益生菌的自身結構，如肽聚糖、脂磷壁酸等，可以作為抗原直接發揮免疫激活作用，通過分泌免疫激活劑刺激宿主免疫系統，從而提高動物的免疫力。
增強先天免疫細胞和自然殺傷細胞的活性，激活樹突狀細胞，刺激機體產生細胞因子，刺激B細胞分泌抗體。益生菌可以刺激腸道產生分泌球蛋白A，保護身體健康。腸道內還有復雜的腸道菌群，對宿主的生長、發育和健康有重要作用。
益生菌有助於腸道中營養物質的消化。可將乳糖分解為乳酸，減少乳糖不耐癥。雙歧桿菌和乳酸桿菌不僅能產生維生素B1、B2、B6、B12、煙酸、葉酸等多種維生素供身體需要，還能通過抑制壹些維生素分解菌來保證維生素的供給。此外，雙歧桿菌還能降低血氨，改善肝功能。
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擴展數據:
益生菌最好不要空腹服用，因為空腹時胃內酸性較強，會殺死菌群。壹般是吃了東西後服用，水溫壹定要控制好。如果水溫過高，菌群將無法存活。
在益生菌補充方面，人們應該註意適當食用含有益生菌的食物，而不是過分依賴益生菌制劑。人體菌群要保持平衡狀態，所以益生菌越多越好。過量攝入和補充益生菌不僅對人體有積極作用，還可能導致人體器官超負荷。
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