三焦的生理功能壹為通行元氣，二為水液運行之道。
三焦主持諸氣，總司全身的氣機和氣化。三焦是報導的升降出入的通道，又是氣化的場所。雹氣，是人體最根本的氣，元氣根於腎，通過三焦而充沛於全身，故說："三焦者，氣之所終始也"，《難經·三十八難》說三焦"有原氣之別焉，主持諸氣。"三焦為水液運行之道路。《素問·靈蘭秘典論》說："三焦者，決瀆之官，水道出焉"，也就是說三焦有疏通水道，運行水液的作用。
上焦、中焦、下焦的部位劃分有其各自的生理功能特點。
上焦主氣司呼吸，主血脈，其特點主宣發，將飲食物所化生的水谷精氣敷布周身，如霧露壹樣可以滋養全身臟腑組織，因而喻為"上焦如霧"。中焦主運，即腐熟水谷，運化精微，以化氣血，故喻之為"中焦如漚"。"漚"即飲食水谷腐熟時的泡沫浮遊狀態。下焦主分別清濁、排泄尿液與大便，具有向下、向外排泄的特點，故稱“下焦如瀆”。"瀆"指溝渠。