負面評價，如“時顧憲成罷歸久，於錫山創東林書院，招集士紳講學。其學經生之所知，絕無足聽者。徒相與臧否人物，訾國政，冀當國者聞而藥之。”（《江陵紀事》）更為激烈則如：“時錫爵、壹貫、賡、廷機諸輔傳燈，壹二孤憤之士建言被逐，於是聚徒講學，以道學之名號召天下。凡生長其地、宦遊其地者，或實意仰高，或葛藤相絆而靡然從之，門戶之名立矣。遙制朝紳，迫挾臺輔，夷跖惟其所造。復有壹二奸雄彼此借資，門戶之威熾矣。”（許重熙《憲章外史續編》）
較為客觀的評價，如夏允彜按政績來判定東林人與攻東林者之間高下如何：“平心而論，東林中亦多敗類，攻東林者間亦有清操獨立之人，然其領袖之人殆天淵也。東林之持論甚高，而於籌虜制寇卒無實著。攻東林者自謂孤立任怨，然未嘗為朝廷振壹法紀，徒以忮刻勝耳。特可謂之聚怨哉？無濟國事殆同矣。”強調兩派領袖的人品迥異，但也指出兩派均屬於於國事無補壹類， 這種看法具有較大的普遍性。清代的官方言論即與夏允彜的看法相仿，《四庫全書總目提要》認為“雖憲成等主持清議本無貽禍天下之心，而既已聚徒，則黨類眾而流品混，既已講學，則議論多而是非生。其始不過壹念之好名，其究也流弊所極遂禍延宗社。《春秋》責備賢者，憲成等不能辭其咎也。特以領袖數人，大抵風節矯矯，不愧名臣，尙為瑕瑜不掩雲爾。”在肯定東林領袖為君子的同時點明東林的流弊所在。總體而言主張“東林”應對明末敗勢承擔壹定的責任。