早期起源：
波旁王室，顧名思義便是起緣於法國中部的波旁地區。而這個采邑最早出現於13世紀初，是法王壹位家臣，也即是今天波旁王室成員的母系祖先的私人封地。而其成員的父系祖先可追溯到來自卡佩王室的法王路易九世。路易九世之子克萊蒙伯爵羅貝爾與其子孫通過他和波旁領地的女繼承人勃艮第的比阿特麗斯的婚姻，獲得了對波旁公國的統治權。他們二人的長子路易在1327年獲封為波旁公爵。自此以後，他的子孫以封國波旁為姓，因此這次受封被視為波旁王室的起源。
納瓦拉（古時西班牙北部壹小國，16世紀壹部分與西班牙合並，另壹部分並入法國）：
自1523年起，由於出現繼承人問題的爭議，波旁公國的爵位壹直空缺，其資產暫時歸屬法國王室。1527年，法王弗朗索瓦壹世將波旁公國以及公爵爵位授予旺多姆公爵夏爾。自此，拉馬爾什-旺多姆分支獲得了波旁公國，而這個公國也是波旁家族日後奪得法國王位的重要資本。
夏爾的兒子，第9代波旁公爵安托艾涅·德·波旁於1548年10月12日與納瓦拉女王儲讓娜·達布雷特結婚。他們的長子亨利·德·波旁在1572年母親去世後繼承了納瓦拉王國，是為納瓦拉國王恩裏克三世，自此波旁家族入主了這個王國。雖然此時的納瓦拉的疆域只是全盛時期的壹小半，但足以成為日後波旁家族爭奪法國王位的重要基地。
法國：
16世紀，法國爆發宗教戰爭，原來的王室人丁雕零，國王早逝，王儲遇刺，按照薩利克繼承法法國王位只可傳予雨果·卡佩男性系後裔中的男子，而波旁家族就是第壹順位家族，亨利·德·波旁由此成為法國王位的合法繼承人。
亨利·德·波旁在1589年，亨利三世遇刺身亡後，順利即位為法國國王。
波旁王朝在1792年8月10日的法國大革命中垮臺，1814年，拿破侖倒臺，流亡於英國的普羅旺斯伯爵返國即位為法王路易十八。1815年拿破侖返回法國，在滑鐵盧戰役過後，路易十八得以復位。而他和他的弟弟夏爾十世壹直致力維護保王黨在國會的勢力。
七月革命過後，法國國會讓奧爾良公爵路易·菲利普三世以法王路易十三的次子菲利普第八代孫的身分繼承王位，1848年二月革命，令他被迫退位。自此以後，沒有任何壹位波旁王室或其分支成員能再次統治法國，而法國波旁王朝而正式落下帷幕。
西班牙：
1700年，西班牙哈布斯堡王朝最後的男丁，卡洛斯二世的去世，結束了哈布斯堡王室對西班牙歷5代的統治。卡洛斯二世生前在群臣逼迫之下，立下遺詔，把王位傳給了他的外甥安茹公爵腓力，腓力是波旁王室的成員，也是法國國王路易十四之次孫，而非奧地利哈布斯堡王朝的查理大公。
路易十四隨即將次孫推上西班牙王位，是為西班牙王腓力五世。而路易捍衛孫兒繼承權的強硬立場，導致西班牙王位繼承戰爭於1702年爆發。
戰事持續到1711年，此時波旁王室已在西班牙站穩，且表示願意為英、荷兩國商人提供貿易優惠和保障，加上神聖羅馬帝國約瑟夫壹世去世，查理大公登基為神聖羅馬皇帝，列強為了歐洲的均衡發展，倒戈支持腓力，哈布斯堡聯軍瓦解。
1714年，西奧兩國簽署和約，奧地利哈布斯堡王室承認波旁王室入主西班牙，但腓力五世及其後代必須放棄對法國的王位繼承權，西班牙與法蘭西永遠不可以擁戴同壹個君主。自此，西法兩國波旁王室正式分家，也揭開了波旁王室對西班牙斷斷續續統治三百余載的首頁。
其他：
帕爾馬公國
1731年，帕爾瑪公爵安東尼奧·法爾內塞無嗣而亡，公爵之位因此改傳與安東尼奧的侄女，西班牙王後伊麗莎白壹系。伊麗莎白長子，15歲的唐·卡洛斯親王因為母系血緣得到帕爾馬公國作為自己的封地。1738年帕爾瑪公國在《維也納條約》中作為西班牙換取西西裏和那不勒斯的條件。但很快西班牙於1748年《第二亞琛和約》重奪帕爾瑪公國，並授與卡洛斯三世的弟弟唐·菲利浦王子。雖然，在拿破侖戰爭期間，爵位被轉授他人，但在1748年菲利浦王子的曾孫卡洛二世成功復辟。公國此後傳至卡洛二世的孫子羅貝托壹世在位時的1859年為薩丁尼亞王國所吞並。
那不勒斯和西西裏
1734年時的帕爾瑪公爵，即日後的西班牙王卡洛斯三世，趁哈布斯堡王室深陷波蘭王位繼承戰爭泥潭而無暇南顧之際，從奧地利奪取那不勒斯和西西裏，並兼任兩國君主。其王位在1748年的《維也納條約》獲得確認。1759年，卡洛斯繼承西班牙王位，將那不勒斯和西西裏的王位讓於次子費爾南多，但費爾南多終抵不住法國大革命和拿破侖戰爭的南侵浪潮，因而於1799年和1806年兩次失去那不勒斯的王位，而僥幸保住西西裏的王位。
1815年，拿破侖慘遭滑鐵盧，作為那不勒斯國王的拿破侖的內弟若阿尚·繆拉被迫退位。費爾南多重掌那不勒斯，並於次年統整兩個王國為兩西西裏王國，稱兩西西裏國王斐迪南多壹世。但很快意大利統壹的浪潮推翻了兩西西裏王國。在斐迪南多壹世的曾孫弗朗切斯科二世在位的1860年，兩西西裏王國為薩丁尼亞王國所吞並。
盧森堡：
1919年11月6日，末代羅貝托壹世的兒子菲利斯王子迎娶了盧森堡女大公夏洛特，成為了盧森堡的王夫。他的姓氏——波旁-帕爾瑪 (Bourbon-Parma)也因此帶入盧森堡王室。1964年，夏洛特女大公讓位與兒子讓，令讓成為首位來自波旁家族的盧森堡大公，但王室和王朝的名號依然保持為拿騷-魏爾堡(Nassau-Weilburg)。