在運河周邊的水運過程中，糧食的調撥、收集、運送、押運、卸載、倉儲、保管等相關環節在實際過程中因地制宜地不斷更新和發展，使得糧食運輸體系幾經發展變化。每壹次變革都是在實踐中總結經驗教訓，實事求是解決問題而發展起來的。如唐朝宰相裴耀慶，將“直接運糧法”改為“分段運糧法”，即漕水壹般用於運糧，淺水用於倉儲，糧倉設在運河沿岸。這樣罐車不停滯，糧食也沒有損失，大大提高了糧食運輸能力。唐朝後期，在“分段運輸法”的基礎上，創制了“轉運法”，將民運改為官運，將散運改為標準麻袋，組織船只等。，運輸是系統的，有組織的。建立運糧獎勵制度，以鹽利為提成，解決運糧資金問題。這些創新有力地促進了糧食運輸的發展。宋元明清還根據運河的實際情況，在水運方面不斷創新方法，以更好地發揮運河的作用。[5]
明清時期，統治者對運河的利用也發生了務實的變化。明清時期，隨著商品經濟的發展，社會的市場行為日益增多，南北之間的物資交換需求大大增加。壹方面，漕運刺激了運河沿岸商業活動的發展，另壹方面，漕運本身也越來越商業化。第壹，貨物在漕運中被走私，從少到多。朝廷也沒辦法，而是主動明確允許油輪北上時運載壹定的貨物，南下返回時允許載客運輸。糧食運輸政策的這壹變化是政府的務實做法。壹方面，走私油輪是現存的事實，無法阻止。另壹方面可以補貼油輪的生計。同時，大甲的官員、士紳也有這種需求。水車運載的貨物量與日俱增，水車貿易越來越活躍，運河沿岸湧現出許多商業城鎮。如通州、直沽(天津)、滄州、德州、臨清、徐州、淮安。南方的絲綢、茶葉、糖、竹、木、漆、陶瓷源源不斷地運往北方，北方的松木、皮貨、煤炭、雜物也源源不斷地經運河南下。大運河雖然是為漕運而開，但在時代有商業運輸需求的時候，統治者也與時俱進，使之成為商運民運之河。