鎮原中學始建於1941年10月，初創時校名為“鎮原縣立初級中學”，校址設在文廟。次年，在武廟籌建新校即現在的東街小學所在地，新中國成立後，學校更名為“陜甘寧邊區鎮原初級中學”。1956年，學校更名為“甘肅省鎮原縣第壹初級中學”。同年，在縣城西門外上馬臺修建了“甘肅省鎮原縣第二初級中學”，從此兩校並立。1958年二初中增設高中部，更名為鎮原壹中，壹初中更名為鎮原二中，1959年二中相繼增設高中部。1962年調整學校布局，二中高中部並入壹中，即現所在地。1969年，二中全部並入壹中。1979年學校更名為“甘肅省鎮原中學”，被確立為地縣重點中學。1987年升格為副縣級建制。2004年命名為市級示範性高中，2005年高初中分離，成為全縣唯壹的獨立高中。