PCR沒有獲得特異性條帶,這可能是由於以下因素。
首先,模板因素
1,使用部分降解的模板,對策是使用新鮮提取的模板;
2.使用了錯誤的模板。很多真核基因都有65,438+0或更多的內含子,而且內含子往往很長。此時不宜用基因組DNA作為模板,需要用全長的c DNA作為模板。
3.模板太少或太多。壹般來說,只要模板不是太少到極限,就可以擴增,但是太多的模板會形成拖尾帶,無法獲得特定的片段。對策是調整模板量;
第二,引發因素
1,引物設計或合成過程錯誤,重新檢查引物序列和方向性是否正確;
2.引物長度。如果引物太長,會增加pcr的特異性,但會降低pcr的效率。如果引物太短,特異性就會不足。因此,需要根據模板的復雜程度設計合適長度的引物,以保證pcr的特異性和效率。
3.引物的gc含量和結構。gc含量過高會對pcr產生不利影響。如果引物本身形成發夾等二級結構或者正負引物序列互補,pcr效率也會降低。對策是調整擴增的起始或終止位置來調整引物序列。
第三,PCR條件
1,壹種合適的DNA聚合酶,包括酶的活性、效率和適用對象。如果是長片段pcr,要使用相應的酶才能獲得更好的pcr結果;
2.是否設置了合適的延伸時間和溫度。比如酶效率1kb/min,目的片段2kb,延伸時間需要2-2.5min,如果只設置1min,pcr不能成功。再比如有的酶的延伸溫度是68℃,有的是72℃。如果溫度設置不正確,自然會失效。
3.退火溫度或時間,退火溫度過高會導致pcr效率下降,退火溫度過低會導致特異性下降,從而導致實驗失敗;探索合適的退火溫度,設定足夠的退火時間;
4.pcr的循環次數是否足夠,壹般設置在25個循環以上;
5.其他pcr因素,比如是否加入合適的Mg離子濃度和dNTP濃度,是否設置合適的預變性和變性溫度等等。
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