這是因為果樹在異花授粉後，具有親本遺傳特征，後代分離，表現出不同的品質，失去了原親本品種的壹致性。
嫁接苗的接穗多采自成熟穩定的母株，其遺傳性狀壹直穩定，嫁接後不會出現變異，母株的優良性狀得以保持。
因此，大多數果樹，如蘋果、梨、桃、李、橙等，壹般都是通過嫁接繁殖的。
(2)早結果早豐產:種子繁殖的實生果樹開花結果晚，嫁接繁殖的開花結果早。
這是因為用於嫁接的接穗壹般要求從已經結果的樹上采集，並且已經進入開花結果階段。嫁接的植物只要樹長到壹定的大小，有壹定的營養基礎，就能很快開花結果。
同類果樹的苗木播種後壹般需要7 ~ 8年甚至10年才能結果，而嫁接苗壹般只需2 ~ 3年就能結果。
矮化砧木果樹早期結果特征更明顯。
(3)增強抗逆性:用於果樹嫁接的砧木多為野生和半野生種，對不良環境適應性強，用作砧木能明顯增強果樹的抗逆性。
例如，蘋果、秋梨或李杜梨、橘子、荔枝在生產中常用作砧木，都不同程度地提高了這些果樹的抗旱、耐鹽堿、耐瘠薄、抗寒、抗病能力。
(4)加快良種繁育:有些果樹播種繁殖時容易改變性狀，扡插不易生根。而利用嫁接技術可以加快育種速度，如蘋果矮化砧木的育種:將矮化砧木嫁接到海棠或蘋果樹上，然後在溫室中繁殖，壹年可以繁殖4000 ~ 5000株幼苗。
(5)矮化樹:在矮化砧木上嫁接果樹，可以矮化樹，不僅管理方便，而且能早結果，優質、穩產、高產，適合密植。