先從歷史沿革說壹下。先秦之世，三公是對最高的輔政大臣的稱呼，具體是哪三個，分別負責什麽事務，《禮》、《書》都說法不壹，古文經學和今文經學派也說法不壹。
到了秦，設二相而廢三公。二相即左右丞相，但其上還有壹個相邦，呂不韋就曾擔任過，所謂“丞”，就是輔助的意思。秦之後的漢，由於是平民政權，初期官制基本沿用秦制。丞相、太尉和禦史大夫就是沿用下來的。這時候“相邦”改為“相國”，避劉邦的諱。看《史記》可知，蕭何是相國，其下還有左右二丞相。後來逐漸沒人再任相國這個職位，就以丞相為大。
大概在漢文帝時期，今文經學興起之後，把古代的“三公”套用在丞相、太尉和禦史大夫這三個職位上。那時候開始稱他們為“三公”，但那只是平時的習慣用語而已，真正成為定例，則要到王莽時，把大司馬、大司徒、大司空稱為三公。後漢也就承襲下來。
所以，秦代沒有三公。以相邦或丞相（在相邦職位沒有人擔任的時候）權力最大，根據漢書《百官公卿表》，秦官中禦史大夫是“上卿”，還是屬於“卿”。至於太尉，雖然有這個官職，但從來沒有人擔任過。軍權實際上掌握在皇帝手裏。
以上是歷史，秦無三公。
以下說說“秦設三公”這種說法從何而來。
中國的官制裏頭有壹個很重要的東西——“監察”（也就是禦史大夫的職責）。這算是我國行政制度的創新，而且壹經確立就行之千年。甚至到了孫中山也還要弄個五權分立，其中比西方多出了“監察”和“考試”，考試也是中國特色，孫的意思顯然要把中國好的東西保留下來，即禦史（監察）和科舉（考試）。
而行政、軍事和監察的“三權分立”制度，特別是專門把“監察”分立出來，是從秦朝開始漢朝確立的。我認為，這種官制，教材或流行說法為了給個名稱，就說是“三公九卿制”。其最高長官分別是丞相（行政）、太尉（軍事）和禦史大夫（監察）。追溯其起源，就把秦代的這三個官職也說成三公了。但這是後人所言，當時不這麽說。
如果把“三公九卿制”當作這種三權制度的名稱，可以說秦是其創立者。但嚴肅的歷史學家不會這麽籠統地把“三公制”安在秦的頭上。比如錢穆是很推崇中國官制的，他的《國史大綱》詳細列出了三公九卿，但他是放在漢代講的。