有大量原種和生產種，接種後立即放入培養室的培養架中。
靈芝的培養條件:以調節溫度、濕度、光照、空氣為主。靈芝菌絲體生長階段壹般不需要光照，培養基混合裝瓶(袋裝)時有壹定的水分，因此在菌絲體培養階段應主要控制溫度和通風條件。
(1)溫度控制
溫度影響菌絲體的生長速度、菌絲體分解培養基的能力、菌絲體分泌酶的活性和菌絲體生長的強度。在靈芝生產過程中，培養溫度過高會導致菌種過早老化，培養溫度過低會導致菌絲體生長緩慢，從而延長生產周期。因此，調節和保持適宜的溫度是壹項重要的工作。靈芝最適合在25℃左右生長。
(2)通風條件
靈芝總的來說是好氧菌，培養時要註意通風。除瓶(袋)不宜過滿外，上部有壹定的有利於生長的空間，在菌種培養室要有適當的通風窗，或排氣扇等機械設備進行通風。但是通風和保溫往往是壹對矛盾，尤其是在寒冷的冬季。通風會降低培養室的溫度。為了保持室內有壹定的通風量，培養架不能過分擁擠，菌種瓶(袋)要放置寬松。同時可以利用中午的溫度進行適當的通風，以利於靈芝菌種的生長。
(3)濕度調節
菌種培養是在固定的容器中培養菌絲體。只要培養基的濕度合適，培養室的濕度很容易控制。主要以自然條件為主，防止濕度大的雜菌滋生。可以定期在室內撒石灰，吸收水分，加強通風除濕。培養後期，如果濕度不夠，可以在培養室內噴水增加濕度。
(4)燈光控制
壹般靈芝在菌絲生長階段不需要光照，需要遮光設備，比如在門窗上掛窗簾。
總之，培養室內的溫度、濕度、空氣、光照等條件是相互關聯的。比如室外的溫度和濕度比室內低，所以采取通風會降低室內的溫度和相對濕度；如果室外溫度高於室內溫度，通風除濕會使室內溫度升高。因此，溫度、濕度、空氣、光照需要綜合考慮，適當調整，使之適合靈芝菌種的生長發育。