途，儒者不懂武事的現象，他強調武事重要，認為“知兵之將，民之司命，國家安危之主”（《李氏叢書·孫子參同》）。他提倡耕戰，認為“務農講武，不可偏廢”（《李卓吾批點皇明通記》），說“蓋有所生，則必有以養此生者，食也。有此身，則必有以衛此身者，兵也”（《焚書·續焚書·兵食論》）。針對正統理學家的“存天理滅人欲”的命題，他提出“穿衣吃飯，即是人倫物理”的主張，認為“理”，就在百姓的日常生活當中，對正統思想提出了挑戰。
⑤ “至道無為”的政治理想。針對明王朝的腐敗政治，李贄提出了“至道無為、至治無聲、至教無言” 的政治理想。他認為人類社會之所以常常發生動亂，是統治者對社會生活幹涉的結果。他理想的“至人之治” 則是“因乎人者也”，順乎自然，順乎世俗民情，即“因其政不易其俗，順其性不拂其能”，對人類的社會生活不幹涉或少幹涉。