對於所有參與者，報銷流程如下:
(壹)參合農民持《新型農村合作醫療證》在定點機構門診治療，由定點醫療機構根據《新型農村合作醫療證》家庭門診賬戶現有金額直接減免醫療費用，超出部分由參合農民支付。定點醫療機構應及時與農業醫療機構結算。
(二)參合農民在市、縣、鄉定點醫療機構住院治療，由定點醫療機構直接補助。對定點醫療機構發生的醫療費用進行審核，按實施辦法規定的標準預付補助金額。
參合農民在省級定點醫療機構和非定點醫療機構住院的，由鄉鎮農合醫療機構給予補償。住院醫療費用，壹次性不足2000元(含2000元)的，由鄉(鎮)農醫所報銷，住院資料經鄉(鎮)農醫所審核批準後方可報銷。
(壹)申請補償時，需攜帶本人身份證、戶口本、新農合證(這三證原件復印留存在下方)、醫療機構有效住院發票、出院小結(或病歷)、費用清單、轉診證明。
(二)患門診大病(慢性病)的參合農民，持本人身份證、戶口本、新農合、門診發票及清單、門診病歷、檢查報告、二級甲等以上醫院或專科醫院的門診大病(慢性病)證明到鄉(鎮)農醫辦辦理。
(三)已參加商業保險的農民和已參加學生醫療保險的學生，出院後既要進行商業保險補償，也要進行新農合補償。
參合農民應先將發票原件及發票復印件交至縣級農醫所或定點醫療機構進行賠償，再將發票原件交至商業保險公司。發票復印件由縣級農醫所或定點醫療機構保管，但外傷病人只能憑原件報銷(學生除外)。
(4)住院費用限時報結，出院後三個月內可隨時辦理補償結算手續。超過三個月的視為自行放棄賠償(農民工可能會拖到年底)。農醫所按《實施辦法》規定的標準應支付的補償金額，在10個工作日內支付給參合農民。
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