乾隆二十壹年（1756），內閣中書趙翼被派充軍機章京，逢早班之期，五鼓即需至值房，“時部院百官未有至者，惟內府蘇喇數人往來，黑暗中殘睡未醒，時復倚柱假寐，然已隱隱望見有白紗燈壹點入隆宗門，則皇子進書房也。”這給當時會試屢次落第的趙翼留下極深的印象，後來憶及，仍不禁感嘆“吾輩窮措大專恃讀書為衣食者，尚不能早起，而天家金玉之體乃日日如是”（《檐曝雜記》卷1）。直至光緒中期，任職吏部考功司的何剛德黎明時帶領引見入宮，看到年幼近支王公入學，立刻想起“三更燈火五更雞”之說（《春明夢錄》卷下）。
清人對這種要求至嚴的“家法”及其收效頗為得意，乾隆時為皇子授讀的錢載在家信中寫道，“蓋壹則習勞、壹則聚在壹處書房，心力易於定，而他務及外務均不得而使之近，此天家之善教也”（《郎潛紀聞四筆》卷10），這當然是鑒於前朝皇子或顢頇無知、或結黨亂政而言的。
上書房課讀制度的形成
清朝重視皇子教育的傳統始於清聖祖，這應與其早年經歷有關。聖祖六齡即位，並未接受系統的教育，僅能跟隨兩名略通文字的內監學習句讀與書法，至親政後始有機會發奮勤學，五更即起讀書，“竟至過勞，痰中帶血，亦未少輟”（《庭訓格言》），並延納儒臣、舉行經筵日講。因此，當皇子臨近入學之齡時，聖祖對於師傅的選擇、課程的設置均有過縝密的考慮，而上書房課讀的雛形即隱然其中。
清聖祖康熙
由於康熙朝尚實行公開建儲之制，相較於其他皇子，皇太子胤礽的教育最受聖祖關註，亦留下了更詳細的史料。胤礽年幼時是由聖祖親自加以訓誨，“告以祖宗典型，守成當若何、用兵當若何，又教之以經史，凡往古成敗、人心向背，事事指示精詳”（《清聖祖實錄》卷234），這在清朝可謂鮮見。胤礽稍長後，聖祖曾先後簡派張英、熊賜履、李光地等為其授讀，並命老成翰林時相隨從。康熙二十六年（1687），胤礽年已十四，讀完五經，聖祖乃正式為之選擇講官，經過與閣臣的討論，最終確定為工部尚書湯斌、吏部尚書達哈塔與少詹事耿介三人，並於六月初九日起為胤礽課讀，聖祖時常前往檢查。
至於其他皇子，則並不能享有這種待遇，往往是年齡相仿者集中在壹起就讀，似亦無固定的師傅。不過，當皇太子與諸皇子皆在宮中時則壹同讀書，讀書之處即是後來的上書房。
其次是課程設置的問題。清朝作為滿洲征服王朝，制度設計壹方面需註意平衡滿漢，另方面則強調“國俗”與滿洲認同，避免同化。胤礽的講官之壹達哈塔為滿洲正白旗人，不識漢字，聖祖特別召見訓諭：“講解書義，有湯斌等在，爾惟引若等奉侍皇太子，導以滿洲禮法，勿染漢習可也。”（康熙二十六年六月初七日《起居註》）足見其用心之深。就《起居註》所載來看，胤礽清晨開始讀書，先讀經書，巳時練習滿漢文書法，隨後反復誦讀本日所學經文，傍晚外出練習騎射，晚間講官檢查當日學業，任取壹段經文令太子講解，至此才結束壹天的課程。值得壹提的是，聖祖自言“朕幼年讀書必以壹百二十遍為率，蓋不如此則義理不能淹通”（康熙二十六年六月初十日《起居註》），因此也要求諸皇子按此強度背誦，胤礽往往在午後開始誦讀，至傍晚才可誦滿120遍。
世宗即位時，三子弘時二十歲，四子弘歷、五子弘晝俱僅十三歲，正為讀書之齡，此先已由庶吉士福敏授讀數年。雍正元年（1723）正月，世宗命朱軾、張廷玉、徐元夢、稽曽筠為皇子師傅，由欽天監選擇吉日開講，其後又有蔡世遠、梁詩正、任啟運等年輩稍低的翰林入直。乾隆元年（1736）正月，高宗命鄂爾泰、張廷玉、朱軾、福敏、徐元夢等為皇子師傅，為時年九歲的皇長子永璜、七歲的次子永璉授讀。世宗、高宗父子都在改元之歲首宣布皇子就傅，顯然是欲鄭重其事。不過此時課讀皇子並無固定場所，曾先後換過南薰殿、西長房、兆祥所、鹹福宮等幾處地點。
乾隆朝是上書房課讀走向制度化的關鍵時期。乾隆初，高宗選擇乾清門內東廡五間作為上書房的固定場所，據昭梿言，選擇此處是因為“近在禁禦，以便上稽查也”（《嘯亭續錄》卷3），皇帝在乾清宮中即可聽到皇子讀書之聲。其次是上書房總師傅的產生，乾隆二十二年（1757）以侍郎介福、觀保、蔡新為上書房總師傅，後來則更多以大學士、尚書等貴臣派充，專司稽查。復次是“皇子六歲入學”家法的確立，並推及至於近支子孫，雖然尚不清楚這壹變更具體發生於何時，不過在乾隆四十三年的壹份上諭中，高宗已然將之形容為“我國家之制”，並作為清朝皇子教育遠勝於先代的例證（《清高宗實錄》卷1067）。在退位前壹年，高宗已五世同堂，自皇子以至元孫皆在上書房讀書，上書房課讀至此達到巔峰。
不過必須說明的是，上書房無印信、無額定實缺，並非官署，上書房行走是派差，各官均另有其本職。在乾隆初確定固定地址前，上書房僅是壹種泛稱，其滿文作dergi bithei boo，dergi有尊上之意，故漢字有“上”、“尚”兩種歧寫，《禦制增訂清文鑒》釋為“內廷阿哥讀書之所”（dorgi agesai bithe hūlara ba），滿人舊有“書房”（bithei boo）之稱，或因皇子讀書所在，故加dergi以示尊崇。
晚清以來學者就上書房的始設年代問題聚訟未決、歧說紛出，事實上，從康熙朝皇子讀書開始，宮中大抵即有上書房之稱，最終在乾隆朝形成完善的課讀制度，因此沒有必要亦不可能追溯到壹個確切的初始年份。