曾國藩提倡忠君衛道、以儒家學說治軍的這壹宗旨還貫徹在選將、募兵、軍隊管理以及協調軍內外關系等方面。曾國藩的軍事思想內涵極豐，集顯過人之處。他認為，兵不在多而在於精，“兵少而國強”，“兵愈多，則力愈弱；餉愈多，則國愈貧”。主張軍政分理，扣負其責。他購買洋槍、洋炮、洋船，推進中國軍隊武器的近代。
曾國藩治軍把選將作為第壹要務，他說，“行軍之道，擇將為先。”他的選將標準是德才兼備，智勇雙全，而把德放在首位，並把德的內涵概括為“忠義血性”。他提出，“帶勇之人，該求我黨血性男子，有忠義之氣而兼嫻韜鈐之秘者，與之***謀。”又說“帶勇之人，第壹要才堪治民，第二要不怕死，第三要不計名利，第四要耐受辛苦。”“大抵有忠義血性，則相從以俱至，無忠義血性，則貌似四者，終不可恃。”曾國藩認為，“忠義血性”的將領主要應從既受封建禮教熏陶又少官場惡習的儒生士子中去選擇。羅爾綱在《湘軍兵制》中統計，凡姓名、籍貫、出身、職務可查的湘軍將領179人中，儒生出身的104人，占58%。以如此眾多的儒生為將，這在歷代軍事史上都是罕見的。
將清朝的世兵制改革為募兵制，也是曾國藩建立湘軍的首要壹著。他說，“數年來痛恨軍營習氣，武弁自守備以上無壹人不喪盡天良。故決計不用營兵，不用鎮將。”因此，他組建湘軍時，主張不在市民而在鄉農中招募兵員。其用意就是鄉農中招募的兵員樸實壯健，有利於灌輸封建的忠義倫理思想和便於適應艱苦殘酷的戰爭環境。曾國藩還規定，“招募兵勇，須取具保結，造具府縣、裏居、父母、兄弟、妻子名姓、箕鬥清冊。各結附冊，以便清查。”凡無保者，概不招募。曾國藩的這壹做法，完全是承襲了明末抗倭名將戚繼光的募兵思想。曾國藩對綠營的編制方面也進行了改弦更張。湘軍的編制以營為基本作戰單位，營以下設哨，哨以下陸師為隊，水師為船，馬隊為棚。湘軍之始，營以上不再設官，各營全轄於曾國藩壹人。其後營數增多，才有統領和分統的稱謂。曾國藩要求以將必親選、兵必自找、層層節制的原則組建軍隊，自統領至兵勇都是逐級進行募選，改變了綠營中“兵與兵不相知，兵與將不相習”的弊病，但也明顯暴露了建立私家軍隊的用心，並從此就開創了近代中國“兵為將有”的先例，軍閥擁兵割據的局面也就初顯端倪了。
曾國藩在治軍方略上苦費心機，主張用儒家學說治軍，即用封建倫理綱常去教育官兵，以仁禮忠信作為治軍之本去陶冶官兵，他的目的就是要以此來維系軍心，培植出壹支完全絕對服從於自己的私家軍隊。所以他認為，“用兵者必先自治，而後制敵。”
曾國藩的軍事思想好影響了幾代人，且不說其同時代的湘、淮將領以曾國藩為楷模，就是其後的黃興、蔡鍔等資產階級軍事家對曾國藩治軍方略也推崇備至，張之洞、袁世凱等在甲午戰後采用西法編練新軍時，還采納了曾國藩治軍的許多做法。民國軍事家蔣方震在他的《國防論》中贊賞曾國藩是近代史上“壹個軍事天才家”，還說凡領軍者都應該效法曾國藩。蔣介石則明確表示要師承曾國藩，要求國民黨軍隊中的將領必須“認清歷史，效法曾胡”。曾國藩治軍最重視精神教育，毛澤東壹生很註意這點，曾國藩的“愛民為治兵第壹要義”，毛澤東建立紅軍之初便制定了《三大紀律，八項註意》。 曾國藩壹生奉行程朱理學，但對於程朱之學並未盲目崇拜，事實上，他對於宋明儒學其他支派的思想亦多所汲取。宋明理學實際上分為氣學、理學和心學三個學術派別。
曾國藩在政治實踐和軍事鬥爭中也漸漸地看到了程朱理學“指示之語，或失於隘”、或“病於瑣”、或“偏於靜”的局限。在這種情形下，曾國藩對心學表現出了寬容的學術姿態。對於程朱理學與陸王心學之學術爭辯，他認為對於兩家之爭應取其同，避其異，揚其長，兼收並蓄，揚長避短，推進儒學的發展。
曾國藩還以氣學在生成論方面的資源來彌補理學之局限，謂“張子之《正蒙》，醇厚正大，邈焉寡儔”。依著氣學的思路，曾國藩認為，天地萬物均因稟氣而生，氣是構成天地萬物的最終基元。在稟氣而生這個意義上，天地萬物是“同體”的。
不過，曾國藩同時認為，雖太和絪緼之氣流行不止，天地萬物最初所得之氣“均耳”，但人與物、聖人與常人實所稟有之氣並不相同。就人與物相對而言，人得氣之全，物卻僅得氣之偏；故人有知性，而物僅得物性。就人類而言，聖人所稟之氣清且厚，常人所稟之氣卻濁而薄。 曾國藩對交友之道頗有見地，他認為交友貴雅量，要“推誠守正，委曲含宏，而無私意猜疑之弊”。“凡事不可占人半點便宜。不可輕取人財”。要集思廣益，兼聽而不失聰。“處世方面，曾國藩認為，“處此亂世，愈窮愈好”。身居高官，“總以錢少產薄為妙”。“居官以耐煩為第壹要義”，“德以滿而損，福以驕而減矣”。為人須在壹“淡”字上著意，“不特富貴功名及身家之順逆，子姓之旺否悉由天定，即學問德行之成立與否，亦大半關乎天事，壹概笑而忘之”。“功不必自己出，名不必自己成”，“功成身退，愈急愈好”。
曾國藩寫有格言十二首，基本上概括了他的處世交友之道。 曾國藩認為最重要的就是要在家庭成員中人人孝悌的原則。孝容易理解，就是對父母、對長輩的感恩、尊敬與贍養。悌是指兄弟之間和睦友愛，也就是同輩之間的融洽與和諧。在曾國藩家書裏，壹般都以為他給孩子寫的信最多，事實上他寫給弟弟的信才是最多的，可見他對兄弟之間關系的重視。曾國藩有段著名的評論，說家庭興旺的規律是：天下官宦之家，壹般只傳壹代就蕭條了，因為大多是紈絝子弟；商賈之家，也就是民營企業家的家庭，壹般可傳三代；耕讀之家，也就是以治農與讀書為根本的家庭，壹般可興旺五、六代；而孝友之家，就是講究孝悌的、以和治家的家庭，往往可以綿延十代八代。
曾國藩在“和以治家”的宗旨下還特別強調“勤以持家”。這個勤以持家在曾國藩那有兩層意思，壹是家庭成員要克勤克儉，壹是做家長的要勤以言傳身教。曾國藩說的這些，他自己就能壹絲不茍地帶頭去做，而且做得非常好。比如大兒子曾紀澤喜歡西方社會學，曾紀鴻喜歡數學和物理學，曾國藩雖然壹竅不通，也能盡自己所能去了解，去努力學壹點。這樣的父親，才不愧是壹個真正“勤以持家”的父親。在曾國藩的影響下，曾紀澤總是會親自教孩子們學英語、數學、音樂，還教他們練書法、寫詩文、講解經史典章，不論再忙，每日總要抽出時間來陪孩子、陪家人，這就是最好的家庭教育。所以，曾國藩子孫、曾孫，甚至玄孫裏，有很多科學家、教育家和社會活動家。 人格修煉對他事業有幫助。
首先是誠，為人表裏壹致，壹切都可以公之於世。
第二個是敬，敬畏，內心不存邪念，持身端莊嚴肅有威儀。
第三個就是靜，心、氣、神、體都要處於安寧放松的狀態。
第四個字是謹，不說大話、假話、空話，實實在在，有壹是壹有二是二。
第五個字是恒，生活有規律、飲食有節、起居有常。最高境界是“慎獨”，舉頭三尺有神明。
他每天記日記，對每天言行進行檢查、反思，壹直貫穿到他的後半生，不斷給自己提出更多要求：要勤儉、要謙對、要仁恕、要誠信，知命、惜福等，力圖將自己打造成當時的聖賢。許多人都認為人格修煉是空虛的東西，認為修身是虛無縹緲的東西，甚至還是迂腐的，但曾國藩壹生的事業，修身才是他事業成功最重要的原因。
曾國藩認為：“養生之法約有五事：壹曰眠食有恒，二曰懲忿，三曰節欲，四曰每夜臨睡前洗腳，五曰每日兩飯後各行三千步。”養生之道，“視”、“息”、“眠”、“食”四字最為要緊，養病須知調衛之道。
早年修身十三條
壹、主敬（整齊嚴肅，無時不懼。無事時，心在腔子裏；應事時，專壹不雜。）
二、靜坐（每日不拘何時，靜坐片刻，來復仁心，正位凝命，如鼎之鎮。）
三、早起（黎明即起，醒後勿沾戀。）
四、讀書不二（壹書未點完，斷不看他書。東翻西閱，都是徇外為人。）
五、讀史（每日圈點十頁，雖有事不間斷。）
六、謹言（刻刻留心。）
七、養氣（氣藏丹田，無不可對人言之事。）
八、保身（節欲、節勞、節飲食。）
九、寫日記（須端楷，凡日間身過、心過、口過，皆壹壹記出，終身不間斷。）
十、日知所亡（每日記茶余偶談壹則，分德行門、學問門、經濟門、藝術門。）
十壹、月無忘所能（每月作詩文數首，以驗積理的多寡，養氣之盛否。）
十二、作字（早飯後作字。凡筆墨應酬，當作自己功課。）
十三、夜不出門（曠功疲神，切戒切戒。）