Luigi正在晾衣服，哼著小調，忽然小蘑菇跑來“不好了！有人來報信嗎？”Luigi搖搖頭，小蘑菇來不及解釋沖進屋，“哇―――”小蘑菇叫到，這時聽見Mario在屋內唱歌，於是進到屋內，“啊――”小蘑菇滿臉通紅跑了出來，撞在櫃子上暈了過去，原來Mario在洗澡，Mario穿著內褲走了出來，小蘑菇怎麽也叫不醒，Mario沖出屋，匆忙穿好衣服拉著Luigi來到皇宮．只見公主不停的哭，Koopa也在，Mario壹下撞在Koopa背上，“不要從背後攻擊我！”Koopa大怒，Koopa與Mario打了起來．激戰正酣，Koopa大叫暫停...
待衛說鄰國豆豆王國的使者偷了碧奇公主的聲音。公主壹開口，只聽見壹串爆炸。碧奇公主的語言被爆炸的語言替代了。Koopa害怕碧奇公主的聲音會毀了自己的城堡，也不敢綁架碧奇公主，而要求Mario做些有用的事．待衛也請求Mario去拿回碧奇公主的聲音．Koopa希望碧奇公主恢復聲音後便可綁架她，於是提出用他的飛船送Mario去豆豆王國．又是壹串劇烈的爆炸．．．
和Luigi壹起來到飛船前，顯然Koopa已經等急了，它大叫Mario快些上船．Mario上了飛船，Koopa的手下還沒有到，Koopa看到了來送行的Luigi，於是要求Luigi也加入，Luigi不願意，準備逃跑． Koopa的手下們到齊了．飛船起飛，Luigi也被強行抓上了飛船．
Koopa在喇叭中叫兄弟倆快到甲板去．壹路向前，途中壹個照相的人叫住了兄弟兩人，“妳們的護照上沒有照片，這樣沒法去豆豆王國。”由於Koopa正在等兩人，於是照相師決定讓兩人夾隊先照（照相時可用方向擺各種pose，以後也可以換，不過要交錢）．在船艙盡頭Luigi被壹個夾子夾走了．．．
甲板上，Luigi被夾著用望遠鏡觀察．．．有人來報告說飛船以飛過豆豆王國的邊境，正當Koopa要放Luigi下來的時候，Luigi忽然發現有人飛來．飛船被擊中，偷走碧奇公主聲音的人Cackletta出現，她對Mario等人的到來感到吃驚．Koopa質問她為什麽偷走Peach公主的聲音，她說要趕快回去執行她的計劃，沒時間和幾人多說，她叫來手下Fawful，讓他好好照顧幾人，Fawful壹下就將Koopa擊到，戰鬥在所難免．．．
無法擊敗Mario和Luigi兩人，Fawful終於發怒了，他摧毀了整個飛船，飛船墜毀在壹片荒地上，兩人醒來後發現有壹座城堡．兩個守衛告訴兄弟倆這裏是豆豆王國的邊境。玩壹個跳繩遊戲，證實了兩人是Mario兄弟以後，對兩人放行，並交給兩人壹張豆豆王國的地圖．
走過壹片滿是刺的地後，見到Koopa卡在壹門大炮中．Mario上前踩了兩腳，Koopa終於伸出腦袋“留著妳們的笑話．這壹點也不好玩．快放我出去．”Koopa大叫道．“這不是Koopa嗎？居然卡在我的加農炮裏，真有意思．”“妳是誰？竟敢這樣和我說話”“我叫Talstar，是Stardust Fields的國王。”怪物介紹道，“我聽過妳們的故事，但印象不深。小個子，如果妳們想讓我放他出去就得交出妳們所有的，我會對這件事保密的。”
無奈之下只有交錢，誰知Talstar卻說Mario給他的所有蘑菇國貨幣只值10個豆豆王國貨幣，“我可不敢保證10個豆豆王國幣能使這件事不會被泄露出去。”他提出Mario再去找100個豆豆王國幣（shit，可為了往後玩只有答應），Talstar打開壹條路，壹路前行，在壹個五角星的地方，出現兩個警衛出現，他們教會兩人高跳和旋轉跳。經過測試（到達旗子處），警衛離去。終於收齊100個豆豆王國幣，可以回去見Talstar了，回去的途中警衛再次出現，他們又教會兩人在戰鬥中使用合體技。
Talstar收了錢，卻不肯放Koopa，“妳們不是在蘑菇王國，滾回去吧！”擊敗Talstar，綠色的警衛出現，他點燃加農炮，Koopa被發射出去。
走出Stardust Fields，壹出山洞便被三個警衛給圍住了，他們堅持說Mario綁架了他們的王子Peasley。“妳們對王子做了什麽？”“沒錯，就是妳們綁架了王子！”“快招認吧！惡棍！”“妳們是Mario和Luigi？”“說謊，他們是不會來這的！”幸好Talstar出現“他們沒有說謊，他們是來追捕壹個叫Cackletta的人。”（終於幹了件好事）警衛們忙道歉到，他們說他們的王子被壹個戴古怪頭盔的家夥綁走了（shit，Mario戴古怪頭盔了嗎？）。他們希望Mario如果發現他能通知他們。然後又繼續去調查了。
來到Hoohoo村，發現橋斷了，幾個村民在修橋（壹定要和他們都對話），沒法上山。在下山的路上發現壹個警衛被Fawful給擊倒，Fawful也發現了Mario，Fawful用壹塊石像堵死了路口，大笑而去。想起剛才路過壹間屋子，主人好象會打造錘子，去請他們幫忙吧。屋子的主人Hammerhand Bros.已經回來，然而沒有好的材料，他們無法打造錘子，他們告訴Mario山上有壹種叫Honhon Blocks的石頭可以打造出好錘子，並要求Mario去找些回來。
出門後發現橋已經修好，可以上山了，爬到壹半，沒有路了。看見有壹個石像。“我叫Hoohooros是Hoohoo國古文明的武器，前邊的路會更加艱險，妳們必須通過我的考驗。”第壹個考驗是在30秒中內收集10個Hoohoo spirits。而第二個考驗是打敗Hoohooros。打敗它後，出現新的道路，來到山頂，有壹架望遠鏡可以觀看山下（沒有實際用途），看見壹只大鳥在壹個巨蛋上睡覺，在它面前有壹塊紫色的石頭，那壹定是Hoohoo Bolck，Mario去拿Hoohoo Bolck，可是吵醒了大鳥。“妳們為什麽踢這塊石頭？這是種稀有的石頭。在我看來任何想把它踢下山的人都是賊。妳們知道我的名字？我就是Blablanadom。”它說它是看見Peasley王子，跟過來的，結果到這後只看見這個巨蛋，於是它決定將它孵出來。正說著，巨蛋開始晃動，裏邊出來壹只龍，Hoohoo Bolck隨瀑布落到了hammerhand的屋子。龍吐出壹塊石頭將Blablanadom擊飛，接下來就是我們的英雄了。
打敗它後，它變成了壹個人，Blablanadom飛了回來“真不可思議，這不就是Peasley王子嗎？發生什麽事了？”“這只是個小意外，我在這個國家執行秘密任務。發現Cacklatte和Fawful在這座山上，當我發現他們時，他們把我變成那樣並封在蛋中。”Mario告訴他碧奇公主的聲音被偷走了。“不用擔心，我們應該先去找Bowser’s城堡．妳們先下山去豆豆城堡找豆豆王國女王，我敢保證Cackletta的下壹個目標就是豆豆王國．”說完，他交給Luigi壹朵有他親筆簽名的玫瑰花作為豆豆城堡的通行證(汗!)．然後他又飛走去執行他的任務了．Blablanadom帶兄弟倆下了山．回到Hamerhand Bros.的屋子，有了Hoohoo Block他們幫兩人各打了壹把錘子．打碎Fawful留下的石項，向山下走去，玩過壹個小遊戲後來到山下．Hamerhand Bros.又出現叫住兩人，交給兩人在戰鬥中如何使用錘子．
來到豆豆王國，發現那裏已經成為壹片廢墟，馬上趕去城堡，可由於城堡遭到襲擊，門衛不肯讓他們進去，當Mario用跳證明了自己的身份（暈，對話也很搞笑）並出示了Peasley王子的玫瑰後，待衛終於讓開了路．在城堡裏看見有人倒在地上。正要上前查看，壹個自稱是管家Lady Lima的人出現，打開機關，Mario和Luigi掉了下去，“要想證明妳們是Mario和Luigi，就去修好那些水管。然後妳們就能見豆豆女王了。”
壹邊修理水管，壹邊前行，又見到Lady Lima，“妳是Mario，妳們怎麽會在這裏？什麽？妳們說是我把妳們弄下來的。我讓妳們來修理管道的。不可能呀！ Cackletta襲擊了我們，並把我們困在這裏。”原來那個Lady Lima是Cackletta變的。而水管修好後，豆之星的安全保護系統消失了。“豆之星可以滿足任何的願望，我們壹直在守護著它。”為了不讓Beanstar落在Cackletta手中，Lady Lima請求Mario快去保護豆之星（守護豆之星不是妳們的責任嗎？）。趕到大廳時，豆之星已經不見了。正在大家不知如何是好時，Cackletta和Fawful出現了，“豆之星和碧奇公主的聲音現在都是我的了。”“當碧奇公主的聲音喚醒豆之星後，這個世界就是Cackletta大人的了。” Cackletta和Fawaul高興的說道。他們叫出豆豆女王便離去了。豆豆女王不由分說便發起進攻。原來豆豆女王他們控制了。
好不容易將豆豆女王打暈了過去，Lady Lima上前壹看“壹定使Cackletta給女王是吃了Belly Blech Worm。” Lady Lima告訴他們只有Chucklehuck森林中的Chuckola Reserve才能使女王恢復原樣。Lady Lima交給Mario壹枚Beanbean Blooch作為去Chateau de Chucklehuck的通行證。出了城堡，小隨從趕出來叫住Mario，Lady Lima讓他交給Mario壹個Bean Badge。（可以提升攻防能力。死人，早不拿出來）Luigi由於沒有得到Badge坐在路邊不肯走。Mario只有將他推走。
通往Chucklehuck森林的路上也有兩個門衛把守，出示Beanbean Blooch，他們同意讓Mario和Luigi進入，來到壹間屋子，裏邊擺放有介紹制造Chuckola Cola各個步驟和Chuckola Cola之父的雕像。沒錯，就是這裏，快去找Chuckola吧。裏邊的屋子堆滿了木桶，只有從中穿過去了。好不容易從裏邊穿了過去，後邊Luigi確不見了（Luigi在前邊的話，是Mario不見了），後邊是個不認識的家夥，那家夥快速跑開了。Mario正在迷惑，Luigi終於出來了。在下壹個房間又看見了剛才逃走的家夥，“作為著名的Shadow Thief，我居然被人看到了。”他叫出手下(這不是Koopa嗎？)，原來他是來偷Chuckola Reserve的。
[此戰如果攻擊小偷，庫巴就會向妳瘋狂攻擊，但威力不大。只要註意小偷的偷盜本領，偷走補給品他會給自己使用，如果偷走的是錘子，錘子將壹定回合內無法使用。]
打敗他後，在壹個木桶中發現兩個人，和外邊屋子裏的碉像長得壹樣，他們就是Chuckola Cola之父。他們教會兩人錘子的新用途，利用新技能幫他們拿到兩個高腳杯。
進入Chucklehuck森林，利用新的技能不斷前進，遇見森林的守護者Chuckleroot“裏邊是Mother Chuckola，只有找到白，紅，紫所有三種Chuckola果實的人才能進入，Chuckleroot開啟了新的道路讓Mario去找Chuckola果實。找到了紫色和白色的Chuckola果實，卻不見紅色的Chuckola果實，兩人正在四處尋找，忽然遇到Chuckleroot的孫女“妳們怎麽能擅自進入壹個女士的屋子呢？”可是她並沒有生氣，反而告訴兩人如何得到埋在地下的豆子。找到埋在地下的五個豆子後，她為兩人開啟了新的道路。終於看到紅色的Chuckola果實了。可是有只大毛毛蟲堵住了路。Mario想讓它讓開，結果卻若怒了它…打敗它拿到紅色的Chuckola果實。
Chuckleroot讓開了路，這時Shadow Thief和Koopa出現。他們搶先壹步沖了進去，不能讓他們先拿到Chuckola Reserve，快追。來到Mother Chuckola裏邊，沒有看到Shadow Thief和Koopa，只有壹個老人在和壹個木桶在對話。兩人走上前，老人自我介紹到“我叫Bubbles，是我創建了Chateau de Chucklehuck並創建了Chuckola Cola公司。Mario說出來意後，老人告訴他們桶裏裝的就是Chuckola Reserve“1000年了，我不停的給他講笑話，以便讓他更加成熟。因為它是擁有很高才幹和美譽的蘇打，所以粗魯的客人只能是這樣的下場。”原來Shadow Thief和Koopa被綁在了桶裏。“這不是普通的蘇打，看到了吧？”木桶裂開了，裏邊的蘇打變成了壹個怪物，將Shadow Thief和Koopa打飛。老人高興的跳了起來，他對自己1000年的成果十分滿意。“我想妳們壹定想嘗嘗它的味道吧。”蘇打怪向Mario和Luigi襲來。
“不可能，我1000年的心血呀。老人憤怒地打碎地板，兄弟倆和Chuckola Reserve都掉了下去。Mario掉在了盛放Chuckola Reserve的木桶中。Luigi只有壹個人前進。找到Chuckola Reserve和Mario，Luigi居然直接把木桶推到水中，自己坐在上邊漂回了城堡。“Mario喝了壹肚子Chuckola Reserve。”“快去報告Lady Lima。”來到城堡裏，Beanbean女王還躺在地上，Mario把Chuckola Reserve吐給豆豆女王，女王吐出壹條蟲子。“這就是Belly Blech Worm。”女王終於恢復了原樣。當她得知Cackletta偷走豆之星和Peace公主的聲音，她說道“豆之星是這片大地的守護者，它能滿足所有願望。為了不讓這種能力落入壞人手中，豆之星進入了沈睡。據說壹種美麗的聲音可以喚醒它，現在只有Peace公主的聲音符合條件。所以Cackletta才要偷走Peace公主的聲音。她壹定是要喚醒豆之星，來滿足她的欲望――統治這個世界。”這時小隨從報告說Peasley王子回來了，立刻前去迎見王子。“妳找到了Cackletta的藏身之地嗎？”“他們就藏在這個城堡東北方的我們的研究所Woohoo Hooniversity。”“當然，Woohoo Hooniversity是喚醒豆之星的最好場所。”“我馬上趕去Woohoo Hooniversity。”說罷王子就走了。“這正是妳們拿回Peace公主的聲音的好機會，我會通告研究所的人讓妳們通行。”於是趕往研究所。
那幾個擋著路的待衛終於讓開了路，來到了研究所，發現這裏壹片狼籍。壹陣猛烈的震動“跑啊！”從裏面沖出壹群身穿研究服的人。繼續向前，看見地上躺著壹個人，“Cackletta和她的手下就在裏面，他們把所有的研究員都變成了怪物…”話沒說完，他也變成了怪物。研究室裏充滿了神秘，幾塊巨大的太陽鏡立在裏面。查看地圖，找不到進入上方屋子的門，只有壹個紅色的圓盤。在研究所深處破解開壹個雕像陣後，墻後射出劇烈的光柱。（半路上有幾間屋子會介紹歷代Mario中的方塊磚）壹路解開機關，將光柱引導並聚焦在圓盤上，圓盤被打開。此時的室內，幾個公主模樣的機器人正圍著豆之星，“壹切準備就緒，公主的聲音已經安裝好，我們可以喚醒豆之星了。”“世界臣服於我的腳下的時刻終於來到了！”Cackletta奸笑著。Mario趕到室內，只見Cackletta壹聲令下，幾個機器人開始唱歌。（汗）然而發出的卻是壹串噪音。豆之星無法忍受，擊穿了地板，和機器人壹起掉了下去。Cackletta大吃壹驚，mario急忙趕上前，“我們沒有時間和妳們糾纏。” Cackletta說著就想開溜，luigi沖上去將Fawful砸進地板中，Cackletta大怒“既然這樣，那就讓我把妳們打回蘑菇王國去吧！”
好不容易將Cackletta擊敗，Fawful從地板中鉆了出來，將Cackletta的能量（靈魂？）吸進了自己頭上的裝備中。“為我給他們最後的壹擊！” Fawful正要進攻，p王子出現，他將Fawful壹陣連擊打出研究所。（kof？）“快去找豆之星。什麽？豆之星聽到公主的聲音後變的瘋狂了？這裏邊另有原因，等我們救出豆之星後我再和妳們解釋。妳們快去下邊找豆之星。”說完王子又坐著飛行器走了。（自己會飛幹嗎不去找，我們還要繞半天！）不料在地底確看見了Shadow Thief和Koopa，兩個人正圍著豆之星討論著，仇人見面分外眼紅，Shadow Thief和Mario移開豆之星後又開始了戰鬥。
剛打敗Shadow Thief壹個機器人掉了下來，它的噪音又壹次使豆之星風狂，“我的財寶，他要飛走了。” Shadow Thief爬了起來迅速抓住豆之星，其他幾人也迅速去抓住豆之星，豆之星帶著幾個人直沖雲霄而去，幾個人堅持不住，壹個個掉了下去，而Koopa也終於想起了自己是誰。豆之星也裂成了四塊掉落在世界各地。
Luigi醒來後發現自己落在壹片海灘上，Mario呢？只見Mario被埋在沙子中。這是壹個海島，島上是壹些長的奇怪的居民，還立有很多圖騰柱，兩人發現兩座祭壇，壹座叫火祭壇，壹座叫雷祭壇。在祭壇深處，Mario和Luigi分別遇見了火和雷的守護者，而Mario和Luigi正是火和雷的能力繼承者，兩人分別學會了使用火和雷。使用火和雷的魔法開啟了新的道路。
與此同時，Koopa暈倒在邊境上，Fawful也衣衫襤褸地來到了邊境，看到Koopa，Fawful將Cackletta的靈魂附著在Koopa身上。Bowletta誕生了。
Mario和Luigi在海底找到了另壹個通往豆豆王國的水管。壹出水管又見到Peasley王子，“我壹直在找妳們，真擔心妳們出事。”兩人告訴王子豆之星裂開的消息後，王子感到十分遺憾，這是兩人主動要求去找回豆之星的碎片。“很感激妳們，不過妳們還是先去豆豆機場吧。”王子說出；了壹條驚人的消息――碧奇公主要來豆豆王國。並讓兩人快前去迎接。“我先走了，機場見！”
(此時先去城堡東北不遠處,用雷打開壹道暗門，裏面是鐵匠的秘密洞穴，可以將錘子升級，這樣就可以打開淡紫色的石頭了。)
使用雷魔法開啟了通往機場的路，“Mario…Luigi…Lady Lima正在等妳，快去跑道。”原來壹棵巨大的Piranha長在跑道上，公主的飛機無法降落。由於Cackletta事件，修跑道的事壹直沒有當作首要問題。Lady Lima不管那麽多就讓兩人想辦法修理跑道。（真會推卸責任。）
修好跑道，公主的飛機終於可以降落。
在豆豆城堡，大家等著公主的到來，公主正要說話，Mario和Luigi立刻捂住耳朵。公主會說話了？“公主的聲音根本沒有被偷走。”原來是王子，他看穿了Cackletta的陰謀，提前通知了公主，Cackletta偷走的只是壹只恐龍的聲音。
王子說他要去找豆之星的碎片，“妳們隨便在城中轉轉吧。”兩人決定先去見公主。“豆豆女王告訴我在豆豆王國有壹個叫Little Fungitown的蘑菇村，妳們知道它在哪嗎？我想以皇家的名義去拜訪那個地方。”“妳們必須向北穿過Teehee山谷，那裏到處都是怪物，Peach壹個人太危險了。”女王說道。“我不會同意的，除非Mario和Luigi壹同前去。”蘑菇長老堅持不讓公主去冒險。“妳們肯和我壹起去嗎？”Mario點點頭，Luigi確在搖頭。Mario拿出錘子給了Luigi壹下。“我們要去準備壹下，Teehee山谷的入口見。”蘑菇長老帶走了公主。
來到Teehee山谷的入口，蘑菇長老送走公主等人。“我忘了交代壹些重要的事情。”長老追上去攔住了Mario和Luigi。還沒來及說話，只聽壹聲尖叫，碧奇公主被綁架了。“不要讓公主走出妳們的視線，否則她就可能被抓走。”（早不說）首要任務當然是去救公主，追進水管，救出碧奇公主，就在Little Fungitown的入口，公主又被壹個石頭人給堵在了角落，Mario和Luigi只有上前將它打敗。終於把碧奇公主平安送到了Little Fungitown。“兩個小蘑菇帶碧奇公主去參觀了，留下了兄弟兩人。萬般無聊，兩人來到遊戲廳,在房間最上方的壹臺機器上開始遊戲。很輕易地打破了記錄後，店主獎勵給Mario壹個綠蘑菇。Mario想也沒想就吞了下去，結果臉很快變成綠色，昏了過去……
使館內，醫生正在為Mario檢查。“從他臉上的綠色和他的癥狀判斷，他得的是豆子病，由於沒有藥，按現在的速度，三天後……他將變成豆子！”從醫生的口中得知城西有壹個叫Guffawha Ruins的地方的深處，有壹種Crabbie Grass可以解除Mario的病。“但是那裏據稱生活著可怕的怪物，可以敲碎人的骨頭，剝掉肌肉，吸幹血液”。壹席話嚇得本來自告奮勇前往的Luigi連走路都開始發顫，跳也不會了。（居然這樣就被嚇住了）在碧奇公主的強烈要求（命令？）下，戰戰兢兢的Luigi開始了找草藥的旅程。路過催眠師的屋子，催眠師對Luigi壹通施法，然後把他領到鏡子前。Luigi驚奇地發現鏡子中的自己已經變成了Mario！（什麽鏡子？）從而相信了自己就是Mario，恢復了正常的狀態。
單槍匹馬解開壹個又壹個機關的Luigi終於來到了傳聞中的怪物面前，才發現那個怪物只是想和他玩壹個小遊戲以調節心情（狂汗），勝利後怪物打開最後壹道門，Luigi順利地得到了Crabbie Grass。
回到Little Fungitown，Luigi奇怪地被雷劈了壹下，催眠效果消失了，他站在那裏不知道自己剛才幹了什麽。旁邊的小蘑菇提醒Luigi他剛前往Guffawha Ruins找草藥，並讓他快上去看看使館附近的雷電是怎麽回事。走到半路另壹個小蘑菇跑來告訴Luigi公主被搶走，同時壹陣雷電打來，Cackletta附身在Koopa身上，帶著碧奇公主，乘著Koopa的飛行器出現了，自稱為Bowletta，並留下了壹堆狂妄的話後離開了。Luigi急忙進入使館用藥草治好Mario。
城堡中，蘑菇長老對著Mario和Luigi大發雷霆。這時壹個大臣跑進來，手裏拿著壹個GBA（寒）。屏幕打出Bowletta的3D全息影象（我的GBA能這樣就好了），Bowletta要求在場的人收集齊豆之星的四個隨片以保證碧奇公主的安全。大家討論後得出現在唯壹的方法就是去找碎片（等於沒說）。蘑菇長老要求他們先去找東北的壹片，並千叮嚀萬囑咐要按他的指示去做。
來到東北方向壹艘破船邊上，看見豆之星的壹個碎片就落在甲板上，剛要上前去撿，船艙中跑出兩個骷髏船員將碎片搬進船。壹路跟進去，在最後的房間的門前被人攔住，要會員卡才可以進入。繼續在船內晃悠，遇到壹個工人狂叫著從壹個房間跑了出來“我受不了這麽重的腦力勞動了！！！”後面跟出壹個骷髏叫著“別喊了！這就是我為什麽在如此困境中討厭雇傭外來工人，我發誓！”為了得到會員卡，Mario和Luigi決定幫忙幹活（BT小遊戲）。
拿到會員卡後，終於被放行進入了先前的那個房間。找到那個拿走碎片的骷髏交涉，骷髏同意交出碎片，但條件是必須把卡在前面夾縫中的病人救出來。“看看這個可憐的腫脹病人，他喝了太多的Chunkola Cola結果被卡在這裏，還有，他忘記了自己將能炸開墻的炸藥放在哪裏。幫幫他吧！”Mario和Luigi開始四處尋找炸藥，在船長室下面發現了壹塊木版，上去敲了壹下，壹捆巨大的炸藥被震落在那個被卡住的船員旁邊。Mario上前點火，“轟”船員被救了出來（又是個炸不死的）。大家剛高興了壹下，就發覺船在劇烈震動，大量沙石沖入船內，推動船離開陸地駛上海面，隨即觸礁沈沒了。
被泥石流沖出船倉的Mario和Luigi發現豆之星的碎片又飄走了。順著海底的路追過去，來到了壹個小島上。繼續前行，“妳們讓開！”突然沖過來壹個人將Mario和Luigi撞翻在地，又與路邊的兩個同伴在那裏高聲談論。從他們的談話中得知豆之星的碎片被Hermie撿到並用來裝飾它的貝殼。幾個人飛奔前去參觀，還留下了壹句“妳們兩個躺在那裏，會被曬傷的！”（真是找殘）
爬起來去追，發現壹只大烏龜擋住了去路。發現旁邊有壹家按摩店，就進去休息壹下（這兩個人去按摩……汗）。按摩的女郎居然是Hand Power的掌握者，意外地學會了前沖（Mario烤Luigi）和並行（Luigi電Mario）。利用前沖撞翻了擋路的烏龜，繼續追下去（好累）終於見到了Hermie（壹只寄居蟹）,剛才的那幾個人正在用豆之星的碎片幫他裝飾貝殼。Mario和Luigi的出現搶走了Hermie的風頭，原來那些人都是Mario和Luigi的Fans。Hermie大怒（嫉妒？）向兩人發起攻擊。打敗他後得到壹塊碎片。
接著來到Chucklehuck森林，又有壹只擋路的烏龜，二話不說撞開他。向深處走，壹只蝸牛又來擋路了（撞不開啊）“前面是蝸牛的領域，外來人不許進入。”來到南面的蝸牛角鬥場，花了500塊錢進去贏得了壹場比賽，拿到了壹個蝸牛卡。“妳們是角鬥場的勝利者，蝸牛承認妳！”憑著這個卡，兄弟倆獲準進入所謂的蝸牛的領域。真是冤家路窄，在裏面又碰見Shadow Thief（怎麽進來的？），他從蝸牛的雕像上取下豆之星的碎片就想跑，兩人急忙堵住他的去路。“妳們兩個真麻煩，總是纏著我！不要以為我壹個人就好欺負！”（其實就是，輕松搞定）從他手中奪回豆之星的碎片。
接著尋找其他的碎片，在北面再次撞開烏龜後來到了壹個電影院。壹進去就被人誤認成追債的，小個子壹陣羅嗦，被旁邊的大胡子壹下打開。大胡子轉過身，把Mario和Luigi嚇了壹跳，這不是做飲料的Bubble嗎？“我叫Boddle，是Bubble的弟弟，自己經營壹個電影院，我偶然當上了Yoshi俱樂部的主席。”他要求兩人用七個Neon egg來換豆之星的碎片，小個子告訴他們讓Yoshi吃了特殊的食物後Yoshi就會下出Neon egg，這樣Yoshi也飽了，真是壹舉多得。Boddle告訴他們電影院裏有人知道什麽是特殊食物和上哪裏去找，只好先去裏面找那個人。（裏面的海報好PP啊）裏面壹個叫Fava的老人告訴他們那種食物叫Bean Fruit，並告訴他們這中東西的分散地點，還提示要找被草或石頭圍著的特殊地點。
壹路尋找Bean Fruit，看見有壹個Bean Fruit被壹棵食人花吞了下去。打倒食人花後，它吐出來壹團東西，上前壹看，居然是壹個微縮的王子。Luigi用錘子把王子變回原樣，王子交給他壹個Bean Fruit。
順利收集齊七個Bean Fruit後，將它們分別餵給電影院內七只餓肚子的Yoshi，得到了七個Neon egg，拿去和Boddle換回了豆之星的碎片。
最後壹個碎片被鎖在壹個鳥籠裏。在裏面遇見壹個叫Harhall的服裝設計師，幫他染好幾件衣服（按要求給衣服染上正確的顏色和花紋）後，他將豆之星的碎片送給了兩人。（真自覺）
將四個碎片帶回城堡，交給女王，豆之星復活了。Lady Lima報告說“Bowletta有消息傳來。”說著又拿出壹個GBA（顏色也換了，真有錢啊）Bowletta要求Mario和Luigi拿著豆之星去海那邊東北方壹個叫Joke’s End的地洞。大家知道Bowletta得到豆之星後並不會還回公主，王子拿出壹個假的豆之星讓Mario和Luigi去交貨，蘑菇長老交給兩人壹件公主替換用的衣服。