P99手槍是沃爾特公司第壹支采用沒有擊錘的擊針式擊發機構的手槍，槍管短後坐自動方式，槍管偏移式閉鎖機構.P99手槍金屬部件表面進行了特殊的特尼佛或鍍鉻處理，提高了其表面硬度和耐磨性能。
由玻璃纖維聚合物材料制成的套筒座質量輕，人機工程好，握持靈巧舒適。其背帶環內置，即在握把後下部有壹槽孔，插入固定銷可作背帶環使用。槍管軸線位於持槍手虎口上方大約24mm的位置，改善了平衡性，降低了槍管跳動，這使得該槍即使在連續發射時也能很容易控制。槍管采用巴頓膛線(國外壹種膛線的加工方法，采用非機械方法加工而成，確保手槍有較好的射擊性能)。
在歐洲市場上銷售的P99手槍照門帶有U形熒光標記，準星帶有熒光點；在美國市場上銷售的P99手槍照門缺口兩側、準星上各帶有壹個熒光點。此外，瓦爾特公司也配有氚光管瞄具，供使用者選擇。U型照門可進行方向調節，寬 4.6mm；準星有4種不同高度，可根據需要選用，準星寬3.6m m；大容量鋼制彈匣可裝16發9mm巴拉貝魯姆手槍彈，或裝12發0.40英寸S&W手槍彈。
全槍外形邊棱部分均做自然過渡處理。當需要快速出槍時，不會發生勾掛衣服等阻礙現象，便於隱蔽攜行。雙動、單動發射方式可相互轉換，只要取出或裝上2個零件即可實現。
待擊解脫桿和彈匣扣與手槍外形融為壹體。待擊解脫桿位於套筒左後方，外表面與套筒平齊，無突起。彈匣扣位於扳機護圈和握把的連接處，可避免無意扣動彈匣扣而使彈匣跌落的現象發生。彈匣扣雙面設置，對於左手或右手使用者來說，操作起來壹樣容易.空倉掛機設置在套筒座上，握槍的拇指很容易觸到。
由於采用了拉簧式發射機構，P99手槍的發射機構比壓簧式發射機構簡單，使得其在手槍界享有安全手槍的美譽。這種發射機構使手槍發射第1發槍彈時，扳機行程加大到14mm，這樣走火概率非常小。
另外，還有壹種7mm的扳機短行程是為快動型P99手槍而設計的，以滿足各種快速反應部隊的需要。
P99手槍除了軍用的雙動/單動型外，還有雙動型、單動型、快動型、緊湊雙動型、緊湊單動型、緊湊快動型等型號。此外，還有用於民用的工藝槍、訓練槍和氣動槍。
P99手槍可根據需要，配用9mm巴拉貝魯姆彈、0.40英寸S&W手槍彈、訓練彈和染色彈。其槍管下面的套筒座上設有導軌，可根據需要加裝戰術燈和激光指示器。
消聲器是為配用9mm的巴拉貝魯姆手槍彈而專門設計的，可降低峰值聲壓級大約16dB。戰術燈可裝在彈匣上，具有防水功能，由於戰術燈有減震裝置，可減輕射擊時帶來的震動。該槍有不同類型的皮革手槍套，使用者可根據需要選擇 。