庫克認為壞血病是由於缺乏新鮮食物造成的。因此，在出航時，他除了面包、小麥、鹹肉、糖、食用油、啤酒等通常的食物外，還特意準備了大量的麥芽、鹹菜和檸檬、橙子制成的糖漿。但是，提供食物是壹回事，人吃是另壹回事。原因是有的人不習慣，有的人暈船，壹想到這些食物就惡心。庫克有時不得不強迫他們吃東西，甚至鞭打壹些拒絕吃新鮮食物的人。
庫克也用啤酒來治療壞血病，但不同的是，這些啤酒是由澳大利亞本土植物rimu、manuka和糖蜜制成的令人陶醉的混合物。
這種啤酒有獨特的治療作用，說起來很有意思。庫克也是澳大利亞第壹種啤酒的釀造者。
當他於1773年在新西蘭Dusky Bay釀造出澳大利亞歷史上第壹批啤酒時，他並沒有想到後來會獲得如此高的醫學榮譽。這種啤酒是由當地天然植物裏木、麥盧卡和糖蜜制成的令人陶醉的混合物，與今天的啤酒有很大不同。然而，這種啤酒獲得了金獎，金科普利獎章。
他對制造方法和植物釀酒的研究做了筆記，並與植物學家壹起探索了另壹種處理方法。
這種在治療流行病和致命壞血病方面的遠見獲得了皇家學會金質獎章的榮譽。
然而，這種啤酒是壹個笑話，只是為了“信守承諾”
1773年，他釀造的啤酒只夠他下壹次航行，這樣他就能履行對奮進號船員的承諾。他承諾向他們提供日常口糧，包括“壹磅餅幹和壹品脫葡萄酒或他們能喝多少啤酒就喝多少”。毫不奇怪，本地啤酒成為了最佳選擇。[4]
庫克對機上人員健康的關心是有效果的。在前三年的航行中，雖然有部分船員死於意外，但據說沒有人死於傳染病。少數人有壞血病的癥狀，但他們在幾天內被庫克用大量的柑橘和檸檬汁治愈。第二次航行的記錄也是如此。因為庫克的成就，第二次回國後，他被選入皇家學會，他關於壞血病的筆記和論文獲得了金科普利獎章。
皇家醫學協會建議海軍每天喝壹杯檸檬汁。自此，壞血病在航海史上逐漸消失。