在古代西方，神學家們認為世間的生物是神——上帝創造的，而且自創造之日起就不曾改變，他們為此做了周密的論證。但他們沒想到的是，幾個世紀以後，英國的達爾文在他的《物種起源》中提出了不同的觀點，即物競天擇、自然進化。這壹觀點否定了壹直以來統治人們思想的神造說，從而開啟了生物學的科學進程。
在變化的生存條件中，生物構造的每壹部分幾乎都要表現出個體差異，這是無可爭論的。如果其中有益於該生物的任何差異（或稱為變異）確曾發生，那麽具有這種性狀的諸個體在生存鬥爭中會有最好的機會來保護自己。根據遺傳原理，他們將會產生具有同樣特點的後代。達爾文把這種保存原理，即適者生存，叫做“自然選擇”。在《物種起源》中，達爾文指出這種自然選擇在生物進化中的作用及其特征：“自然選擇的作用，只在於聚集輕微的、連續的、有益的變異，所以不能產生巨大的或突然的改變，它的步驟是短暫的、漸緩的，所以‘自然界沒有飛躍’的格言，為每次新增加的知識所證實。”選擇的過程雖是緩慢的，如果力量薄弱的人類尚能在人工選擇方面有所作為，那麽，在長時間裏，通過自然力量的選擇，即通過最適者的生存，人類就能夠繞開自身的素質和才能。達爾文認為生物的變異是沒有止境的，壹切生物之間以及它們與物理的生活條件之間互相適應的美妙而復雜的關系，也是沒有止境的。
除“自然選擇”原理外，《物種起源》又論述了變異及雜交兩個生物學的基本問題，二者也構成了達爾文物種起源理論的第二層次的理論基礎。達爾文在《物種起源》中談到：“我完全相信，物種不是不變的，那些所謂同屬的物種都是另壹個已經絕滅的物種的直系後裔，正如任何壹個物種的世所公認的變種乃是那個物種的後裔壹樣。”而正是變異的產生，使物種產生了進化。在雜交問題上，達爾文認為壹切動物和植物都會偶然地進行雜交，即使是間隔很長時間後才進行壹次雜交，雜交生下來的幼體在強壯和遺傳性方面都遠勝於長期連續同種受精生下來的後代，因此它們就會有更好的生存與繁殖其種群的機會。在此基礎上，達爾文在《物種起源》中指出，即使間隔的時間很長，雜交的影響歸根到底還是很大的。
理論探討之外，達爾文還在《物種起源》中解釋了人們為什麽不願意承認壹個物種會產生其他不同變種的原因，並談及自己的理論產生所依靠的方式與手段，即通過近似於經驗主義的材料積累，從而在材料來源的層面為自己的理論提供了證據。
《物種起源》的出版，在歐洲乃至整個世界都引起了轟動。它撼動了神權統治的根基，從反動教會到封建禦用文人都被觸怒了。他們群起攻之，誣蔑達爾文的學說“褻瀆聖靈”，觸犯“君權神授天理”，有失人類尊嚴。與此相反，以赫胥黎為代表的進步學者，則積極宣傳和捍衛達爾文主義，他們指出：進化論轟開了人們的思想禁錮，啟發和教育人們從宗教迷信的束縛下解放出來。現如今，當我們再次回眸那段歷史，尚能感受到這本書所引起的激烈的爭論，以及它帶給人們思想深處的震動。