在象雄文明誕生之前，中亞地域就存在著各種原始崇拜的儀式───原始苯教，後辛饒彌沃佛創立了雍仲苯教，從而使苯教得以統壹，雍仲本教成為象雄的國教並逐漸展達到了鼎盛時期。辛饒彌沃佛所創立的雍仲本教不僅僅在象雄地域流傳，壹直到公元七世紀，雍仲本教也是整個吐蕃的唯壹宗教和信仰基礎。從公元七世紀印度佛教傳入吐蕃以後，本教和印度佛教在互相排斥的同時，又各自吸收了許多對方的內容，本教吸收了印度佛教的內容，豐富了其文化內涵；而印度佛教吸收了本教的壹些內容，使其能夠更深入地融入吐蕃的社會並逐漸發展成為當今擁有濃郁雪域高原藏族特色的藏傳佛教。
根據古代吐蕃的傳統，每位贊普（相當於國王）登基以後，會推舉壹名本教高僧叫做“古辛”（相當於國師或法王），並為其建立壹座叫做“賽康”的寺廟以做供養，贊普處理軍政大事甚至是贊普王位的繼承，都需要古辛的參與（吐蕃第壹位贊普聶赤贊普就是由本教的僧團認證並加冕的），加之吐蕃百姓以及當地壹些大臣和貴族勢力都非常信奉本教，本教勢力過大，威脅到了吐蕃王室的地位和權威，兩者的矛盾日益擴大；另外，吐蕃這壹段時期不斷擴張，而被吐蕃吞並的諸羌部落比較分散，他們原先的信仰基礎乃至語言文字都已形成壹種格局，地方豪酋和貴族勢力以此掌握著各部落的控制權，吐蕃王室需要重新洗牌並建立壹種新的秩序以加強王室集權並削弱地方酋長的勢力，從而加深對各部的控制。公元七世紀初，吐蕃贊普松贊幹布將印度佛教引入吐蕃，並給於佛教僧侶很好的宗教政策，此舉無疑是播下了壹顆種子，這顆種子日後生根發芽並成為吐蕃王權重要的政治籌碼：到了公元八世紀，時任吐蕃贊普赤松德贊頒布壹系列政策全力扶植印度佛教並打壓本教勢力，起初此舉遭到了信奉本教的大臣和貴族們的反對，後赤松德贊讓佛教與本教進行公開辯經，以決勝負，在辯論結束後，赤松德贊宣布佛教獲得勝利，本教徒們連同他們所在的寺院壹起被迫改宗印度佛教，本教寺院的佛像被隱藏入地下 。凡不願意改宗的本教僧人被流放到阿裏、安多和康區等邊遠地區，繼續信仰和傳播他們的宗教。本教在赤松德贊以後壹直處於劣勢，尤其在作為政治文化中心的衛藏地區，基本上被清除逸盡。但本教畢竟是青藏高原的本土宗教，它的影響不可能隨著教派的衰落而消失。直到今天，本教仍然深刻地影響著藏民族精神和文化生活的某些方面。另外，本教的儀軌、修法、密宗、大圓滿等傳統都有其獨特的傳承體系，這對於我們研究藏傳文化是極其重要的。本教《甘珠爾》就記載了本教這個西藏本土宗教的教義、儀軌及其產生和發展的歷史軌跡。 經過上千年的磨合，苯教與藏傳佛教之間在壹些重要教義上的融合縮短了這兩個宗教之間的距離，消除了兩者之間的許多分歧，促成了這兩個宗教傳統在許多重要教義上的***識，使他們之間的關系也不斷融洽。值得壹提的方面：夏紮仁波切（1858~1934），
法號紮西堅贊（譯為吉祥勝利幢），在大圓滿方面的修行、研究和著作。夏紮巴壹生修習大圓滿，是壹個虹化了的本教舊派（古本）大圓滿成就者，在夏紮巴三十歲前後，他在四川康區與蔣貢.康楚、蔣揚欽哲確吉羅卓、秋吉林巴、米龐蔣揚嘉措等人發起了稱之為“利美”的無教派運動並成為其中本教的代表，也使他明確的了解了佛教各派系的修法，由於他不需修持各派教授而壹見之下就能自然通達，由此獲得了很大的聲譽，據說當時藏傳佛教的五大派都有拜訪求學於他或探討學習的。夏紮巴的著作匯集成冊的有十八部，其中最重要的有五部：《法界明智藏寶庫》（dbyings rig mdzod）、《教理藏寶庫》（lugs rigs mdzod）、《經藏寶庫》（sde snod mdzod）、《虛空藏寶庫》（nam mkhav mdzod）和《格言寶庫》（legs bshad mdzod））。
夏紮大師所創立的夏紮日綽佛學院處今四川省德格縣北部溫托鄉（古名紮闊地區）壹帶，由於這個地區從未處於交通要道，地理位置非常偏僻，壹直到二十世紀末，這個地區才通簡易公路，而且需要騎馬才能穿梭在各個寺院中。康巴人寬闊的胸懷和博采眾長的優秀品格造就了康巴文化寬容的特點，尤其在近代受到利美運動（無偏私的佛教宗派融合）的影響下，長期以來各教派之間的關系相對比較融洽，加上該地區長期處於德格土司的管轄，而歷代德格土司教派觀念比較淡泊，使這裏的本教得以保存和發展。此外，德格土司的轄區正好處於噶廈政府和四川軍閥兩大勢力範圍之間的壹個緩沖地帶，這為本教這個處於劣勢的本土宗教提供了較大的活動空間。壹直到二十世紀中葉，這個地方除了因交通不便而成為壹個偏僻和純粹的本教地區以外無特別之處.但是隨著夏紮仁波切在夏紮日綽地區修行並著書立說的成功，這個地方就成為壹個遐邇聞名的本教大圓滿修煉中心。它跟臨近的新龍地區連成壹片，成為二十世紀本教新藏派傳統的壹個重要根據地。夏紮仁波切曾受亦師亦友的伏藏大師桑阿林巴的邀請來此處居住數年，壹方面閉關修行，閑暇之余教導弟子並著書立說，許多極其重要的大圓滿法本都在這裏完成的，如《大圓滿三身自顯寧提法藏總集》等等。
從整體來看，苯教雖然起源於以岡底斯山為中心的古代象雄，然後傳到吐蕃，在衛藏地區得到發展，但是，因為從公元十壹世紀以後，佛本二教的地位在青藏高原發生了根本變化，在阿裏地區，本教已經完全被佛教所替代，寺院所剩無幾，甚至本教原有的聖地都被佛教化，信徒越來越少。就是在衛藏地區，除了在本教歷史上具有重要地位的幾個本教世系家族辛（gShen）氏及其辛倉寺、祝（Bru）氏、敘（Zhu）氏及其日星寺、芭（sPa）氏及其芭拉普和芭倉寺、美烏（rMevu）氏及其尚日寺，和像曼日（sMan ri）寺和雍仲林（gYung drung gling）寺這些歷史上的重要寺院以外，本教已經基本上退出。但是，在遠離拉薩這個政治文化中心的那曲、安多和康巴地區仍然保存了壹定數量的本教寺院和信徒，本教文化也比較完整地得到保存，在局部地區甚至有所發展。從1997年開始，在壹個國際合作項目的支持下，我們對整個藏區的本教寺院進行了壹次盡可能全面的普查，在這次普查的基礎上，我們於2003年在日本出版了壹部全面描述青藏高原本教寺院歷史和現狀的著作：A Survey of Bonpo Monasteries and Temples in Tibet and the Himalayas（《西藏和喜瑪拉雅地區本教寺院和神殿研究》），這部書對青藏高原的本教寺院和修煉地進行了壹次盡可能全面的考察和統計： 自治區/省 地區/州/市 縣/自治縣 寺院數 備註 西藏 拉薩 尼木 1 西藏 林芝 林芝 2 西藏 日喀則 南木林 3 西藏 日喀則 謝通門 2 西藏 日喀則 白朗 1 西藏 日喀則 亞東 1 西藏 日喀則 江孜 1 西藏 阿裏 噶爾 1 西藏 那曲 聶榮 6 西藏 那曲 尼瑪 4 西藏 那曲 比如 6 西藏 那曲 巴青 9 西藏 昌都 丁青 31 西藏 昌都 江達 6 西藏 昌都 洛隆 4 西藏 昌都 左貢 9 西藏 昌都 巴宿 3 西藏90 四川 甘孜 甘孜 1 四川 甘孜 德格 10 四川 甘孜 白玉 4 四川 甘孜 新龍 8 四川 甘孜 爐霍 3 四川 甘孜 道孚 4 四川 甘孜 雅江 2 四川 甘孜 理塘 1 四川 甘孜 丹巴 8 四川 甘孜 九龍 1 四川 甘孜 康定 1 四川 阿壩 阿壩 4 四川 阿壩 馬爾康 5 四川 阿壩 金川 5 四川 阿壩 紅原 2 四川 阿壩 若爾蓋 5 四川 阿壩 松潘 12 四川 阿壩 九寨溝 5 四川 阿壩 汶川 2 四川 涼山 鹽源 1 四川84 青海 黃南 同仁 16 青海 黃南 尖紮 1 青海 黃南 澤庫 1 青海 海南 ***和 3 青海 海南 貴德 6 青海 海南 化隆 4 青海31 甘肅 甘南 夏河 1 甘肅 甘南 叠部 8 甘肅9 藏區218 這裏有兩點需要說明，首先，這部書只包括中國境內被正式批準並登記的寺院，另外中國境內還有相當壹部分歷史上曾經有過，也已經恢復並進行正常宗教活動但在1999年之前尚未正式報批的小型寺院和被稱為修煉地（ri khrod）的本教活動中心。加上這些小型寺院和修煉地，在我國藏區正在進行正常宗教活動的本教活動場所總計大概有三百座左右；其次，從類型上講，在上述大約三百個活動場所當中包括寺院、修煉地和神殿三種，第壹種當然是規範的寺院；第二種規模較小，壹般情況下是隸屬於某座寺院的修煉地，當這樣的修煉地發展到壹定的規模就變成原隸屬寺院的子寺；第三種比較特殊，這是壹種本教密宗師們聚集和修行的場所，是藏族歷史上寺院尚未產生時的都耐（vdu gnas）和塞康（gsas khang）文化模式的壹種延續，主要存在於安多地區。以上是藏族學者才讓太老師2003年以前對中國境內的本教寺院粗略統計的資料。實際近些年來，本教在國內外恢復及新建了數百座寺院及大小修煉和閉關中心，遍及印度﹑尼泊爾﹑不丹﹑泰國﹑歐洲諸國﹑南北美洲。
至於信徒，有兩種本教信徒，壹種是純粹的本教信徒，他們的信仰是單壹的，從傳統上和心理上都認可自己是本教徒，有專門歸屬的寺院和活佛，有些甚至長期修行，具有明確的教法傳承；另壹種是壹半本教壹半佛教的信徒，這個信仰群體就比較復雜，隨著本教與佛教的長期融合，在壹些教理、教規、修法儀軌等方面的日趨統壹，所以本教徒既信本教也信佛教的情況在有些地區非常普遍。
吉祥曼日寺（西藏日喀則地區南木林縣境內）前身曾是本教祝氏家族的講修禪林──益日文薩寺的所在地。文薩寺始創於公元壹零七二年，良美大師年輕時曾在這裏進行過系統的聞思修學。後來該寺院於公元壹四零四年不幸毀於地震後的山體滑坡。約於公元壹四零五年，在外地弘法多年的大師回到此地，率眾在文薩寺舊址挖掘出被埋藏的法器經卷佛像等物，於公元壹四零六年在附近的妥嘉山建立了吉祥曼日寺，曼日寺鼎盛時期僧眾達到了1000多人，信眾分布在四川、青海、西藏等地，並建有上、中、下、邊4個分寺及若幹個閉關修煉中心，其中熱拉雍仲林寺作為曼日寺的分寺，後來也成為本教的重要寺院之壹。