1、修行方法。禪宗強調通過坐禪、冥想和直接體驗來達到心靈的平靜和超越；密宗則采用儀式的傳承方式，涉及許多儀式和灌頂，其內容壹般不公開傳授。
2、教義體系。禪宗主張“直指人心，見性成佛”，對佛教教義有獨特的解釋，如中觀思想在禪宗中得到廣泛應用；密宗的教義和理論體系更為復雜，涉及到許多宇宙觀、教派傳說等，強調終極的真實境界是無我性、空性和諸法本空的智慧。
3、哲學思想。禪宗的核心教導是坐禪，通過冥想和內觀，修行者試圖直接領悟心靈的本質和佛性，強調無為而治和直覺體驗；密宗的哲學基礎是“空性”，追求解脫和成佛的道路，認為通過內心的凈化和修行，可以達到最終的解脫。
4、總的來說，禪宗更註重個人的直接體驗和覺知，而密宗則更強調儀式的傳承和秘密教義。