晚更新世中早期(距今4萬~ 3.2萬年)，廬山至大理早期間冰期後，海平面略有上升，但仍時斷時續。此時，海岸帶開始有由砂、粘土和泥炭組成的瀉湖相沈積，海岸帶由粗砂、礫石和礫石組成的河流沖積相發育良好，以不整合覆蓋在下伏基巖風化殼上。內陸地區二元結構明顯的二級階地沈積相也已形成。此時沿海丘陵植被的優勢種是熱帶和暖溫帶的栲屬、櫟屬、濕地松、黑松、蘇鐵、羅漢松等針葉樹，伴生的熱帶植物有棕櫚科、樟科、胡頹子屬和桑科。出現了少量的紅樹花粉，沼澤周圍生長了壹種草本紅樹植物——鹽生植物，說明當時受海水影響，具有河海相互作用的特點。氣候濕熱，推測年平均氣溫約為18 ~ 21℃。晚更新世中晚期(距今32000 ~ 22000年)，海侵擴大，進壹步演化為海洋-沖積過渡到海岸相沈積，與下伏地層連續。含海洋微型動物——鱗翅目刺足蟲的有孔蟲，壹般生活在潮間帶或河口、瀉湖水深3.6m以下，基本屬於河口海岸種。此時(約30360a前)以常綠櫟、栲樹、杜英、水龍骨科、桫欏科為主的南亞熱帶季風常綠闊葉林；與前期相比，沿海地區的紅樹植物有所增加，如秋茄、紅樹林、木欖、泡桐等。，且少量海桑和鹽生植物較高，反映了南亞熱帶溫暖濕潤的濱海環境，可能是紅樹林潮間帶。晚更新世晚期(22000 ~ 12000 a)迎來大理冰期晚期，海平面再次開始下降，河流作用加強。海岸底部的粗砂和粉質粘土互層，反映了河流相的堆積和與下伏地層的連續沈積。此時雨量充沛，雨季暴雨，內陸河谷易形成ⅱ沖積、洪積階地沈積。這時候氣候基本上由暖轉涼。地殼的隆升導致了晚更新世末的禮樂風化期，該地區斑駁的雜色粘土代表了大理冰期晚期低海紅土風化的產物。
全新世早期(12000 ~ 7500a)海平面上升，西海岸出現泥質砂、礫砂、圓礫等透鏡狀海灘相沈積，不整合覆蓋在下伏晚更新世沈積物上。沿海山地植被以格氏栲、麻櫟、紅松為主，混生蘑菇、金縷梅科、大戟科、蕓香科、五加科、山姜科、毛茛科等。，此外還有少量的落葉樺樹、榿木和鵝耳櫪。紅樹林和豬籠草等沙灘植物已經出現在海邊。這些植被植物與現代物種相當接近，表明它們已經進入了全新世。此時，沿海河谷地區的河流沖積沈積物中含有淡水種和半鹹水種藻類，也顯示了河流作用的加強，反映出海平面已經開始上升。此時雨量依然充沛，內陸河谷二級沖洪積階地沈積依然十分發育。氣候溫暖、炎熱、潮濕，推測年平均氣溫約為19 ~ 22℃。
中全新世早期(距今7500 ~ 5000年)海平面持續上升，在西部沿海地區形成了含貝殼腐木淤泥和粉砂淤泥的河口海岸相沈積。有孔蟲是畢克輪蟲、厚鰭輪蟲、面包魚和五花蟲，它們是隨下伏地層連續沈積的。在沿海地區的河流下遊，形成了粉細砂和腐木粉細砂的沖積沈積，其中含有半鹹水種和半鹹水種藻類，反映了當時受海水強烈影響的環境。內陸地區由於受雨季的影響，在河谷附近往往形成I級沖洪積階地相沈積。大約7080年前，常綠櫟類、黎蒴栲、紅樹林、刺桫欏、水龍骨科和鳳尾蕨是西部沿海山地平原的主要海灘。海濱有豐富的紅樹植物，如泡桐、秋茄、木欖、紅樹、紅橄欖、海百合、海漆等，還有少量的海桑，反映出氣候濕熱，但後期氣溫比前期低。約6000a前是這壹時期海侵的繁盛期，海岸沈積物可能達到最大範圍。當時深圳地區東部的壹些海灣沈積了寬灘沙堤，塑造了大鵬灣和大亞灣的礫石海岸。海灣旁常有淡水溪流流入大海，較為適宜的氣候環境為這壹地區最早的人類活動提供了有利的場所。從仙頭嶺遺址僅發現簡單的建築地基、零星的柱洞、紅燒土堆和灰坑這壹事實可以看出，先民的生活方式基本屬於原始的、分散的、季節性流動的、以漁獵為生的沿海聚落。從此時劃分為壹期的文化特征來看，僅見於建造時期出土的彩陶，彩繪圖案與中原仰韶文化不同，也與閩臺文化不同。出土最多的是帶砂的陶器，其特點是陶器厚薄不均，多粗砂，陶器厚，溫度低，易碎，常見夾層現象。裝飾紋樣以細繩紋、篦紋為主，尤其是罐、壺的肩部為雙線弧形篦紋；出土的石器很少，如刮器、河卵石制成的腰形網墜等，都表現出壹些原始性，屬於新石器時代中期。中全新世晚期(距今5000 ~ 2500年)，海岸地區連續沈積粉細砂、粉砂和含帶殼砂質粉砂的河濱相沈積，包括畢克輪蟲、中溫輪蟲、半虧五葉藻等微生物。第壹階段(約5000年前)，沿海山區主要生長常綠櫟類、栲樹、紅樹林、松樹、水龍骨科和鳳尾蕨。沿海紅樹林數量較中全新世早期略有減少，針葉樹-松樹數量增加，也說明溫度較低，濕度較低，氣候較涼幹燥。第二階段，常綠櫟、格氏栲、杜英、禾本科、莎草科、水龍骨科、桫欏等。主要生長在沿海山區，沿海地區的紅樹植物較第壹階段有所增加，包括泡桐、紅橄欖、木欖、秋茄、海百合、海漆等。，而且氣候炎熱潮濕。可以看出，有兩個階段:較涼，略幹，不太熱的紅樹林，潮濕和更多的紅樹林。與這壹時期第壹階段的氣候環境相對應，在沿海河谷形成了礫石混砂的沖洪積相(河流I階地)，含有半鹹水種和淡水藻類，鹹水種較少，海水功能減弱，這也是沿海紅樹林減少的原因。大約5000年前，人類在這壹地區的活動已經更近了壹步，這暫時稱為第二階段文化。從東部沿海為活動中心，壹期文化逐漸發展到西部沿海(甚至現在的內伶仃島)，聚落遺址也從沿海的沙丘逐漸發展到深山，於是原始農業產生了。這壹時期的陶器制作已采用慢輪加工，形狀規則，燒制溫度在800℃以上。砂丘遺址出土的帶砂陶器比例較大，丘遺址出土的較少，可能與當時雨水侵蝕嚴重，夾砂保存困難有關。帶砂陶器多為炊具、器物架、竈臺，陶器顏色以黑色為主，灰沙陶的紋飾多為繩紋，其次為筐紋、鋸齒形、尹蓓紋及少量雲雷紋和編織紋。肩石器較為常見，磨制石器占絕對多數，制作和天然石材的工具較少。大多數石器制作精良，刀刃鋒利。除此之外，還有箭頭和難以制作的裝飾品，比如戒指和耳環。第二期文化從幾何印花陶器出現到更為流行的階段，持續時間較長，繼承了第壹期文化，之後是青銅時代，壹般持續到中原地區的商周時期。從第二階段文化到所謂的第三階段文化，根據已發現的遺址分析，除了先民最初的沿海聚落外，還遍布西部地區的西鄉河中上遊、大沙河西側、觀瀾河東、鳳凰洞、筍崗山、高銅陵山等河谷平原或丘陵地帶，可能與當時農業活動的擴大或戰爭的需要有關。三期文化最大的特點是制陶技術有了很大提高，采用了快輪加工，陶器質量高，燒制溫度可達1200℃；兩種以上圖案的奎文主題陶器圖案普遍存在；陶器的裝飾圖案與中原地區商周青銅器上的裝飾圖案相似。印刷出的幾何圖案清晰整齊；形狀很大。玻璃形狀的黃綠色釉出現在壺、豆等器皿上，堪稱廣東原始瓷器。這壹時期，奎文的陶器類型往往伴隨著出土的青銅器。已經進入青銅時代，年代應該在春秋時期。
全新世晚期(下限為2500a前)，西部沿海包括河流下遊入海的廣大地區，下部形成少量貝殼碎片、碳質泥質物或含淤泥礫石；上部以砂質粘土為主或混泥質砂，為海-河相互作用沈積，假整合覆蓋在下伏沈積層上。今天西北沿海的沙井到南投壹帶，大約是2500 ~ 1500年前，相當於晉代，從海上到陸地逐漸淤塞。植被生長和氣候環境多次發生變化。第壹階段(2500a前)常綠闊葉林-草地植被繁盛，海濱紅樹林植物較前壹階段減少，海水作用減弱。松樹和鳳尾蕨的增多反映了氣候溫暖幹燥。第二階段，紅樹林沿海岸生長，但由於海水迅速抽走，平原地區生長的蕨類和草本植物群落繁盛，氣候溫暖幹燥。第三階段，常綠闊葉林-草地主要由常綠櫟類、落葉櫟類、紅樹林、禾本科、莎草科、水龍骨科和桫欏屬組成。與前壹階段相比，紅樹林植物有所減少，反映出氣候溫暖、炎熱、潮濕。第四階段(957 100) a，常綠闊葉林成分減少，人類活動逐漸加強，農田開墾和草地面積擴大，使植被逐漸向常綠闊葉林-草地植被和常綠闊葉針葉混交林-次生草地植被轉變，沿海紅樹林數量和面積進壹步減少，氣候溫暖幹燥。從2250a開始，逐漸進入所謂的IV文化，其主要特征是出現了新的器物種類，如甕、蘆、盒、杯、錐形壺狀鼎等。在紋飾上，除了盛行的米紋之外，器皿的肩部標有雙線弦紋，中間夾有雙線連續的水波紋。這壹時期最大的特點是青銅器和鐵器、奎文陶器和人字陶器的存在。有學者認為可能代表青銅時代的結束和鐵器時代的開始，相對年代應該在戰國時期。