鳴人在妙木山修煉是從374集開始的。鳴人再次尋找佐助的蹤影失敗後，回到木葉，卻驚聞自來也被佩恩殺害的噩耗。為此曾壹度悲傷消沈的他，因為伊魯卡老師和鹿丸的鼓勵，而重新振作起來，並協助解開自來也臨終前留下的暗號。
可惜的是，對佩恩的真面目仍然沒有頭緒。為了替自來也報仇，鳴人決定接受深作大人的提議，前往自來也曾修行的仙地“妙木山”，作艱苦的仙術訓練。
訓練期間，鳴人多次差點變成石蛙，幸得深作大人用術阻止，不過鳴人卻也滿身是傷。經過壹番修行，鳴人總算是基本掌握了自然力量，故深作大人便要他開始轉為不用蛤蟆油的練習，同時也給了鳴人自來也的遺作──“超骨氣忍傳”。
性格特點：
鳴人是個幽默的人，他經常以壹副嬉皮笑臉的面容面對世界，但是有時候他是以笑容掩飾內心的焦慮，不讓別人為他擔心。對於外人而言，他是個隨遇而安的人，但夥伴們往往能看出他埋藏在心中的憂慮。
鳴人的信仰十分堅定，他始終相信著人們能找到光明和正義，同時也很理智，明白正義的道路“不是壹條輕松的路，行走在那條道路上將會遭遇無數艱難險阻”，他也十分註重和同伴之間的友情，將卡卡西（帶土）的格言“在忍者世界中，不能完成任務的人是廢物，拋棄同伴的人則是連廢物都不如”銘記在心。
鳴人雖然看似遲鈍莽撞，但是並不是笨蛋，他在戰鬥中往往會有很多充滿閃光點的奇特戰術和鬼點子，例如對戰犬冢牙時的變身術策略、對戰角都的分身誘敵、以三代雷影的最強之矛化解其最強之盾等等戰例都能看出鳴人並非是個魯莽之人。