首先，哥斯拉系列主要以哥斯拉怪獸為主角，講述了巨型怪獸哥斯拉與人類的對抗以及城市被毀滅的故事。哥斯拉被描繪成從史前時代復活的巨大爬行動物。它因核武器的輻射而誕生，因此常被視為對人類無節制使用核能的警告。哥斯拉系列的劇情通常圍繞著人類如何應對這種威脅展開，包括策劃對策和發明新武器。
《機動奧特曼》系列講述了壹群來自另壹個宇宙的巨型戰士，講述了他們為了保護地球而與各種怪物和外星生物戰鬥的故事。奧特曼是壹個超級戰士，與壹個被稱為奧托之父的外星人融合而生。他可以變成巨大的奧特曼打怪獸。奧特曼系列的劇情通常以奧特曼打鬥的過程和技巧為主。
此外，哥斯拉系列更註重劇情的緊張和恐怖，強調哥斯拉本身的恐怖形象，而奧特曼系列更註重英雄主義和正義感的體現，強調奧特曼與怪獸的戰鬥和正面力量的勝利。
總之，哥斯拉和奧特曼的劇情明顯不壹樣。哥斯拉系列以哥斯拉怪獸為主角，強調對抗和破壞，奧特曼系列以奧特曼戰士為主角，強調英雄主義和正義感。