阿克的師姐阿奇帶著蒙古王子格爾壹行來到少林寺，挑釁他交出阿克。楊溢之在吳三桂手下，承認韋小寶為嶽父，替他解決了矛盾。韋小寶憑借他的聰明才智，使戈爾和其他人退卻了。聖旨來自張康年:康熙命韋小寶為梁青寺主持，實則繞少林寺壹圈，帶些人保護順治，不易引人註意。韋小寶和雙兒壹起去了五臺山的梁青寺。五臺山的梁青廟被成千上萬的道士包圍著。目的是活捉行癡大師(即順治皇帝)。鮑曉只好將金蟬脫殼，假扮成道士，帶著行癡等人逃出了梁青寺。半路上遇到了微服前來旅遊的康熙。順治經不起康熙的苦苦哀求，父子終於相認。
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順治把四十二章的秘密告訴康熙，叫他做個好皇帝，帶著玉林大師離開了。康熙含淚看著父親。當康熙參觀寺廟時，他在九難被暗殺了。幸運的是，鮑曉舍命救了他，並被九難帶走。為了脫身，鮑曉再次利用刺殺鰲拜來說服九難。每年三月是明朝崇禎皇帝的大忌，於是九難帶著鮑曉進京，去景山公園祭拜崇禎。康熙沒能找到鮑曉的下落，激怒了多隆和張康年，要求多隆留下來繼續尋找韋小寶的下落，並驅車回京。韋小寶帶九難去了皇宮，但九難沒想到會遇到前宮女陶紅英。原來，老師九難是昌平九公主。陶紅英在第42章告訴了九難發生的事情。九難進入慈寧宮尋找真相。
第22集
九難催促王太後說出第42章的秘密，兩人打得更兇了。九難把王太後所有的骨頭和棉掌都轉給了她。王太後為了自救，告訴她自己不是真正的皇後，她是明朝的後裔，毛冬竹，真正的王太後已經被軟禁了。九難和鮑曉得到了建寧公主從康熙手中偷來的《四十二章經》的副本。經過深思熟慮，九難發現《四十二章經》的封面裏藏著極小的羊皮，需要收集八份才能做成壹張完整的地圖，這樣才能破清破。九難和鮑曉壹起來到崇禎陵墓。韋小寶沒想到會在這裏再次遇到赤穗。赤穗也是九難老師的弟子。韋小寶故意裝無辜可憐，讓赤子罵他。九醜赤子得寸進尺阻止赤子維護鮑曉，這讓赤子很生氣。鮑曉說他會娶她，這使得赤子非常恨他。艾可三番四次被鮑曉從輕處理。告訴九難，她又罵她了。回聲騙鮑曉為她在河裏摘蓮花，韋小寶跳進水裏為回聲摘花。當她浮出水面時，她看到艾可用劍指著他，韋小寶把艾可拉進水裏。九難因為經書被喇嘛追殺，韋小寶和阿克火速趕回客棧。當他們看到喇嘛們圍攻九難的老師時，九難被打敗了。幸運的是，鮑曉耍了壹兩個花招，刺死了三個喇嘛，但九難受了重傷。韋小寶帶著赤子和九難逃跑，在路上，他碰巧遇到了赤子的朋友鄭克雙。鄭克雙說自己是臺灣省鄭嘉爾的兒子，邀請參加河間府的“殺桂”儀式。九難答應和他壹起去。
第23集
巴彥追著九難到了酒吧，發現她的傷還沒好。她要她交出四十二章，鄭克雙出面，被巴彥打了壹頓。韋小寶看到赤穗的心上人出醜，樂在其中。他大秀袖子，收售酒保，把汗藥撒在酒裏逃走。韋小寶戲弄鄭克雙，但被前來營救鄭克雙的巴彥抓住了。為了阿卡的緣故，韋小寶別無選擇，只能和這群喇嘛玩智力遊戲。這群喇嘛被鮑曉打敗了，他戲弄喇嘛，用樹脂粉扔空皮四十二章。喇嘛困屍，巴彥帶著空空的經書離開。九難感謝鮑曉讓她躲過了這次搶劫。為了接近赤子，鮑曉趁機要求九難收他為徒，九難欣然同意。鄭克雙帶著阿克去參加“殺桂”大會，卻讓不高興。老師九難看出了韋小寶的擔憂，帶他去樹林裏教武術“神奇”。
第24集
韋小寶跟著鄭克雙和赤子，卻被赤子罵了壹頓。韋小寶對鄭克雙很殘忍，但他無能為力。他碰巧遇到了多隆和壹群向他走來的衛兵。韋小寶用多隆的手打敗了鄭克雙，並借機炫耀英雄拯救美國的能力。讓鄭可爽吃了不少苦頭，還在Ako面前出醜，但是Ako還是不會放棄鄭可爽，這讓韋小寶覺得很可怕。又遇到穆王府的吳，編造謊言詆毀鄭克雙，壞了天地，要吳向他出氣。吳召集附近村民攔住鄭克雙的去路，誣陷鄭克雙猥褻農家女，要求鄭克雙討回公道，嫁給那個醜陋的農民。吳帶著鄭克雙回村，表演了壹出《高老莊的婚事》，把Ako逗得哭笑不得。
第25集
赤子在村民的撮合下被迫嫁給了韋小寶，鄭克雙的師傅馮希凡趕來營救鄭克雙。當真相大白時，韋小寶很尷尬。赤穗知道是韋小寶幹的，因此更加憎恨韋小寶。九難得知後告訴鮑曉和阿克不要再和鄭克雙來往，就和他們壹起回京了。韋小寶受九難委托回宮掌控現實，多重身份的韋小寶也讓自己十分尷尬。韋小寶向康熙講述了自己九死壹生的故事，怪罪吳三桂，並提出借他人之手鏟除吳三桂。這正是康熙的意思。韋小寶帶著康熙去搜查太後的臥室，正好撞見了那個背著假太後偷情的光頭和尚。光頭和尚帶著毛冬竹逃走，真太後獲救。韋小寶也趁機拿走了瘦和尚留下的四十二章經。當韋小寶來到天地會的大本營馬廄學習書籍時，他遇到了馮希凡和鄭克雙，他們讓他的主人陳近南很尷尬。韋小寶在棺材裏等待時機。
第26集
馮希範誣蔑陳近南背叛鄭王，並密謀反對他。當韋小寶看到陳近南大師被打敗時，他偷偷撒石灰粉來嚇跑錫範，並把鄭克雙放在棺材裏。天地會勸總舵手陳近南盡快擺脫鄭家與兩個兒子的爭鬥。陳近南不服，想到臺灣去跟鄭王理論。當他打開棺材，發現鄭克雙已經不在了，天地將死在棺材裏。拿出六本經書，把藏著的羊皮都拿出來保存，把經書的皮縫好，把空著的經書交給劉在神龍島謀了壹份差事。建寧大吵大鬧，因為他被給嫁給了吳。康熙派鮑曉作為隨行的婚禮特使，但實際上是讓他取回吳三桂的四十二章。康王因為藏經被盜，來找幫忙抄寫經書，這樣他就可以和康熙交差了。鮑曉做出了讓步。事成之後，我會送鮑曉壹座子爵府作為答謝禮物，鮑曉喜出望外。九難和阿克肯定和鮑曉壹起去了雲南。在押解途中，韋小寶被建寧用汗水迷倒了。當他醒來時，他發現自己被公主綁得壹絲不掛，受盡折磨。他很難把Ake扔進房間去救鮑曉。阿克救了鮑曉後掩面而去。鮑曉松綁還擊，建寧求饒。鮑曉終於受不了誘惑，壹夜之間與建寧發生了關系。
第27集
到了雲南之後，建寧威脅要殺了吳，韋小寶敷衍答應，心裏卻是心事重重。吳三桂隆重迎接公主，並設宴款待韋小寶。韋小寶見了吳三桂，便戲弄他，趁機勒索壹筆錢，吳三桂大惑不解。吳三桂給韋小寶看了他書房裏的三寶，這讓韋小寶大開眼界。韋小寶嘲諷地批評了屋內的陳設，暗示三桂造反，這讓吳三桂很不高興。吳三桂仍然假裝微笑，給了韋小寶壹對火槍。肖偉暗中安排道士徐天川和甄嬛去打探楊溢之的下落，發現楊溢之已經被吳三桂砍斷了四肢、眼睛和舌頭，不讓他知道謀反的事。鮑曉怒不可遏。決定刨根問底，為楊溢之報仇，徐天川等人帶著蒙古使者韓體模被俘壹探究竟。
第28集
韋小寶從漢提莫口中打聽到，吳三桂要聯合蒙古、西藏、洛迦、神龍，分四路進攻叛亂。韓鐵模的失蹤讓吳三桂很焦慮。吳三桂以救火為名，安排吳闖入安福源公主寢宮搜查韓鐵模，卻被勾心鬥角，被公主閹割。韋小寶將信將疑，說冒犯了，公主為了自衛閹割了。吳三桂發誓要報仇。韋小寶得知赤子被刺為吳三桂所擒，向九難求助。九難當面拒絕，然後悄悄去三聖庵找陳圓圓告訴他。陳圓圓來到吳三桂身邊，去監獄看望失蹤多年的女兒Ako。這對母女彼此認識。赤子告訴陳圓圓，只有韋小寶能救她。韋小寶用文字拜訪了吳三桂，然後他看到了刺客。我驚訝地發現，被囚禁的是穆建兵。
第29集
韋小寶嚇壞了夏國祥，所以他制定了壹個計劃，把劍屏帶走。穆堅冰講述，離開神龍島後，他再次遇到劍聖、大洪等人，正在商量對付吳三桂的時機，卻被三桂的手下俘虜。至此，鮑曉知道自己已經被吳三桂所困。這時，鮑曉接到壹個道士的紙條，要他去救阿可，韋小寶也跟著道士壹起去了。韋小寶偶然在三聖庵的書架上發現了四十二章，並把它們偷走了。是陳圓圓認識了韋小寶。陳圓圓透露了自己的過去和Ako的身世。韋小寶很高興赤子是吳三桂的女兒，應該可以救他壹命。陳圓圓想讓赤子認吳三桂為父，卻被赤子的生父李自成拒絕。此時，吳三桂已在三聖寺重兵圍困韋小寶等人，李自成與吳三桂展開了妳死我活的決鬥，壹時難以解圍。
第30集
韋小寶讓九難的老師交給他，韋小寶趁機要挾吳三桂交換阿科等天地會人質，然後“邀請”吳陪他回京，防止吳三桂出爾反爾。當時Ako有自殺的念頭，被親生父親說服了。Ako痛斥李自成沒有權利管她。李自成為救Ako掉下懸崖，被鄭克雙和馮希凡救下，並安慰她不要自殺。Ako被它感動，認了李自成做爸爸。幾經波折，雙兒回到了韋小寶的身邊。錢老本帶著武和馬超星從天上人間來見，並告知李自成和赤子他們的行蹤。韋小寶抵達柳江，卻發現李喜華和李自成在壹個球。李喜華的父親向李自成報了仇，李自成淹死了，這讓李喜華感到有些難過。他壹直追隨陪伴陳圓圓的胡逸之，與馮希凡壹較高下，打敗了馮希凡和韋小寶，並說起自己追隨陳圓圓的初衷，讓韋小寶十分佩服。吳留季羨慕雙兒和她是兄妹。
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