首先，智商和情商反映的是兩種不同的心理素質。智商主要反映人的認知能力、思維能力、語言能力、觀察能力、計算能力、節奏能力等。換句話說，主要表現人的理性能力。可能是大腦皮層的功能，尤其是主管抽象思維和分析思維的左半球大腦。
情商主要反映壹個人感受、理解、運用、表達、控制和調節自己情緒的能力，以及處理與他人情感關系的能力。情緒智力反映了個體對情緒問題的把握和處理能力。情感往往走在理智的前面。它是非理性的，其物質基礎主要與腦幹系統有關。大腦的額葉控制情緒。
其次，智商和情商的形成基礎不同。雖然情商和智商都與遺傳和環境因素有關，但它們與遺傳和環境因素的關系是不同的。智商和遺傳因素的關系遠大於社會環境因素。
根據《英國智商簡明百科全書》中的詞條:“根據調查結果，大約70%-80%的智力差異是由於遺傳因素，20%-30%的智力差異是由不同的環境影響造成的。”情商的形成和發展有先天因素。美國心理學家艾克曼的研究表明，從未與外界接觸過的新幾內亞人能夠正確判斷其他民族照片中的表情。情緒有很大的文化差異。