司馬曜登基前後，東晉籠罩在篡位者桓溫的陰影下。當時著名的北伐名將桓溫戰敗，威逼朱太後廢了海西公司馬懿，立惠濟王司馬懿為帝。與此同時，桓溫也對東晉進行了大洗牌，武王司馬懿被流放，大名鼎鼎的俞氏、殷家全軍覆沒。取於桓溫之權，惶恐不安的司馬懿，常常害怕被廢。
372年，在位不到兩年的簡文帝司馬昱死於憂郁癥。大臣們得知桓溫的野心後，猶豫是否立太子司馬曜為接班人。這時，尚書的仆人王彪做出了最後的決定，堅持按制度辦事。
於是司馬曜繼位了。桓溫以為簡文帝會把皇位讓給自己，最不濟也會把自己弄得跟周公壹樣。他很憤慨，他們倆現在都得不到他想要的。但由於桓溫舊病纏身，無法出兵奪取皇位，陳炳固只好武力威脅東晉朝廷，加九錫。
也許司馬曜是幸運的。在謝安等人的刻意拖延下，桓溫終於病重，九個月後死去。就這樣，司馬曜挺過了登基以來的第壹次危機。此時司馬曜才11歲。
桓溫雖然死了，但是根深蒂固的桓氏家族依然有著非同壹般的影響力。“史、，再加上右將軍、荊州刺史桓霍正西將軍、杜荊、楊、雍、焦、廣五州之軍功。桓沖是的將軍，楊、俞、姜的統帥，楊、俞的刺史。竟陵太守石秀，任寧遠將軍，江州刺史，潯陽鎮。石秀，隙之子。”
好在前秦正在攻打益州、荊州、淮南，桓家的註意力受到了很大的牽制。因此，東晉獲得了寶貴的調整時間。到383年淝水之戰爆發時，以謝安為首的東晉高層不僅穩定了國內政局，還培養了壹支由中央政府直接控制的精銳部隊——北府兵。
最終，正是這支新建的精銳部隊，打敗了+前秦王苻堅統壹中國的夢想。
淝水之戰的勝利，不僅延續了東晉的國家地位，也給東晉政局帶來了極其微妙的變化。其中壹位，桓家的掌舵人桓沖，於384年病死，東晉的荊、楊之爭隨即得到解決。二謝安的權威被孝武帝任命的弟弟司馬道子分解，謝安固有的名人情結使他不願意爭權奪利。387年，著名的壹代文史功臣謝安病逝。
隨即，他所控制的徐、青、兗州被東晉皇族徐州刺史司馬道子和王慶、兗州刺史司馬天瓜分。至此，司馬曜收回皇權，完成了東晉八帝未能實現的夢想。當時司馬曜25歲。
淝水之戰後，前秦分裂。在這樣的大好形勢下，掌權的司馬曜並沒有對北方發動大規模的軍事行動。相反，東晉再次陷入內訌的惡性循環。謝安之後，皇族司馬道子上臺。隨著司馬道子的勢力越來越大，司馬曜開始有意識地約束司馬道子的威權，兄弟倆的關系開始變得非常緊張。因此，孝武帝之死被披上了壹層撲朔迷離的外衣。
據史書記載，孝武帝生性嗜酒，經常“流連於內殿，醒而待之甚少，外人難得見之”。
有壹次，司馬曜和他最寵愛的妃子張貴人設宴。酒喝到了，孝武帝對年近三十的張貴人說了壹個笑話。“妳也要廢年，我就更沒興趣了。”(按照妳的年齡，應該是廢了，總有壹天要找個年輕漂亮的姑娘來代替妳。)張貴人聽後嫉妒不已，而醉醺醺的孝武皇帝卻渾然不覺。
想了想，張貴仁起了殺心。當晚，張貴人故意把司馬曜身邊的太監灌醉，然後叫宮女趁蕭武帝熟睡之際，用被子將他活活勒死。
第二天，張貴仁謊稱孝武帝死於噩夢。奇怪的是，東晉朝廷對司馬曜的猝死毫無反應。據史書記載，“太子虛弱時，王司馬的兒子發呆，就不問了”。