不過，良藥苦口利於病，中醫應用黃連治病起碼已有兩千多年的 歷史 ，早在《神農本草經》中就將黃連列為上品藥，說它“主熱氣目痛、眥傷泣出、明目、腸澼腹痛下痢、婦人陰中腫痛。久服令人不忘”。
什麽時候使用黃連呢？
1.心悸失眠、煩躁不安、神誌不清。
2.心下痞懣、惡心嘔吐、腹痛腹瀉。
3.舌紅質老、幹燥少津、舌苔黃膩。
黃連是中醫應用很廣的清熱瀉火藥，能清心火、胃火、肝火、濕熱、熱毒，心火上炎可致高熱出血、神昏譫語、健忘發狂、煩躁失眠、口舌糜爛等證，胃火熾盛可致口臭口瘡、牙齦腫痛、煩渴口渴、心下痞懣，嘈雜善饑等證，肝火上亢可致頭痛眩暈、煩躁易怒、目紅腫痛等證，濕熱下註，可致惡心嘔吐、瀉下痢疾、胃痛腹脹、痔瘡等證，熱毒壅盛可致紅腫熱痛、瘡癰腫毒等證。
中醫言黃連善除心煩，對煩躁失眠、心悸心慌、焦慮不安、精神錯亂等證都有較好的效果。
黃連與黃芩同用，可除心下痞，即胃脘部的脹悶氣滯疼痛感。與地黃、石膏同用，可治消渴病。配白頭翁可治痢疾。配大黃、黃芩可治鼻衄。
黃連善治熱利，腹痛、腹瀉、裏急後重、肛門灼熱、大便黏膩臭穢或有黏液或血液。
《傷寒論》中有12方使用了黃連，其中黃連湯可治腹痛、欲嘔不嘔；半夏瀉心湯可治煩躁不安、心下痞滿、嘔吐等“痞證”；小陷胸湯可治心下痛，脈浮滑的“結胸證”；黃連阿膠湯可治心中煩、不得臥的“少陰病”。
後世也有很多應用黃連的驗方，如黃連解毒湯可治熱盛譫語、吐血衄血，香連丸可治痢，連蘇飲可止嘔，左金丸可治脅痛，交泰丸可治心煩失眠，現代研究也證明，黃連有較好的抗菌、止瀉、抗炎、降壓作用。