禹被任命為司空，任治水之事。禹立即與益和後稷壹起，召集百姓前來協助，他視察河道，並檢討鯀治水失敗的原因。禹總結了其父親治水失敗的教訓，改革治水方法以疏導河川治水為主導，利用水向低處流的自然趨勢，疏通了九河。治水期間，禹翻山越嶺，淌河過川，拿著量測儀工具，從西向東，壹路測度地形的高低，樹立標桿，規劃水道。他帶領治水的民工，走遍各地，根據標桿，逢山開山，遇窪築堤，以疏通水道，引洪水入海。禹為了治水，費盡腦筋，不怕勞苦，也不敢休息。他親自率領老百姓餐風露宿，過家門而不入，整天在泥水裏疏通河道，把平地的積水導入江河，再引入海洋。經過十三年治理，終於取得了成功，消除中原洪水泛濫的災禍。因治洪水有功，人們為表達對禹的感激之情，尊稱他為“大禹”，即“偉大的禹”。
在治水的過程中，禹走遍天下，對各地的地形、習俗、物產等皆了如指掌。禹重新將天下規劃為九個州，並制定了各州的貢物品種。帝夏禹王還規定：天子帝畿以外五百裏的地區叫甸服，再外五百裏叫侯服，再外五百裏叫綏服，再外五百裏叫要服，最外五百裏叫荒服。甸、侯、綏三服，進納不同的物品或負擔不同的勞務。要服，不納物服役，只要求接受管教、遵守法制政令。荒服，則根據其習俗進行管理，不強制推行中朝政教。