實際上，這個組織的真實名稱壹直是壹個謎，在片中往往以"黑組織"、"組織"代稱。組織的組成結構和目的也不明顯。但可以肯定的是組織的勢力遍布日本和西方國家，並且有雄厚的產業。此外，組織壹直在研制某種讓人致死的劇毒藥物有說法說是為了讓自己長身不老的藥。(似乎是APTX4869，但由於研究未完成，出現了使人返老還童的效果)並且從事某種"使時光倒流"的技術(灰原哀語)。組織的成立時間不少於半個世紀(單行本19卷 FILe9 被狙擊的球 TV130 競技場無差別脅迫事件(上集)。組織裏的顏色是黑色，所有的人都穿這個顏色的衣服。組織裏的人員的代號全部是酒名。
目前出現的比較重要的組織成員包括：Gin、Sherry（灰原哀）(已背叛組織）、Vermouth（貝爾摩德，克裏斯·溫亞德）、Vodka、Kir(CIA在組織中的臥底/水無憐奈)、Chianti、Korn、Calvados、Bourbon
圖中人物：
科恩（Korn）※ 琴酒（GIN） ※水無憐奈（Kir）※卡爾瓦多斯（Calvados）
伏特加（Vodka）※貝爾摩德（Vermouth） ※ 基安蒂（Chianti）※宮野厚司
皮斯克（Pisco）※龍舌蘭（Tequila)※雪莉（Sherry）※宮野明美
邵淵己壹郎※原佳明※艾蓮娜·宮野※吞口重彥
[編輯本段]主要成員
核心成員
"那位先生"（あの方）
姓名:不詳
性別: 不詳
年齡:不詳
簡述："那位先生"即組織內成員對黑衣組織首領的稱呼。但黑衣組織首領的身份壹直是壹個謎，即使在漫畫中也從未以組織首領的身份露面或者有過壹個剪影。現在已知他所"寵愛的女人"(GIN語)是苦艾酒.此外,在425 Black impact !被組織的魔掌觸碰的瞬間中曾提到,他下令苦艾酒協助暗殺任務.而且,組織的首領手機號碼在鳥取縣(TV387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(尾奏曲))中由於苦艾酒的電話被竊聽,從而得知,但因其危險性,被哀勸阻,所以柯南並沒有撥打此號碼.據說作者青山剛昌曾經在2006年的壹次訪談(《朝日新聞》2006年1月13日晚刊)中指出組織的首領其實是之前的漫畫中出現的人物，並得到了大部分柯南迷的支持,且由此產生了壹些猜測。
初登場:未知,存在是否已登場的疑問
據壹些媒體稱，那位先生很有可能就是阿栗博士
官方消息，關於哀的問題，青山老師給出了最後的答案，哀在最後的幾集中，被組織以極隱秘的方式所槍殺，目前青山老師的這部分的漫畫已經畫完。具青山老師說，在哀生命即將結束的時候，與柯南{工藤新壹}的對話很經典，她就這樣退出了這段本不屬於她的感情。而小蘭被組織綁架了，柯南開始跟組織進行最後的對決。至於結局，大家不要想的很樂觀，青山老師說會出呼所有人的意料！！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首腦，就是壹直隱藏在他們身邊的阿笠博士DOC。LEE。
事情是這樣的，工藤優作原先就 懷疑並且偵察黑衣組織。以小說家的身份為掩護，秘密調查。發現壹些線索後特意搬到黑衣組織首腦阿笠家的隔壁住，並且從小培養新壹 ，並派新壹和阿笠混熟想借此偵察壹些情報。當阿笠開始懷疑工藤父子的時候，想出壹條毒計，他派GIN和沃克跟蹤出去約會的小蘭和 新壹，大家都看過第壹集，其實交易是幌子，真正的目的是跟蹤，於是新壹也就被他們變成了柯南。之後，阿笠順理成章地成為了新壹的 同伴與監護人，並且柯南實際上成了阿笠手中的人質，當時新壹的父母第壹次出現的那壹集，實際是和阿笠談判的，最終的結果是阿笠以 柯南要挾他們兩個人流放到瑞士。而優作因為不能和新壹說明真相，從而讓新壹感到受騙，受到傷害。只能同意阿笠的要求，不再回日本 ，所以妳們看優作只有103集的時候回過日本，還是變裝的，不能讓阿笠發現。
其實APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母聯合開發的，而成功後哀的父母意外身亡。阿笠留著柯南不死只不過想觀察藥品還有沒 有其他的副作用。但是突然有壹天，優作和有紀子突然潛回日本，和柯南（103-104集）秘密接觸，讓他感受到了威脅，於是安排 壹個間諜時刻跟隨在柯南的身邊，那就是灰原哀。哀其實是APTX-4689的第壹個實驗品，本來藥的目的是永葆青春，沒想到竟然 適得其反產生副作用，造成了身體變小。而柯南事件發生後，哀就成了在柯南身邊臥底的最好人選。為什麽柯南從來沒有被騷擾過就是因 為柯南其實壹直在黑衣組織最厲害的老大的監視下。毛利小五郎也是因為追查阿笠才從警界退出的，當時槍擊非英裏事件只是借口，所以 後來暮木說毛利總是把他們引向歧途。
青山剛昌已經給大家提示了，不過因為太晦澀所以沒幾個人看得出來。其實阿笠這兩個字，如果拆解成阿竹立用日文反過來拼寫就是拉丁 文裏面的莫裏亞帝。所以阿笠博士其實應該叫莫裏亞帝教授——福爾摩斯裏的罪惡的教授。
代號:琴酒 (GIN ジン)Gin
姓名:不詳
性別：男
年齡：不詳
簡述：琴酒是組織中最早出現的人物，Vodka的大哥，新壹就是被他從背後打倒，再灌下了毒藥APTX4869。他的年齡、國籍和真名都是壹個謎。永遠都是壹身黑色長風衣，黑色的帽沿下披散的金色長發，和壹張總是那樣邪惡的臉。殘酷無情，極度冷靜,有著冷酷的眼神，右眼閃著寒光，殺過許多人也不在乎的樣子,在組織裏似乎有極高的地位，只要達到他的地位就可以見到"那位先生"，主要負責很危險的暗殺和重要交易。和雪莉似乎有很深的關系，是個智能型的罪犯，和柯南多次交手都未曾吃虧。有壹輛從德國買來的黑色保時捷，型號是356A,左撇子。
聲優：堀之紀
初登場：漫畫：Vol.1 File.1 《平成的福爾摩斯》TV：001 雲霄飛車殺人事件
代號：苦艾酒（Vermouth ベルモット 也有譯為貝爾摩得）苦艾酒
姓名：莎朗.溫亞德(Sharon Vineyard)
化名：克莉絲·溫亞德(Chris Vineyard)
年齡：看起來是29歲
職業：演員
擅長：易容、射擊
名言：A secret makes a woman woman
簡述：組織重要人物之壹，長得相當漂亮，頭腦冷靜，判斷力強，是組織中相當有實力的人，地位僅次於“那位先生”。公開身份是美國著名女演員，是工藤有希子的好友。習慣於單獨行動。深受組織"那位先生"的寵愛。曾化裝成自己的母親莎朗以及小蘭學校的新出醫生，時而復出，時而隱退，行跡與想法都無法掌握猜度，精通易容術，真實身份應該是其母親莎朗.溫亞德，紐約事件中變裝成銀發殺人犯。把赤井秀壹的存在視為銀色子彈的危險。頭腦好、槍法高明。在組織中負責收集重要的情報、她還是組織BOSS所中意的人。變裝成新出老師、刺探出宮野誌保（灰原哀），然後除之。好像非常痛恨宮野誌保的雙親所研究的東西。可能也吃過APTX4869。二十年前殺死FBI探員朱蒂的父母，留下了壹個帶有指紋的眼鏡，並因此而暴露身份。曾經幫過黑暗組織的壹名成員皮斯科壹回，壹直在追查組織的叛徒雪莉，身手、智慧都堪與和琴酒媲美，大概還在其上。種種詭異的舉動總是能讓人感到不寒而栗，但是對柯南和小蘭又極力的保護（原因是出於在先前的事件中被小蘭和新壹救過壹次，出自於TV版第 345話.與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重迷案中對於過去的回憶，並且發現柯南就是新壹，但未告知琴等人），似乎有叛變組織的傾向。
聲優：小山茉美
初登場：漫畫：Vol.24 File.8 《漆黑的葬喪行列》TV：176—178與黑暗組織的再會
代號：伏特加(Vodka ウォッカ)
姓名：不詳
性別：男
年齡：不詳
簡述：琴酒的助手，也是早期登場的人物,GIN的貼身助手兼司機。新壹當時便是目睹了他和不名男子的交易.Vodka長的非常壯，頭腦簡單，遇事沒有主見，做事稍嫌不細密，全聽琴酒的，尊稱琴酒為「大哥」。有幾次險些中了柯南的計而暴露組織的情況，幸由琴酒發現而得以彌補.
聲優：立木文彥
初登場：漫畫：Vol.1 File.1 《平成的福爾摩斯》TV：001雲霄飛車殺人事件
代號：雪莉(Sherry シェリー)雪莉(宮野誌保)
姓名：宮野誌保
化名：灰原哀
年齡：18
簡述：組織科學家宮野厚司的次女。美國留學後在組織裏負責開發APTX4869，是組織裏的"紅人"（琴酒語）。但在組織殺害她的姐姐宮野明美後放棄研制作為抗議。在被組織處決前服下APTX4869自殺，卻變回小孩並逃出組織。現在化名灰原哀住在阿笠博士家中，和柯南壹起生活並躲避組織的追殺。曾經在壹次哀悼會中被皮斯克認出，並在短暫變回宮野誌保後被琴酒槍擊。多虧得到柯南的幫助才得以逃出。 後來在動畫345中身份暴露，被Vermouth發現。但是至今為止不為Gin等其他成員所知。
初登場：TV 129 來自黑暗組織的女子
聲優：林原惠美
其他成員
代號：龍舌蘭(Tequila テキーラ，死亡)
姓名：不詳
簡述：組織人物之壹，關西口音的大漢，在壹次在和滿天堂公司職員交易的時候因拿錯箱子被誤炸而死。曾與電腦工程師板倉卓接觸過。
初登場：漫畫：Vol.12 File.4 《突如其來的遭遇》TV：054 電玩公司殺人事件
聲優：廣田行生
皮斯克
代號：皮斯克(Pisco ピスコ，死亡)
姓名：枡山憲三（升山繪三）
年齡：71歲
職業：汽車公司董事長
簡述：組織人物之壹，原名枡山憲三，身為汽車公司老板的他是經濟界的巨子,同時也是為組織長年工作的老成員。他是宮野誌保的父親宮野厚司的好友，所以經常能聽到壹些開發中的藥物的事情。與組織老大關系密切，封住有受賄嫌疑問題的政治家吞口重彥口的人。暗殺宮野誌保失敗。之後在漫畫《背叛的街角》中，哀悼會上舉槍射殺目標人物--另壹組織成員吞口重彥時被在場記者拍到。因過多的失敗，被琴酒所殺。
初登場：漫畫：Vol.24 File.8 《漆黑的葬喪行列》TV：176—178與黑暗組織的再會
聲優：村松康雄
代號：卡爾瓦多斯(Calvados カルバドス，死亡）
姓名：不詳
簡述：組織人物之壹，似乎是苦艾酒的助手，是個槍法很準的狙擊手。所持來福槍、手槍、獵槍等各種武器。最喜歡用的是獵槍。頭次出場帶著3把槍，之後就被赤井秀壹打斷雙腿.然後在自己被捕前自殺了。真是個倒黴的家夥，連個面都沒露，連句話都沒說出來……不過在2006年的SP TV425 黑色沖擊！組織魔爪伸來的瞬間 中，在組織成員chianti和korn的回憶中出現過壹個剪影，大約是壹個戴眼鏡的瘦高個子。
初登場：漫畫：File.433 《面具下的真相》TV：345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件
基安蒂
代號：基安蒂(Chianti キャンティ)
姓名：不詳
簡述：組織的優秀狙擊手，據說有狙擊600碼外目標的能力。因為苦艾酒的行動害死了卡爾瓦多斯，對她非常反感。
初登場：TV 425 黑色的沖擊！組織魔爪伸來的瞬間
聲優： 井上喜久子
代號：科恩(Korn コルン)
姓名：不詳
簡述：組織的優秀狙擊手，和基安蒂是搭檔，射擊能力也與她不相上下。似乎和之前死去的卡爾瓦多斯關系很好。同樣反感苦艾酒
初登場：TV 425 黑色的沖擊！組織魔爪伸來的瞬間
聲優：木下浩之
代號：波本(Bourbon バーボン)
姓名：不詳
簡述：謎壹樣的組織成員，對他的認識之少可以說僅次於那位先生。最早的“登場”來自於水無憐奈在返回組織後給FBI的壹通電話中。水無憐奈提到組織為尋找雪莉而派出了強大的偵探。這名偵探很可能是組織高層人物，但是連水無憐奈也沒有聽說過，而他的代號就是波本（Bourbon ，壹種烈性美國威士忌）。在隨後的漫畫中，可以感受到波本已經出現在柯南的周圍。但並沒有被明確地指出。有人認為赤井秀壹死後忽然出現的大學生沖矢昴就是波本，但他也可能是赤井秀壹假扮的。因此，這個人物雖然應該已經出現過了，但他究竟是誰還是壹個謎。
初登場：存疑，也許是TV 509 紅白黃色與偵探團
基爾
代號：基爾(KIR キール)
姓名：本堂瑛海
化名：水無憐奈
簡述：CIA特工，為破壞組織而打入內部。她的父親伊森.本堂也是偵辦組織的CIA特工，在女兒身份暴露後自殺，並偽造成審問基爾卻反被她所殺的假象，使本堂瑛海躲過了組織的懷疑並得到"那位先生"的信任。她平時的身份是日賣電視臺的主持人。在壹次暗殺政要的行動中因為事故被FBI當作組織成員擒獲，並壹直在醫院偽裝昏迷。直到她"蘇醒"後FBI才知道她的真實身份，並且將她送回組織繼續完成任務。但在剛回去不久時，在琴酒的要求下殺死了赤井秀壹。不過很多人懷疑這只是做給琴酒的戲而已。
初登場：TV 425 黑色的沖擊！組織魔爪伸來的瞬間
聲優：三石琴乃
代號：黑麥威士忌（RYE ライ，未死！！)
姓名：赤井秀壹（あかい しゅういち akai shuichi)
化名：諸星大（代）
年齡：不詳。推測大約為28—30
愛車:雪弗萊C1500（黑色皮卡）
簡述：神秘的FBI特工，以青山剛昌偶像紅色彗星“夏亞”為原型創作的人物，宮野明美的男友，為進入組織曾接近明美，不過假戲真做陷入情網，後無奈與其分手，似與明美的妹妹誌保有很深的關系。在組織待過三年，逐漸嶄露頭角成為重要骨幹成員，又因FBI安德魯·卡邁爾的失誤被迫逃離組織，之後回到紐約，追擊VERMOUTH，與黑組織的幾次交手都呈現較大的優勢，多次從槍口下救出灰原、柯南、毛利、JUDIE、JAMES等人，組織BOSS及GIN認為他是可以射穿黑組織心臟的銀色子彈(SILVER BULLET)，是壹個頭腦壹級，身手壹級，槍法壹級的人。平時總戴黑色針織帽，（492集受傷時沒有戴），和GIN同為左撇子。在漫畫單行本57—58與組織會擊，為保護水無憐奈的臥底身份不被泄漏壯烈犧牲。不過大多數人認為這不過是個幌子，是青山掩人耳目的壹招。File.622初登場的大學生沖矢昴，因為壹些原因被認為可能是赤井秀壹假扮的。於File.677登場，他的右臉上留下壹塊燒傷的疤！疑是在當時他的汽車在爆炸時被燒傷的！赤井秀壹還活著這件事恐怕就只有朱蒂老師知道（她也是在677話時才知道的），水無憐奈想必也應該知道！具體情況還有待觀察！
聲優：池田秀壹
初登場:TV230 充滿謎團的乘客(前篇)
姓名：宮野 厚司（死亡）
簡述：宮野誌保的父親，科學家。在科學界以"被業界驅逐的瘋狂科學家"而知名。在發表會類的活動中遇到過阿笠博士，並表示過對阿笠博士的發明的興趣，是個相當直爽的人。在組織中與妻子壹起進行"使死者復活的秘密藥物"的研究，在實驗中因事故死亡（根據組織的報告）。在《夕陽染紅的女兒節人偶》中被小哀提到。
姓名：宮野 艾理娜（宮野エレーナ 死亡）
簡述：宮野誌保的母親，可能是英國人。從英國到日本留學時遇到厚司，此後結婚。雖然跟阿笠博士見過面，但因為其寡言少語，所以留下了不知道在想些什麽的印象。雖然在組織中被稱為地獄的墜落天使（HELL ANGEL）、但把錄有自己聲音的錄音帶委托給宮野明美交給女兒誌保。錄音帶裏反映出其對女兒誌保的事情非常重視的想法。性格憂郁陰沈，小哀的陰沈是她的遺傳？與丈夫壹同死亡。還有很多未可知之處，但是從留給女兒的錄音帶中可以了解到她其實很關心小哀。在《金錢買不到的友情》中被博士提到。
聲優：鈴木弘子
外圍成員
宮野明美
姓名：宮野明美（死亡）
化名：廣田雅美
年齡：24-25
簡述：宮野誌保的姐姐，黑暗組織的基層成員，赤井秀壹的女朋友。參與了黑暗組織10億元搶劫案，得手後因背叛組織被琴酒所殺。和妹妹誌保不同，因為是基層成員，所以可以像正常人壹樣生活，但其實是在組織的監控下。是為了讓誌保脫離組織，作為交換條件，才加入組織的。為了逃避組織的追查，自己有壹間秘密住所，為了自己和妹妹能夠脫離組織，參與了搶劫10億元的案件，最後被Gin殺死。
初登場：漫畫Vol.2 File.6 《追蹤高大的男人》TV：128 黑暗組織10億搶劫事件
聲優：玉川紗己子（赤井秀壹配音池田秀壹的妻子）
姓名：邵淵己壹郎（死亡）
簡述：組織底層人物之壹，組織的壹員，是末端的末端的人物,制造了壹系列的連環殺人案。組織教他壹系列的殺人手法，以協助優秀的殺手作案。但是他達不到預期的培養效用， 就被送到宮野誌保處來作實驗對象。後來在作人體實驗前逃跑。最後被警察逮捕,並判了死刑。
初登場：漫畫：Vol.19 File.7 《錢包疑雲》TV：118 浪花連續殺人事件
姓名：楠田陸道（死亡）
簡述：12月19日假裝頸椎扭傷入院，其實是黑衣組織的成員，安排在杯戶中央醫院尋找基爾的眼線。被FBI發現而駕車逃亡，發覺追蹤者是赤井秀壹後舉槍自殺。
初登場：漫畫：Vol.57 File.10 《第2條線索》 TV：496 紅與黑的碰撞 入侵
組織協助者
姓名:原 佳明 (死亡)
簡述：日本的遊戲工程師。因為入侵黑衣組織電腦而被GIN所殺害。
初登場:第五部劇場版——通往天國的倒數計時。
[編輯本段]出場集數
劇集中
001 雲霄飛車殺人事件
013 奇怪的尋親殺人事件
054 電玩公司殺人事件
128 黑暗組織10億元搶劫事件
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）
177 與黑暗組織的再會（柯南篇）
178 與黑暗組織的再會（解決篇）
230 迷壹樣的乘客（前篇）
231 迷壹樣的乘客（後篇）
258 來自芝加哥的男人（前篇）
259 來自芝加哥的男人（後篇）
286 工藤新壹紐約事件(事件篇)
287 工藤新壹紐約事件(推理篇)
288 工藤新壹紐約事件(解決篇)
307 沒有聲音的證詞（前篇）
308 沒有聲音的證詞（後篇）
309 與黑暗組織接觸（交涉篇）
310 與黑暗組織接觸（追擊篇）
311 與黑暗組織接觸（決死篇）
338 四輛保時捷（上）
339 四輛保時捷（下）
340 廁所隱藏的秘密（前篇）
341 廁所隱藏的秘密（後篇）
345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重迷案
425 黑色沖擊！黑暗組織魔爪伸來的瞬間
462 黑衣組織的影子 年幼的目擊者
463 黑衣組織的影子 奇妙的照明
464 黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑衣組織的影子 珍珠的流星
484黑色照片的行蹤(前篇)
485黑色照片的行蹤(後篇)
491 紅與黑的碰撞 開端
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職
509 紅白黃色與偵探團
劇場版
2001 劇場版5：通往天國的倒數計時 (天國へのカウントダウン) 2001/04/11
2009劇場版13: 漆黑的追逐者(漆黒の追跡者) 2009/04/18
漫畫版
01/01 001 現代的福爾摩斯
01/02 002 變成小孩子的名偵探
12/04 114 突如其來的遭遇
12/05 115 炸彈的下落
12/06 116 柯南失算了
18/06 176 轉學生
18/07 177 黑衣女郎
18/08 178 秘密組織成員·
18/09 179 偽裝的少女
18/10 180 將死
19/01 181 為什麽？
19/09 189 被狙擊的球！
19/10 190 5萬6千名人質
20/01 191 遠方之眼
24/07 238 背叛的街角
24/08 239 漆黑的喪葬行列
24/09 240 不告而別
24/10 241 來自過去的子彈
24/11 242 白色世界
29/03 287 看不見的恐怖
29/04 288 危險訊號
29/05 289 光天化日下的埋
34/11 350 金蘋果（1）
35/01 351 金蘋果（2）
35/02 352 金蘋果（3）
35/03 353 金蘋果（4）
35/04 354 金蘋果（5）
37/05 377 黑暗的足跡（1）
37/06 378 黑暗的足跡（2）
37/07 379 黑暗的足跡（3）
37/08 380 白雪…黑影…
37/09 381 危險的相遇
37/10 382 順風車
38/01 383 新兵器！
41/10 423 到訪者留下的謎
41/11 424 小小密室的秘密
42/01 425 隱藏的真相
42/05 429 月圓之夜和黑宴
42/06 430 染血的幽靈船
42/07 431 隱形人出現
42/08 432 工藤新壹登場
42/09 433 面具下的真相
42/10 434 腐壞的蘋果
48/09 499 門鈴怪客
48/10 500 新的黑衣組織成員
49/01 501 追蹤目標！
49/02 502 新的指令！
49/03 503 黑衣組織vsFBI
49/04 504 黑衣組織vsFBI
53/07 550 目擊者壹人
53/08 551 釘子與蛇
53/09 552 錘子的真面目
53/10 553 不可思議的兼職
54/01 554 晚餐的菜單
54/02 555 夢中之星