後來江陰市的縣令面對清軍不戰而降,激起了江陰市人民的憤怒,於是在民間組織起義軍反清。為了使團隊有壹個好的領導者,大家壹致推選閻應元為領導者。閻應元欣然接受,並帶領他們發誓,他們必須壹路抵抗清軍。然後他們在江陰城遊行,和清軍打了壹場。
在閻應元的領導下,起義軍嚴格履行職責,清軍久攻不下。閻應元還在城裏招募熟練的木匠和鐵匠,連夜打造武器。憑借這些閻應元和他的隊伍,擊退了清軍壹次又壹次的進攻,甚至打出火球,造成清軍慘烈的傷亡。在此期間,閻應元還身先士卒,連殺清軍三將十八將,令以勇猛著稱的清軍膽戰心驚。
後來清軍只能采用拖延戰術,但都被閻應元忽悠了。無奈之下,清軍只好包圍江陰城,切斷了江陰城附近的所有道路關卡,江陰城成了壹座孤城。但是在城內缺糧缺水的情況下,閻應元還是連續幾天外出,直到最後無法迎敵,才被清軍攻破,而閻應元也是壹劍自殺,死而無憾。