在DNA中，加入醋酸鈉的作用是促進DNA的沈澱。在質粒提取中，也使用乙酸鈉，尤其是在中和溶液(P3)中，以便中和堿溶胞產物。
3M醋酸鈉具有H2O分子的功能，促進DNA沈澱。PH4.8的乙酸鈉溶液降低了反應混合物中的PH值，起到中和作用，使染色體DNA或質粒復性並聚集成不溶性網絡聚合物。同時，高濃度的醋酸鈉也能引起蛋白質-SDS復合物和高分子量RNA分子的沈澱。通過離心處理，與網狀DNA聚合物同分異構的蛋白質-DNA和RNA可以以復合物的形式沈澱，從而可以純化DNA。