內在的本原即赫拉克利特所說的“邏各斯”（logos）。這個詞的原意是“話語”，赫拉克利特用它專門表示“說出的道理”，並且認為正確的道理表達了真實的原則。就邏各斯是人所認識的道理而言，它可被理解為“理性”、“理由”等；就邏各斯是世界的本原而言，它又可被理解為“原則”、“規律”、“道”等。我們再次強調，赫拉克利特並沒有把邏各斯看做與火不同的本原，邏各斯與火是同壹本原的內、外兩個方面。他在壹些格言裏闡述了邏各斯的學說。
首先，邏各斯即上述引文裏談論的“世界秩序”，它表現為“在壹定分寸上熄滅”的火。其次，火的運動，即萬物的生成與毀滅是可感的，但是，支配可感運動的邏各斯卻是不可感的。赫拉克利特有句名言：“自然喜歡隱藏自己。”這裏的“自然”作“本性”解，意思是：事物運動的內在本性（邏各斯）是看不見的。只有思想才能發現它：“思想是最大的優點，智慧就在於說出真理，並且按自然行事，聽自然的話。”