東京密花市密花市政大樓。這裏有壹個可以壹舉改變全世界遊戲界價值觀的模擬遊戲《繭》的發布會。融合了最先進技術的Cocoon，首先進入壹個看起來像蠶繭的大型膠囊，通過電腦的操作，讓玩家被催眠到歷史上曾經發生過事件的時代，然後玩壹個具有挑戰性的虛擬體驗遊戲。遊戲共有五個場景:維京(玩家成為維京人，前往七海)、巴黎-達喀爾拉力賽(玩家與世界著名車手參加比賽，並在惡劣的環境中獲勝)、古羅馬競技場(玩家擊倒古羅馬帝國的幽靈戰士)、所羅門的寶藏(玩家扮演珠寶獵人，尋找所羅門的寶藏)、老倫敦(玩家和幫手壹起將開膛手傑克繩之以法)。柯南從阿笠博士那裏拿到了遊戲徽章，園方因為擔心小蘭進入遊戲而把徽章給了她。元太、嚴光和步美通過交換假面超人卡得到徽章，交給阿莎拉，他們壹起上了“繭”。另壹方面，蠶繭的開發商兼負責人簡村，竟然在大會會場的地下室遇害。在這起兇殺案發生的同時，壹個自稱“諾亞方舟”的人工智能闖入並控制了“蠶繭”的電腦系統，切斷了虛擬世界中50個孩子可以與外界連接的所有管道，向現實世界中的所有主機宣布:“在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能存活到最後，妳就贏了。但是，如果沒有人能生存到最後，他們就會向這些孩子的大腦發出無線電波，殺死他們，讓日本再生。”壹場失控的遊戲就是這樣開始的。為數不多的知道柯南身份的人之壹，工藤新壹的父親，世界著名推理作家工藤優作，也是這次大會的特邀嘉賓。尤左負責監督蠶繭遊戲中的歷史事件。雖然他可以通過推理找出簡村被殺的原因，但他只能在控制室觀看他們關於柯南壹行的表演。柯南壹行必須挑戰《繭》設定的19世紀倫敦貝克街的壹系列考驗，這裏也是夏洛克·福爾摩斯留下無數傳奇的地方。壹場虛實結合，以50條命為賭註的遊戲，即將開始！